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Development of computational methods for comparing a large scale multiple genome sequences

开发用于比较大规模多个基因组序列的计算方法

基本信息

批准号：
17018029
负责人：
SAKAKIBARA Yasubumi
金额：
$ 44.86万
依托单位：
Keio University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
财政年份：
2005
资助国家：
日本
起止时间：
2005 至 2009
项目状态：
已结题

来源：
https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-17018029/
关键词：
比較ゲノムマルチプルアライメントゲノム再編成 2次構造予測機能性RNA アセンブリ次世代シークエンサーシンテニーブロック分子進化距離非コードRNA 構造的アライメント 2次構造スコア行列

项目摘要

We have developed a genome comparison algorithm, named Murasaki, makes it possible to identify well-conserved regions within multiple large sequences on the scale of several hundred megabases in few minutes using a single CPU. Murasaki can perform a sensitive alignment of eight mammalian genomes (human, chimp, rhesus, orangutan, mouse, rat, dog, and cow) in 21 hours CPU time (42 minutes wall time). This is the first single-pass comparison algorithm for multiple mammalian genomes.

我们开发了一种名为 Murasaki 的基因组比较算法，可以使用单个 CPU 在几分钟内识别数百兆碱基规模的多个大序列中的保守区域。 Murasaki 可以在 21 小时的 CPU 时间（42 分钟的墙上时间）内对八种哺乳动物基因组（人类、黑猩猩、恒河猴、猩猩、小鼠、大鼠、狗和牛）进行灵敏的比对。这是第一个针对多个哺乳动物基因组的单通道比较算法。

项目成果

期刊论文数量（81）

专著数量（0）

科研奖励数量（0）

会议论文数量（0）

专利数量（0）

A local multiple alignment method for detection of non-coding RNA sequences

DOI：
10.1093/bioinformatics/btp261
发表时间：
2009-06
期刊：
Bioinformatics
影响因子：
5.8
作者：
Yasuo Tabei;K. Asai
通讯作者：
Yasuo Tabei;K. Asai

Prediction of RNA secondary structure using generalized centroid estimators

DOI：
10.1093/bioinformatics/btn601
发表时间：
2009-02-15
期刊：
BIOINFORMATICS
影响因子：
5.8
作者：
Hamada, Michiaki;Kiryu, Hisanori;Asai, Kiyoshi
通讯作者：
Asai, Kiyoshi

Characterization of endogenous human Argonautes and their miRNA partners in RNA silencing

DOI：
10.1073/pnas.0800334105
发表时间：
2008-06-10
期刊：
PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA
影响因子：
11.1
作者：
Azuma-Mukai, Asuka;Oguri, Hideo;Siomi, Mikiko C.
通讯作者：
Siomi, Mikiko C.

Mining frequence stem patterns from unaligned RNA sequences

从未比对的 RNA 序列中挖掘频率干模式