進化情報を利用したタンパク質立体構造中の近接残基の予測

使用进化信息预测蛋白质 3D 结构中的相邻残基

• 批准号: 07780557
• 负责人: 友田 志郎
• 金额: $ 0.58万
• 依托单位: Hirosaki University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Encouragement of Young Scientists (A)
• 财政年份: 1995
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 1995 至 无数据
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-07780557/
• 关键词: タンパク質立体構造予測; 分子進化; マルチプルアライメント

本課題では、マルチプルアライメントから得られるアミノ酸残基の相補的置換についての情報を利用して、タンパク質の立体構造中の近接残基ペアを予測することを目的としている。進化情報を利用する上で、アライメントに含めるアミノ酸配列データ間の分子系統関係を適切に取り入れることが必要となるが、その為の方法として、今年度は次の2つの方法の開発を試みた。(1)アライメントに含まれる配列データに、系統関係に従って重み付けする事によって、分子系統上の距離の影響を取り入れ、これを考慮した上で2次元のテーブル上で相補的置換を検証する。(2)祖先型アミノ酸を推定する事によって、アミノ酸残基の相補的置換を系統樹上で直接検証する。(1)については、開発をほぼ終了している。(2)についてはまだ十分なパフォーマンスが得られていず、開発作業の途中である。(1)の方法での、アライメント中の配列に対しての重みづけによって系統関係を取り扱うという方式により、相補的置換を利用しての近接残基予測法は大幅に簡略化された。また、配列に対しての重み付けの方法自体は、相補的置換の検証のみにとどまらず、アライメントを利用しての2次構造予測や、マルチプルアライメントの自動化プログラムの開発などに応用できるものである。今後の展開としては、アライメント中での配列に対しての重みづけと、単一の配列中の各々の残基部位におけるアミノ酸の保存性を組み合わせ、タンパク質中での「アミノ酸基の保存性」についての統一的な判断基準の設定を予定している。

The purpose of the present invention is to utilize information on complementary substitutions of acid residues and to predict proximal residue substitutions in the stereostructure of a protein. Evolution information is used to determine the molecular system relationship between the two species, including the acid sequence, and to determine the necessary method for the development of this year's second method. (1)The distance between the two elements is taken into account and the complementary substitution is demonstrated. (2)A direct demonstration of the complementary substitution of ancestral acid residues is presented. (1)In the middle of the day, the sun rises and the sun rises. (2)In the middle of the development process, there is a lot of work to do. (1)The method is greatly simplified by the use of complementary substitutions in the alignment of residues in the system. The method of self-alignment and re-alignment is based on the application of the second order structural prediction and the automatic re-alignment of the displacement model. In the future, the determination criteria for determining the consistency of the acid group preservation properties of the residue sites in the sequence are set.