Analysis of Structure and Dynamics of Biological Information Networks

生物信息网络的结构与动态分析

• 批准号: 17017019
• 负责人: AKUTSU Tatsuya
• 金额: $ 52.61万
• 依托单位: Kyoto University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
• 财政年份: 2005
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2005 至 2009
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-17017019/
• 关键词: 遺伝子ネットワーク; 代謝ネットワーク; タンパク質相互作用; スケールフリーネットワーク; タンパク質ドメイン; 遺伝子発現; 大規模進化動力学モデル; 生物情報ネットワーク; スケールフリー; 進化動力学モデル; 緑膿菌; ブーリアンネットワーク; 形態形成; 神経細胞; 遺伝子発現データ; オペロン; ネットワーク定常状態; 概日リズム; バイオインフォマティクス; システム生物学; べき乗則; 遺伝子間相互作用

We studied genetic, metabolic, and protein-protein interaction networks mainly from a viewpoint of mathematical models. To analyze evolution of proteins and their interactions, we developed a domain-based mathematical model and performed domain combination-based database analysis. To analyze dynamics of networks, we developed a general theory on relations between network structure and its dynamics, and a statistical mechanical theory on large-scale evolutionary dynamical systems. We also developed several computational tools for analyzing network and related data.

我们主要从数学模型的角度研究遗传、代谢和蛋白质-蛋白质相互作用网络。为了分析蛋白质的进化及其相互作用，我们开发了基于域的数学模型并进行了基于域组合的数据库分析。为了分析网络动力学，我们发展了网络结构与其动力学之间关系的一般理论，以及大规模演化动力系统的统计力学理论。我们还开发了几种用于分析网络和相关数据的计算工具。

项目成果

Algorithms and complexity analyses for control of singleton attractors in Boolean networks.

• DOI: 10.1155/2008/521407
• 发表时间: 2008
• 期刊: EURASIP journal on bioinformatics & systems biology
• 作者: Hayashida M;Tamura T;Akutsu T;Zhang SQ;Ching WK
• 通讯作者: Ching WK

ODB: a database of operons accumulating known operons across multiple genomes.

• DOI: 10.1093/nar/gkj037
• 发表时间: 2006-01-01
• 期刊: NUCLEIC ACIDS RESEARCH
• 影响因子: 14.9
• 作者: Okuda, Shujiro;Katayama, Toshiaki;Kawashima, Shuichi;Goto, Susumu;Kanehisa, Minoru
• 通讯作者: Kanehisa, Minoru

Characterization of relationships between transcriptional units and operon structures in Bacillus subtilis and Escherichia coli.

• DOI: 10.1186/1471-2164-8-48
• 发表时间: 2007-02-13
• 期刊: BMC GENOMICS
• 影响因子: 4.4
• 作者: Okuda, Shujiro;Kawashima, Shuichi;Kobayashi, Kazuo;Ogasawara, Naotake;Kanehisa, Minoru;Goto, Susumu
• 通讯作者: Goto, Susumu

Comparing biological networks via graph compression.

• DOI: 10.1186/1752-0509-4-s2-s13
• 发表时间: 2010-09-13
• 期刊: BMC systems biology
• 作者: Hayashida M;Akutsu T
• 通讯作者: Akutsu T

Algorithms for Singleton Attractor Detection in Planar and Nonplanar AND/OR Boolean Networks

• DOI: 10.1007/s11786-008-0063-5
• 发表时间: 2009-03
• 期刊: Mathematics in Computer Science
• 影响因子: 0.8
• 作者: Takeyuki Tamura;T. Akutsu