Development of computational methods for comparing a large scale multiple genome sequences
Development of computational methods for comparing a large scale multiple genome sequences
开发用于比较大规模多个基因组序列的计算方法
批准号：
17018029
负责人：
SAKAKIBARA Yasubumi
金额：
$44.86万
依托单位：
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
财政年份：
2005
资助国家：
日本
项目状态：
已结题
起止时间：
2005 至 2009
中文摘要
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英文摘要
We have developed a genome comparison algorithm, named Murasaki, makes it possible to identify well-conserved regions within multiple large sequences on the scale of several hundred megabases in few minutes using a single CPU. Murasaki can perform a sensitive alignment of eight mammalian genomes (human, chimp, rhesus, orangutan, mouse, rat, dog, and cow) in 21 hours CPU time (42 minutes wall time). This is the first single-pass comparison algorithm for multiple mammalian genomes.
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DOI：
10.1093/bioinformatics/btp261
发表时间：
2009-06
期刊：
Bioinformatics
影响因子：
5.8
作者：
[Yasuo Tabei;K. Asai]
通讯作者：
Yasuo Tabei;K. Asai
DOI：
10.1093/bioinformatics/btn601
发表时间：
2009-02-15
期刊：
BIOINFORMATICS
影响因子：
5.8
作者：
[Hamada, Michiaki, Kiryu, Hisanori, Asai, Kiyoshi]
通讯作者：
Asai, Kiyoshi
DOI：
10.1073/pnas.0800334105
发表时间：
2008-06-10
期刊：
PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA
影响因子：
11.1
作者：
[Azuma-Mukai, Asuka, Oguri, Hideo, Siomi, Mikiko C.]
通讯作者：
Siomi, Mikiko C.
Mining frequence stem patterns from unaligned RNA sequences
从未比对的 RNA 序列中挖掘频率干模式
从未比对的 RNA 序列中挖掘频率干模式
DOI：
--
发表时间：
2006
期刊：
Bioinformatics 22・20
影响因子：
--
作者：
[Hamada, M., Tsuda, K., Kudo, T., Kin, T., Asai, K.]
通讯作者：
K.
Sequencing of Aspergillus nidulans and comparative analysis with A.fumitatus and A.oryzae
构巢曲霉测序及与烟曲霉和米曲霉的比较分析
构巢曲霉测序及与烟曲霉和米曲霉的比较分析
DOI：
--
发表时间：
2005
期刊：
Nature 438・7071
影响因子：
--
作者：
[Galagan, J.E., et al.]
通讯作者：
et al.
共 52 条
Comprehensive analysis of functional non-coding RNAs in cancer genome on multistage carcinogenesis
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批准号：23241066
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项目类别：Grant-in-Aid for Scientific Research (A)
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资助金额：$31.12万
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财政年份：2011
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负责人：SAKAKIBARA Yasubumi
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依托单位：
DNA-based Learning Algorithms and their Applications
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批准号：13680464
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项目类别：Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
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资助金额：$2.3万
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财政年份：2001
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负责人：SAKAKIBARA Yasubumi
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依托单位：
海外基金