ヌクレオモルフゲノムをモデルとした共生者ゲノムの縮小進化に関する比較ゲノム解析

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新規クロララクニオン藻のヌクレオモルフ(Nm)ゲノムサイズの推定:昨年度1.OMb程度のNmゲノムを持つことが予測された新規クロララクニオン藻RCC365株(新属新種として論文発表予定)にっいて、より正確な染色体サイズ推定を行なった。パルスフィールドゲル電気泳動条件の最適化を行なうことにより各染色体DNAの分解能を向上させ、Nmのテロメア配列をプローブとしてサザンハイブリダイゼーションを行なった。その結果、染色体数は3本であり、各染色体DNAのサイズはおよそ443.9kb、333.2kb、281.6kbで、全部で約1.058Mbのサイズであった。これは既知のNmゲノムサイズの2〜3倍で、クロララクニオン藻のNmゲノムの進化を理解する上で重要な発見である。また、昨年度行なったクロララクニオン藻群内のNmゲノムサイズの多様性に関するデータは、カナダ・ダルハウジー大学のArchibald博士と共同で論文にまとめ、国際誌Journal of Eukaryotic Microbiologyに掲載された。クロララクニオン藻2種(L. vacuolata, L. amoebiformis)のヌクレオモルフゲノム全配列の決定:これまでに調査された中で最も小さなヌクレオモルフゲノム(約330Kb)を持つL. amoebiformisについて、パルスフィールドゲル電気泳動により分離されたヌクレオモルフ染色体DNAをゲルより精製した。それを本領域の支援班へ送付し、ドラフト配列として、886,639bp、(552断片)を得た。現在、さらなるアッセンブルを進めており、これまでに全断片数を93(うち主要断片は12本)まで減少させた。このうち23本(305,958bp)はおそらくヌクレオモルフDNAの断片であり、4本がミトコンドリア、3本が葉緑体DNAであると思われ、残る63本が由来不明の断片となっている。今後はヌクレオモルフ由来の23本に焦点を当て、完全配列の取得に努めるとともに、B. natansの既知のゲノム配列との比較を行なう予定である。また、L. vacuolataについては、パルスフィールドゲル電気泳動により分離されたヌクレオモルフ染色体DNAをゲルより精製し、支援班によりドラフト配列の決定がほぼ終了した。Paulinella chromatophoraのEST解析:Paulinella chromatophoraの培養株より純度の高い全RNAの抽出法を検討し、最終的に2μgの高純度のRNAを得た。民間の受託サービスによりcDNAライブラリーの作成と3,500EST配列の取得を完了した。