メダカ近縁種ゲノム基盤の整備とそれを用いた新規遺伝子機能獲得機構の解明

青鳉近缘种基因组基础的制备及利用其获取新基因功能的机制的阐明

• 批准号: 20017026
• 负责人: 成瀬 清
• 金额: $ 5.38万
• 依托单位: National Institute for Basic Biology
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
• 财政年份: 2008
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2008 至 2009
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-20017026/
• 关键词: メダカ; インドメダカ; セレベスメダカ; ジャワメダカ; BACライブラリー; 性決定; 物理地図; 3D PCRプール; メダカ近縁種; 海水・淡水適応; XX-XY; ZZ-ZW

インドメダカ性決定遺伝子の同定X染色体とY染色体を区別して作成した2種類のBACライブラリーとFosmidライブラリーをもちいてXおよびY染色体それぞれについて性決定領域を完全にカバーする物理地図を作成し、インドメダカ性決定領域の塩基配列を完全に決定することができた。インドメダカY染色体の性決定領域にはX染色体にはない特異的領域が存在することが明らかとなった。しかしその領域には逆転写酵素の一部と見られる塩基配列が反復配列として多く含まれるのみでインドメダカ性決定遺伝子の候補となるような配列を塩基配列のみから絞り込むことはできなかった。そこで現在は性決定領域に由来するBAC/FosmidクローンをXX個体に遺伝子導入することで雄への性転換能を有するクローンの同定を行っている。ハブスメダカ性染色体のFISHによる同定:ハブスメダカfosmidライブラリーから性連鎖マーカーがのっているクローンをコロニーハイブリダイゼーション法により単離し、染色体FISH法によってハブスメダカ性染色体を同定した。ハブスメダカZZ個体からの培養細胞系の樹立とBACライブラリーの作成:遺伝子タイピングによって同定したハブスメダカZZ個体(雄)より培養細胞系の樹立をおこなった。L-15培地+15%FBSをもちいて1個体より初代培養細胞を作成し、それを継代することで培養細胞系を樹立することができたことから国立遺伝学研究所比較ゲノム解析研究室(支援班)に持参し、アガロースプラグの作成をおこなった。現在はBACライブラリーの作成をおこなっている。セレベスメダカ及びジャワメダカZZ個体からの培養細胞系の樹立とBACライブラリーの作成セレベスメダカ及びジャワメダカZZ個体よりそれぞれ初代培養細胞を樹立した後、培養細胞を国立遺伝学研究所比較ゲノム解析研究室に持参し、アガロースプラグの作成をおこない、BACライブラリーを作成した。完成したBACライブラリーをもちいて3DPCRによるスクリーニングシステムを完成した。

イ ン ド メ ダ カ traces of sex determination 伝 の son be X chromosome と Y chromosome を difference し て made し た 2 kinds の BAC ラ イ ブ ラ リ ー と Fosmid ラ イ ブ ラ リ ー を も ち い て X お よ び Y chromosome そ れ ぞ れ に つ い て を sex decided to field completely に カ バ ー す る physically 図 を し, consummate イ ン ド メ ダ カ sex decided to field の を salt base distribution Completely に determines する とがで とがで た. イ ン ド メ ダ カ Y chromosome の sex decided to field に は X chromosome に は な い specific domains exist が す る こ と が Ming ら か と な っ た. し か し そ の field に は inverse planning write enzyme の see a と ら れ る salt base with column が repeatedly with column と し て く more contain ま れ る の み で イ ン ド メ ダ カ traces of sex determination 伝 の son alternate と な る よ う な match column を salt base with column の み か ら ground り 込 む こ と は で き な か っ た. そ こ で は sex has now decided to field に origin す る BAC/Fosmid ク ロ ー ン を XX individual に heritage 伝 son import す る こ と で male へ の sex change planning can have す を る ク ロ ー ン の with fixed line を っ て い る. ハ ブ ス メ ダ カ sex chromosome の FISH に よ る with: ハ ブ ス メ ダ カ fosmid ラ イ ブ ラ リ ー か ら sex linkage マ ー カ ー が の っ て い る ク ロ ー ン を コ ロ ニ ー ハ イ ブ リ ダ イ ゼ ー シ ョ ン method に よ り 単 from し, chromosome FISH に よ っ て ハ ブ ス メ ダ カ sex chromosome を be し た. ハ ブ ス メ ダ カ ZZ individual か ら の culture cell lines の set と BAC ラ イ ブ ラ リ ー の is made: heritage 伝 son タ イ ピ ン グ に よ っ て with fixed し た ハ ブ ス メ ダ カ ZZ individuals (male) よ り culture cell lines の set を お こ な っ た. L - 15 petty + 15% FBS を も ち い て 1 individual よ り original culture cell を し, consummate そ れ を 継 generation す る こ と で culture cell lines を set す る こ と が で き た こ と か ら national heritage 伝 institute for comparative ゲ ノ ム analytical laboratory class (support) に hold し refs, ア ガ ロ ー ス プ ラ グ の made を お こ な っ た. Now ラ BACラ ブラリ ブラリ ブラリ る る is made as をお なって なって る る. セ レ ベ ス メ ダ カ and び ジ ャ ワ メ ダ カ ZZ individual か ら の culture cell lines の set と BAC ラ イ ブ ラ リ ー の made セ レ ベ ス メ ダ カ and び ジ ャ ワ メ ダ カ ZZ individual よ り そ れ ぞ れ original culture cell を set し た after, national heritage of culture cell を 伝 institute for comparative ゲ ノ ム analytical laboratory に hold し refs, ア ガ ロ ー ス プ ラ グ の is made Youdaoplaceholder0 た な な をお and BACラ ブラリ ブラリ and を are made as た. Complete し た BAC ラ イ ブ ラ リ ー を も ち い て 3 DPCR に よ る ス ク リ ー ニ ン グ シ ス テ ム を complete し た.

项目成果

Sox3: A transcription factor for Cyp19 expression in the frog Rana rugosa

• DOI: 10.1016/j.gene.2009.05.011
• 发表时间: 2009-09-15
• 期刊: GENE
• 影响因子: 3.5
• 作者: Oshima, Yuki;Naruse, Kiyoshi;Nakamura, Masahisa
• 通讯作者: Nakamura, Masahisa

ナショナルバイオリソースプロジェクト紹介シンポジウムーメダカー

国家生物资源项目引进研讨会-青鳉

• 发表时间: 2008
• 作者: Nuchnoi;et.al.;成瀬清
• 通讯作者: 成瀬清

Identification of the sex-determining locus in the Thai medaka, Oryzias minutillus

• DOI: 10.1159/000125839
• 发表时间: 2008-01-01
• 期刊: CYTOGENETIC AND GENOME RESEARCH
• 影响因子: 1.7
• 作者: Nagai, T.;Takehana, Y.;Sakaizumi, M.
• 通讯作者: Sakaizumi, M.

Genomic organization and embryonic expression of miR-430 in medaka (Oryzias latipes): insights into the post-transcriptional gene regulation in early development.

• DOI: 10.1016/j.gene.2009.09.005
• 发表时间: 2010
• 期刊: Gene
• 影响因子: 3.5
• 作者: Saori Tani;R. Kusakabe;K. Naruse;H. Sakamoto;Kunio Inoue

Medaka: Biology, Management, and Experimental Protocols

• DOI: 10.1002/9780813818849
• 发表时间: 2009-06
• 作者: M. Kinoshita;K. Murata;K. Naruse;Minoru Tanaka