タンパク-タンパク相互作用面の構造インフォマティクス

蛋白质-蛋白质相互作用的结构信息学

• 批准号: 16014208
• 负责人: 太田 元規
• 金额: $ 1.79万
• 依托单位: Tokyo Institute of Technology
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
• 财政年份: 2004
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2004 至 无数据
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-16014208/
• 关键词: 立体構造; 相互作用面; SCOP; 会合状態; 構造変化

タンパク質の配列データベースUniProt 2.3(全14万エントリー)より、会合状態に関する注釈があり、かつ立体構造が判明しているエントリ2380個を抜き出し,「配列の85%が1つのドメインでカバーされている」「構造が不明な部分は最大40残基以下」の二つを用いて818個の「単一ドメインから成るホモ多量体」を得た。これらがとりうる会合状態と構造の関係を要領で調べた。まず「あるfoldに属するタンパク質が取る会合状態の集合」を「そのfoldで取り得る会合状態」と考えることにする。たとえば、あるfoldに二量体、四量体、八量体をとるタンパク質が属する場合、「そのfoldならば二、四、八量体を取り得る」と捉える事が出来る。逆に、大量のタンパク質があるfoldに所属していたとしても、それらのタンパク質が全て二量体であった場合、そのfoldで取り得るのは二量体のみ、ということになる。これにより、「取り得る会合状態が複数あるfold」を選び出したところ、その数は69であった。これら69のfoldそれぞれにつき、所属するタンパク質がさらに下位の分類(superfamily、family、domain)ではどのように分布しているか、階層構造をチェックした。その結果、53のfoldで、「そのfoldに所属するタンパク質は全て同一のsuperfamilyに属する」ことが明らかになった。これは同一foldに属するタンパク質の会合状態の違いが、「superfamilyの違い」よりも、それ以下(familyやdomain、species)の違いによって引き起こされている事を示唆している。また、特に会合状態の違いは「familyが異なるタンパク質同士」や「domainが異なるタンパク質同士」に良く見られることも分かった。現在、各階層でどのような構造的・配列的差異があるかをより詳細に知るため、「同じdomainに属するタンパク質(=speciesが異なるタンパク質)」間での「会合状態別の相互作用面の構造・配列上の位置」及び「会合状態が同じ/異なるタンパク質を重ね合わせた時のCα間距離と相互作用面の関係」について調査を行っている。

Youdaoplaceholder0, パ, パ of the equinized masses are paired with デ, タベ, ス, スUniProt 2.3 (full 140000 エ ン ト リ ー) よ り, rendezvous に masato す る note 釈 が あ り, か つ three-dimensional structure が.at し て い る エ ン ト リ 2380 を sorting き し, "go up 85% の が 1 つ の ド メ イ ン で カ バ ー さ れ て い る" "tectonic が part unknown な は" under 40 largest residues の two つ を with い て 818 の "単 a ド メ The るホモ ら ら becomes a るホモ mass "を gets た. Youdaoplaceholder5 れらがと うる うる joint state と construction <s:1> relationship を key points で tuning べた. ま ず "あ る fold に genus す る タ ン パ ク qualitative が take meet る state の collections" を "そ の fold で take り る meet state" と exam え る こ と に す る. た と え ば, あ る fold に 2 quantity, amount of four and eight quantity body を と る タ ン パ ク qualitative が genus す る occasions, "そ の fold な ら ば two, four, eight quantity body take り る" を と catch え る が る things out. Inverse に, massive の タ ン パ ク qualitative が あ る fold に belongs し て い た と し て も, そ れ ら の タ ン パ ク quality が て 2 all quantity body で あ っ た occasions, そ の fold で take り must る の は 2 quantity body の み, と い う こ と に な る. And "こ れ に よ り り must meet る state が plural あ る fold" を び from し た と こ ろ, そ の は 69 で あ っ た. こ れ ら の 69 fold そ れ ぞ れ に つ き, subordinate す る タ ン パ ク qualitative が さ ら に lower の classification (superfamily, family, domain) で は ど の よ う に distribution し て い る か, class structure を チ ェ ッ ク し た. 53 の そ の results, a fold で, "そ の fold に belongs す る タ ン パ ク は て all the same quality の superfamily に genus す る" こ と が Ming ら か に な っ た. こ れ は same a fold に genus す る タ ン パ ク quality meet の state の violations い が, "superfamily の violations い" よ り も, そ れ below (family や domain, species) の violations い に よ っ て lead き up こ さ れ て い を る things in business し て い る. い ま た, meet に state の spare は "family が different な る タ ン パ ク mass with" や "domain が different な る タ ン パ ク mass with" good に く see ら れ る こ と も points か っ た. Now, all levels of で ど の よ う な differences in structure, with columns が あ る か を よ り に know detailed る た め, "with じ domain に genus す る タ ン パ ク mass (= species が different な る タ ン パ ク qualitative)" で between の "rendezvous condition don't の の interaction surface structure, column deserve の position" and び "meet state が same じ / different な る タ ン パ ク を When ね is combined with わせた, the distance between <s:1> Cα is と and the interaction surface <e:1> is related. Youdaoplaceholder3 に て て て investigate を rows って る る る る.

项目成果

Integrative annotation of 21,037 human genes validated by full-length cDNA clones.

• DOI: 10.1371/journal.pbio.0020162
• 发表时间: 2004-06
• 期刊: PLoS biology
• 影响因子: 9.8
• 作者: Imanishi T;Itoh T;Suzuki Y;O'Donovan C;Fukuchi S;Koyanagi KO;Barrero RA;Tamura T;Yamaguchi-Kabata Y;Tanino M;Yura K;Miyazaki S;Ikeo K;Homma K;Kasprzyk A;Nishikawa T;Hirakawa M;Thierry-Mieg J;Thierry-Mieg D;Ashurst J;Jia L;Nakao M;Thomas MA;Mulder N;Karavidopoulou Y;Jin L;Kim S;Yasuda T;Lenhard B;Eveno E;Suzuki Y;Yamasaki C;Takeda J;Gough C;Hilton P;Fujii Y;Sakai H;Tanaka S;Amid C;Bellgard M;Bonaldo Mde F;Bono H;Bromberg SK;Brookes AJ;Bruford E;Carninci P;Chelala C;Couillault C;de Souza SJ;Debily MA;Devignes MD;Dubchak I;Endo T;Estreicher A;Eyras E;Fukami-Kobayashi K;Gopinath GR;Graudens E;Hahn Y;Han M;Han ZG;Hanada K;Hanaoka H;Harada E;Hashimoto K;Hinz U;Hirai M;Hishiki T;Hopkinson I;Imbeaud S;Inoko H;Kanapin A;Kaneko Y;Kasukawa T;Kelso J;Kersey P;Kikuno R;Kimura K;Korn B;Kuryshev V;Makalowska I;Makino T;Mano S;Mariage-Samson R;Mashima J;Matsuda H;Mewes HW;Minoshima S;Nagai K;Nagasaki H;Nagata N;Nigam R;Ogasawara O;Ohara O;Ohtsubo M;Okada N;Okido T;Oota S;Ota M;Ota T;Otsuki T;Piatier-Tonneau D;Poustka A;Ren SX;Saitou N;Sakai K;Sakamoto S;Sakate R;Schupp I;Servant F;Sherry S;Shiba R;Shimizu N;Shimoyama M;Simpson AJ;Soares B;Steward C;Suwa M;Suzuki M;Takahashi A;Tamiya G;Tanaka H;Taylor T;Terwilliger JD;Unneberg P;Veeramachaneni V;Watanabe S;Wilming L;Yasuda N;Yoo HS;Stodolsky M;Makalowski W;Go M;Nakai K;Takagi T;Kanehisa M;Sakaki Y;Quackenbush J;Okazaki Y;Hayashizaki Y;Hide W;Chakraborty R;Nishikawa K;Sugawara H;Tateno Y;Chen Z;Oishi M;Tonellato P;Apweiler R;Okubo K;Wagner L;Wiemann S;Strausberg RL;Isogai T;Auffray C;Nomura N;Gojobori T;Sugano S
• 通讯作者: Sugano S

タンパク質の安定性と機能部位

蛋白质稳定性和功能位点

• 发表时间: 2004
• 期刊: 生物物理 255
• 作者: Ota;Ikeguchi;Kidera;Hioki et al.;Imanishi et al.;Ishida et al.;太田 元規
• 通讯作者: 太田 元規

Phylogeny of protein-folding trajectories reveals a unique pathway to native structure

• DOI: 10.1073/pnas.0407015102
• 发表时间: 2004-12-21
• 期刊: PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA
• 影响因子: 11.1
• 作者: Ota, M;Ikeguchi, M;Kidera, A
• 通讯作者: Kidera, A

The crystal structure of the tryptophan synthase beta subunit from the hyperthermophile Pyrococcus furiosus

超嗜热菌激烈火球菌色氨酸合酶β亚基的晶体结构

• 发表时间: 2004
• 期刊: Eur. J. Biochem. 271
• 作者: Kinoshita;Ota;Asada et al.;T.Imanishi et al.;Y.Hioki et al.
• 通讯作者: Y.Hioki et al.