植物の多細胞体制進化の鍵となったゲノム進化の特定

植物多细胞系统进化关键基因组进化的鉴定

基本信息

批准号：
17018038
负责人：
西山智明
金额：
$ 3.84万
依托单位：
Kanazawa University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
财政年份：
2005
资助国家：
日本
起止时间：
2005 至无数据
项目状态：
已结题

来源：
https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-17018038/
关键词：
ヒメツリガネゴケ多細胞体制 SAGE EST

项目摘要

1倍体の単細胞プロトプラストの最初の不等分裂時を濃縮した集団から抽出したRNAから、ベクターキャッピング法による完全長cDNAライブラリー(第一不等分裂ライブラリー)を作製し、若い2倍体から抽出したRNAからオリゴキャッピング法による完全長cDNAライブラリー(2倍体ライブラリー)を作製した。各ライブラリーについて、両端からEST解析を行い、第一不等分裂ライブラリーから1万1千、2倍体ライブラリーについては8千8百クローンについて配列を得て、既知の配列とともにクラスタリングした。2倍体ライブラリー8,805クローンは2,722種類の転写産物を含んでいた。2倍体ライブラリーに多く含まれる遺伝子には、真核細胞としての基本的な活動に関わる遺伝子の割合が大きいことがわかった。さらに、遺伝子ファミリーのメンバーの発現量比が胞子体ライブラリーで他のライブラリーと有為に異なっている例を見いだした。このことは、2倍体特異的な発現制御がなされていることを示唆している。一方、このライブラリーに特異的なクローンの割合は低く、約713遺伝子にとどまった。この中の多くは、ESTの出現回数が少なく、単純に特異的であると言えないので、より多くのタグを決定する必要がある。そこで、Serial Analysis of Gene Expression (SAGE)による発現解析を行うことをとし、橋本真一博士(東京大学医学系研究科)と共同でSAGEライブラリーを作成した。アメリカエネルギー省Joint Genome Institute (JGI)における全ゲノムショットガンシークエンスのデータは現在アセンブル中であるが、アセンブリー結果の公開に先立ち、raw dataに対してBLAST検索をおこない、重複して発見された遺伝子をアセンブルすることによって局所的なコンティグを生成し、遺伝子構造を予測するシステムを作成した。さらにJGIにおいてなされたイヌカタヒバの全ゲノムショットガンデータに対しても同様の処理を可能にした。これにより、陸上植物進化の初期に分岐した生物を含む遺伝子系統樹を構築する基盤が整った。

通过从laploids的单细胞原生质体的第一个不平等分裂中提取的RNA来制备完整的cDNA文库（第一分析有丝分裂文库），并通过从年轻二倍体中提取的RNA来制备全长cDNA文库（二倍体文库）。从两端对每个文库进行了EST分析，并从第一个拟拟菌分裂文库中获得了11,000个克隆的序列，而二倍体文库的8,800个克隆获得了序列，并将其与已知序列聚集在一起。 8,805个二倍体库克隆包含2,722个转录本。已经发现，在二倍体文库中丰富的基因具有很大比例的基因参与基本真核活性。此外，我们发现了例子，其中基因家族成员的表达比与孢子体文库中的其他文库显着不同。这表明进行了二倍体特异性表达控制。另一方面，该文库特定的克隆的比例很低，只有大约713个基因。其中许多具有更少的EST外观，而不仅仅是具体的，因此需要确定更多标签。因此，我们决定使用基因表达（SAGE）的序列分析进行表达分析，并与Hashimoto Shinichi博士（东京大学医学研究生院）合作创建了Sage库。尽管美国能源部联合基因组研究所（JGI）的整个基因组shot弹枪测序的数据目前正在组装中，但在发布组装结果之前，对原始数据进行了爆炸搜索，并通过组装重复的基因生成局部重叠群，以生成基因结构。此外，在JGI中执行的Inukatahiba的整个基因组shot弹枪数据也使得相同的处理。这为建立含有生物体的遗传系统发育树的基础奠定了基础，这些树木在陆地植物进化的早期阶段差异。