遺伝子同時転写単位同定にもとづく新規DNA修復関連タンパク質の予測

基于基因共转录单元识别的新型DNA修复相关蛋白的预测

• 批准号: 16014227
• 负责人: 由良 敬
• 金额: $ 1.6万
• 依托单位: Japan Atomic Energy Agency
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
• 财政年份: 2004
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2004 至 无数据
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-16014227/
• 关键词: ゲノム; DNA修復; 蛋白質; 転写; 発現制御

本研究では、放射線抵抗性細菌であるDeinococcus radioduransをモデル生物として、機能未知遺伝子がコードするタンパク質の中から新規のDNA修復関連タンパク質を予測し実証実験によって予測を確かめることを試みた。D. zadioduransの全ゲノム配列を取得し、Open Reading Frame (ORF) をアサインした。ORF間スペーサー領域の塩基数を測定して、既知のオペロンにおけるスペーサー領域の塩基数をもとに、新規オペロンの推定をおこなうことができた。推定オペロンと開発継続中のDNA修復関連タンパク質のデータベースを組み合わせることで、D. radioduransのゲノムからDNA修復関連タンパク質とともにオペロンを形成する機能未知遺伝子を見いだした。これら遺伝子はDNA修復関連タンパク質と同時に転写される可能性がある。これら遺伝子のうち、約60%が新規のDNA修復関連タンパク質であろうことを理論的にみつもることができた。新規DNA修復関連タンパク質と推定された遺伝子の中から数個を選び、日本原子力研究所高崎研究所において実証実験をおこなった。その結果、これらの機能未知タンパク質をコードする遺伝子のうち、2っはDNA修復関連タンパク質をコードしていることが実証できた。ひとつはDNA架橋剤による損傷修復に関与する亜鉛フィンガーをもつD. zadioduTansとその近縁種にのみみられる遺伝子であり (Kiuchi et al., J. Bacteriol. 投稿中)、もう一つはγ線損傷の修復に関連するアセチル転移酵素と推定された (Yura, Narumi, et al., Mol. Microbio1. 投稿準備中)。

This study で は, radiation resistant bacteria で あ る Deinococcus radiodurans を モ デ ル biological と し て, function unknown but 伝 が コ ー ド す る タ ン パ ク quality の か ら new rules の DNA repair masato even タ ン パ ク qualitative を be し be card be 験 に よ っ て in measuring を か indeed め る こ と を try み た. D. zadiodurans <s:1> complete ゲノム configuration を to obtain を, Open Reading Frame (ORF) をアサ た た. ORF between ス ペ ー サ の ー field determination of salt base を し て, both known の オ ペ ロ ン に お け る ス ペ ー サ ー field の salt base を も と に, new rules オ ペ ロ ン の presumption を お こ な う こ と が で き た. Presumption オ ペ ロ ン と open 発 継 続 の DNA repair in masato even タ ン パ ク qualitative の デ ー タ ベ ー ス を group み close わ せ る こ と で, d. radiodurans の ゲ ノ ム か ら DNA repair masato even タ ン パ ク qualitative と と も に オ ペ ロ ン を form す る function unknown legacy 伝 を son see い だ し た. The 伝 offspring of the 伝 is related to DNA repair in the タ タ パ and と, and the と simultaneously に転 writes the される possibility がある. こ れ ら posthumous son 伝 の う ち, about 60% が new rules の DNA repair masato even タ ン パ ク qualitative で あ ろ う こ と を theory に み つ も る こ と が で き た. New rules on DNA repair masato even タ ン パ ク qualitative と presumption さ れ た heritage 伝 child の か ら several を び, Japan's nuclear research institute institute of gaoqi に お い て be card be 験 を お こ な っ た. そ の results, こ れ ら の function unknown タ ン パ ク qualitative を コ ー ド す る posthumous son 伝 の う ち, 2 っ は DNA repair masato even タ ン パ ク qualitative を コ ー ド し て い る こ と が card be で き た. ひ と つ は DNA bridging tonic に よ る damage repair に masato and す る 亜 lead フ ィ ン ガ ー を も つ d. zadioduTans と そ の about try species に の み み ら れ る posthumous son 伝 で あ り (Kiuchi et al., j. Bacteriol. Submissions), も う a つ は gamma wire damage の repair に masato even す る ア セ チ ル planning shift enzyme と presumption さ れ た (Yura, Narumi, et al., Mol. Microbio1. Submission is in preparation.

项目成果

基礎と演習バイオインフォマティクス(第6章 データベースの構築と活用)(郷 道子、 高橋建一編)

生物信息学基础与练习（第6章数据库构建与利用）（由Michiko Go和Kenichi Takahashi编辑）

• 发表时间: 2004
• 作者: Abe;T.;Ikemura;T.;Kanaya;S.;Kinouchi;M.;Sugawara;H.;由良 敬(分担執筆)
• 通讯作者: 由良 敬(分担執筆)