ヌクレオモルフゲノムをモデルとした共生者ゲノムの縮小進化に関する比較ゲノム解析

使用核型基因组作为模型对共生体基因组进化减少进行比较基因组分析

基本信息

批准号：
18017011
负责人：
石田健一郎
金额：
$ 5.95万
依托单位：
University of Tsukuba
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
财政年份：
2006
资助国家：
日本
起止时间：
2006 至 2007
项目状态：
已结题

项目摘要

新規クロララクニオン藻のヌクレオモルフ(Nm)ゲノムサイズの推定:昨年度1.OMb程度のNmゲノムを持つことが予測された新規クロララクニオン藻RCC365株(新属新種として論文発表予定)にっいて、より正確な染色体サイズ推定を行なった。パルスフィールドゲル電気泳動条件の最適化を行なうことにより各染色体DNAの分解能を向上させ、Nmのテロメア配列をプローブとしてサザンハイブリダイゼーションを行なった。その結果、染色体数は3本であり、各染色体DNAのサイズはおよそ443.9kb、333.2kb、281.6kbで、全部で約1.058Mbのサイズであった。これは既知のNmゲノムサイズの2〜3倍で、クロララクニオン藻のNmゲノムの進化を理解する上で重要な発見である。また、昨年度行なったクロララクニオン藻群内のNmゲノムサイズの多様性に関するデータは、カナダ・ダルハウジー大学のArchibald博士と共同で論文にまとめ、国際誌Journal of Eukaryotic Microbiologyに掲載された。クロララクニオン藻2種(L. vacuolata, L. amoebiformis)のヌクレオモルフゲノム全配列の決定:これまでに調査された中で最も小さなヌクレオモルフゲノム(約330Kb)を持つL. amoebiformisについて、パルスフィールドゲル電気泳動により分離されたヌクレオモルフ染色体DNAをゲルより精製した。それを本領域の支援班へ送付し、ドラフト配列として、886,639bp、(552断片)を得た。現在、さらなるアッセンブルを進めており、これまでに全断片数を93(うち主要断片は12本)まで減少させた。このうち23本(305,958bp)はおそらくヌクレオモルフDNAの断片であり、4本がミトコンドリア、3本が葉緑体DNAであると思われ、残る63本が由来不明の断片となっている。今後はヌクレオモルフ由来の23本に焦点を当て、完全配列の取得に努めるとともに、B. natansの既知のゲノム配列との比較を行なう予定である。また、L. vacuolataについては、パルスフィールドゲル電気泳動により分離されたヌクレオモルフ染色体DNAをゲルより精製し、支援班によりドラフト配列の決定がほぼ終了した。Paulinella chromatophoraのEST解析:Paulinella chromatophoraの培養株より純度の高い全RNAの抽出法を検討し、最終的に2μgの高純度のRNAを得た。民間の受託サービスによりcDNAライブラリーの作成と3,500EST配列の取得を完了した。

估计一种新型氯拉群藻的核能（NM）基因组大小：对新的氯拉拉群藻类菌株RCC365进行了更准确的染色体大小估计值（将作为新属的新属发表的专利），该属的NM基因已预测为上一年的NM基因，该属于1.BOM的NM基因。通过优化脉冲场凝胶电泳条件来改善每个染色体DNA的分辨率，并使用NM端粒序列作为探针进行南部杂交。结果，染色体的数量为三个，每个染色体DNA约为443.9 kb，333.2 kb和281.6 kb，总计约1.058 mb。这是已知的NM基因组大小的两到三倍，是理解藻类藻类NM基因组进化的重要发现。此外，与加拿大达尔豪西大学（Dalhousie University）的阿奇博尔德（Archibald）博士一起编写了有关去年进行的NM基因组大小多样性的数据，并发表在《国际真核生物微生物学杂志》上。测定两种氯拉氏藻藻类物种的完整核能基因组序列（L. actouolata，L。opibiformis）：通过脉冲场凝胶电泳分离的核能染色体DNA被从凝胶中纯化为小动物的凝胶，其小动物均具有最小的核核基因组（大约是核小核基因组）。这已发送给该领域的支持小组，草稿序列的获得为886,639 bp（552个片段）。我们目前正在进行进一步的组装工作，到目前为止，我们将碎片总数减少到93个（其中有12个主要碎片）。其中23个（305,958 bp）可能是核能DNA的片段，其中四个是线粒体，三个是叶绿体DNA，而其余的63个是未知来源的片段。将来，我们将专注于23个核能，努力获得完整的序列，并将它们与已知的基因组序列进行比较。此外，对于真空乳杆菌，从凝胶中纯化了由脉冲场凝胶电泳分离的核能染色体DNA，并且支持团队几乎完成了绘制序列。 Paulinella Chromomophora的EST分析：我们研究了总RNA的提取方法，该方法比培养的Paulinella Chromomophora更纯净，最后获得了2μg高纯度RNA。通过私人合同服务完成了cDNA库的创建和3,500 EST序列的获取。