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転写因子Pax6の標的遺伝子の網羅的探索と発現制御cisエレメントの同定

全面寻找转录因子Pax6靶基因并鉴定表达调控顺式元件

基本信息

批准号：
17054003
负责人：
高橋将文
金额：
$ 2.69万
依托单位：
Tohoku University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
财政年份：
2005
资助国家：
日本
起止时间：
2005 至无数据
项目状态：
已结题

来源：
https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-17054003/
关键词：
マイクロアレイ脳・神経発生・分化転写因子発現制御

项目摘要

脊推動物の神経発生においては、ペアードドメインとホメオドメインを持つ転写因子Pax6が前脳・菱脳・脊髄の神経上皮細胞で領域特異的に発現している。自然発症のPax6変異動物の表現型から、Pax6は非常に多岐に渡る神経系の発生事象に関わることが知られており、様々な標的遺伝子の発現とその下流の遺伝子カスケードを統率し、脳の発生を司ると予想されるが、中枢神経系における標的遺伝子はほとんど明らかになっていない。そこで我々は、神経発生におけるPax6標的遺伝子と下流遺伝子ネットワークを解明するため、野生型とPax6ホモ変異型ラットの初期脳における網羅的な遺伝子発現比較解析を行った。ラット11.5日胚の菱脳及び終脳の領域よりRNAを抽出し、約30,000転写産物に対応するプローブセットを搭載した高密度オリゴヌクレオチドアレイGeneChip(Affymetrix)を用いて得られた遺伝子発現プロファイルを比較し、Pax6の下流遺伝子群を同定した。さらに、リアルタイム定量PCRにより発現量の比を検証するとともに、in situハイブリダイゼーションで発現様式の確認を行い、Pax6標的候補としてFabp7,Unc5h1,Cyp26b1,Dmrt4などの遺伝子を同定した。Pax6変異胚で最も顕著な発現減少を示した遺伝子は脂肪酸結合タンパク質Fabp7であった。電気穿孔法と全胚培養系を組み合わせた過剰発現による機能獲得実験や野生型胚でのRNA干渉による機能欠失実験などの機能解析を行い、Fabp7遺伝子が転写因子Pax6の標的候補であり、神経新生に重要な役割を担うことをJ. Neurosci.誌に発表した。また、LacZレポータートランスジェニックラットの作製により、Fabp7遺伝子発現における領域特異的エンハンサーが転写開始点上流5.7kb以内に存在することを見いだした。

In the neurogenesis of spinal drivers, there is a domain specific development of Pax6, which is a precursor to spinal cord neuroepithelial cells. The phenotype of Pax6 variant animals of natural development is very different from that of Pax6 variant animals, and the occurrence of genetic events in the central nervous system is related to the occurrence of genetic events in the central nervous system. Comparative analysis of gene expression in the early stages of gene expression between wild type and Pax 6 mutant. The RNA was extracted from the 11.5-day-old embryo and the terminal region of the GeneChip(Affytrix). About 30,000 copies of the product were loaded on the GeneChip(Affytrix) at high density. The downstream group of Pax6 was also determined. In addition, the detection of the ratio of detection by quantitative PCR is performed in situ, and the candidate of Pax6 is determined in Fabp7,Unc 5h1,Cyp 26b1,Dmrt4. Pax6 is the most important protein in the body. The electroporation method and the whole embryo culture system are composed of three parts: the first part is the function acquisition, the second part is the function loss, the third part is the function analysis, the fourth part is the Fabp7 gene, the fourth part is the target candidate, the third part is the important part of the regeneration. Neurosci. For example, if a domain-specific database exists within 5.7kb of the start point of the database, the database may be configured as follows: