ヌクレオモルフゲノムをモデルとした共生者ゲノムの縮小進化に関する比較ゲノム解析

使用核型基因组作为模型对共生体基因组进化减少进行比较基因组分析

• 批准号: 18017011
• 负责人: 石田 健一郎
• 金额: $ 5.95万
• 依托单位: University of Tsukuba
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
• 财政年份: 2006
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2006 至 2007
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-18017011/
• 关键词: ゲノム; 進化; 細胞内共生; ヌクレオモルフ; 葉緑体; クロララクニオン藻; 二次共生; オルガラ

新規クロララクニオン藻のヌクレオモルフ(Nm)ゲノムサイズの推定:昨年度1.OMb程度のNmゲノムを持つことが予測された新規クロララクニオン藻RCC365株(新属新種として論文発表予定)にっいて、より正確な染色体サイズ推定を行なった。パルスフィールドゲル電気泳動条件の最適化を行なうことにより各染色体DNAの分解能を向上させ、Nmのテロメア配列をプローブとしてサザンハイブリダイゼーションを行なった。その結果、染色体数は3本であり、各染色体DNAのサイズはおよそ443.9kb、333.2kb、281.6kbで、全部で約1.058Mbのサイズであった。これは既知のNmゲノムサイズの2〜3倍で、クロララクニオン藻のNmゲノムの進化を理解する上で重要な発見である。また、昨年度行なったクロララクニオン藻群内のNmゲノムサイズの多様性に関するデータは、カナダ・ダルハウジー大学のArchibald博士と共同で論文にまとめ、国際誌Journal of Eukaryotic Microbiologyに掲載された。クロララクニオン藻2種(L. vacuolata, L. amoebiformis)のヌクレオモルフゲノム全配列の決定:これまでに調査された中で最も小さなヌクレオモルフゲノム(約330Kb)を持つL. amoebiformisについて、パルスフィールドゲル電気泳動により分離されたヌクレオモルフ染色体DNAをゲルより精製した。それを本領域の支援班へ送付し、ドラフト配列として、886,639bp、(552断片)を得た。現在、さらなるアッセンブルを進めており、これまでに全断片数を93(うち主要断片は12本)まで減少させた。このうち23本(305,958bp)はおそらくヌクレオモルフDNAの断片であり、4本がミトコンドリア、3本が葉緑体DNAであると思われ、残る63本が由来不明の断片となっている。今後はヌクレオモルフ由来の23本に焦点を当て、完全配列の取得に努めるとともに、B. natansの既知のゲノム配列との比較を行なう予定である。また、L. vacuolataについては、パルスフィールドゲル電気泳動により分離されたヌクレオモルフ染色体DNAをゲルより精製し、支援班によりドラフト配列の決定がほぼ終了した。Paulinella chromatophoraのEST解析:Paulinella chromatophoraの培養株より純度の高い全RNAの抽出法を検討し、最終的に2μgの高純度のRNAを得た。民間の受託サービスによりcDNAライブラリーの作成と3,500EST配列の取得を完了した。

New rules ク ロ ラ ラ ク ニ オ ン algal の ヌ ク レ オ モ ル フ (Nm) ゲ ノ ム サ イ ズ の presumption: last year 1. The degree of OMb の Nm ゲ ノ ム を hold つ こ と が be さ れ た new rules ク ロ ラ ラ ク ニ オ ン algal RCC365 strains (new genus new species と し て paper 発 table to decide) に っ い て, よ り right な chromosome サ イ ズ presumed line を な っ た. パ ル ス フ ィ ー ル ド ゲ ル electric 気 swimming conditions の line optimization を な う こ と に よ り each chromosome DNA の can decompose を upward さ せ, Nm の テ ロ メ ア match column を プ ロ ー ブ と し て サ ザ ン ハ イ ブ リ ダ イ ゼ ー シ ョ ン を line な っ た. そ の results, three copies of chromosome number は で あ り, each chromosome DNA の サ イ ズ は お よ そ 443.9 KB, 333.2 KB, 281.6 KB で, all で about 1.058 Mb の サ イ ズ で あ っ た. こ れ は already know の Nm ゲ ノ ム サ イ ズ の 2 ~ 3 times で, ク ロ ラ ラ ク ニ オ ン algal の Nm ゲ ノ ム の evolution を understand す る で important な 発 see で あ る. ま た, yesterday's annual な っ た ク ロ ラ ラ ク ニ オ ン algal group の Nm ゲ ノ ム サ イ ズ の multiple others に masato す る デ ー タ は, カ ナ ダ · ダ ル ハ ウ ジ の ー university Dr Archibald と で papers together に ま と め, international volunteers -- Eukaryotic Microbiologyに publishes された. Two kinds of algae (L. vacuolata) L. amoebiformis) の ヌ ク レ オ モ ル フ ゲ ノ ム full match column の decision: こ れ ま で に survey さ れ た で も most small さ な ヌ ク レ オ モ ル フ ゲ ノ ム (330 KB) を つ L. Amoebiformis に つ い て, パ ル ス フ ィ ー ル ド ゲ ル electric 気 swimming に よ り separation さ れ た ヌ ク レ オ モ ル フ chromosome DNA を ゲ ル よ り refined し た. Youdaoplaceholder0 The へ support class of それを in this field is allocated へ, ドラフト is allocated と て て, 886,639bp, (552 fragments)を and た. Now, さ ら な る ア ッ セ ン ブ ル を into め て お り, こ れ ま で に fragment number を 93 (う ち main fragment は 12) ま で reduce さ せ た. 23 this (305958 bp) こ の う ち は お そ ら く ヌ ク レ オ モ ル フ の DNA fragment で あ り, 4 this が ミ ト コ ン ド リ ア, 3 this が chloroplast DNA で あ る と think わ れ and residual る 63 が origin unknown の fragment と な っ て い る. Future は ヌ ク レ オ モ ル フ origin の 23 this に focus を when て, completely match column の に Mr め る と と も に, b. natans の already know の ゲ ノ ム match column と の is line を な う designated で あ る. ま た, l. vacuolata に つ い て は, パ ル ス フ ィ ー ル ド ゲ ル electric 気 swimming に よ り separation さ れ た ヌ ク レ オ モ ル フ chromosome DNA を ゲ ル よ り refined し, support class に よ り ド ラ フ ト match column の decided が ほ ぼ end し た. Paulinella chromatophora <s:1> EST analysis: the Paulinella chromatophora <s:1> culture strain よ <s:1> high purity <e:1> the <s:1> whole RNA <s:1> extraction method を検 to obtain を検, and the final に2μg of high-purity <s:1> RNAを to obtain た. The private <s:1> was entrusted to サ サ ビスによ ビスによ ビスによ た cDNAラ ラ ブラリ ブラリ <e:1> と to make と3,500EST allocation <s:1> to obtain を completed た.

项目成果

Diversity of secondary endosymbiont-derived actin-coding genes in cryptomonads and their evolutionary implications.

隐单胞菌中次级内共生体衍生的肌动蛋白编码基因的多样性及其进化意义。

• 发表时间: 2006
• 期刊: Journal of Plant Research 119
• 作者: Tanifuji Goro;Mayumi Erata;Ken-ichiro Ishida;Naoko Onodera;Yoshiaki Hara
• 通讯作者: Yoshiaki Hara

Tracing the evolution of the light-harvesting antennae in chlorophyll a/b- containing organisms

• DOI: 10.1104/pp.092536
• 发表时间: 2007-04-01
• 期刊: PLANT PHYSIOLOGY
• 影响因子: 7.4
• 作者: Koziol, Adam G.;Borza, Tudor;Durnford, Dion G.
• 通讯作者: Durnford, Dion G.

Novel plastid-targeting signal required for targeting RbeS precursors into chlorarachniophyte plasitds is located within the mature protein region.

将 RbeS 前体靶向进入绿蛛植物质体所需的新型质体靶向信号位于成熟蛋白区域内。

• 发表时间: 2007
• 作者: Hirakawa;Y;Ishida;K.
• 通讯作者: K.

Single origin of Panlinella chycmatophora cyanelles.

Panlinella chycmatophora cyanelles 的单一起源。

• 发表时间: 2007
• 作者: Nakayama;T;Ishida;K.
• 通讯作者: K.

Phylogeny and nucleomorph karyotype diversity of chlorarachniophyte algae.

绿蛛藻的系统发育和核型核型多样性。

• 发表时间: 2007
• 期刊: Journal of Eukaryotic Microbiology 54
• 作者: Silver T.D.;Koike S.;Yabuki A.;Kofuji R.;Archibald J.M. and Ishida K.
• 通讯作者: Archibald J.M. and Ishida K.