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大規模全ゲノム関連解析によるアトピー性喘息疾患遺伝子の探索

通过大规模全基因组关联分析寻找特应性哮喘疾病基因

基本信息

批准号：
18018003
负责人：
野口恵美子
金额：
$ 5.44万
依托单位：
University of Tsukuba
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
财政年份：
2006
资助国家：
日本
起止时间：
2006 至 2007
项目状态：
已结题

来源：
https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-18018003/
关键词：
喘息全ゲノム関連解析

项目摘要

本研究では一塩基置換多型(SNP)よる喘息全ゲノム関連解析の結果から陽性となったSNP(一次解析)をさらに家系およびケースコントロールのサンプルを用いて関連解析(二次解析、三次解析)を行うことにより疾患感受性遺伝子を探索することを目的とする。本年度は気管支喘息のSNPの全ゲノム解析により気管支喘息発症と関連するSNPとして同定されたPEX19-1073C/A(rs2820421)の機能解析実験およびin silico analysisを行った。疾患との関連が認められたrs2820421は50kbにまたがる大きな連鎖不平衡ブロックの中にありこのブロック内には4遺伝子が存在する。SNP発現解析ソフトウェアであるmRNA by SNPソフトウェアによるin silico analysisではrs2820421はWDR42R およびPEX19遺伝子の発現を調節しているという結果が示唆された。ルシフェラーゼアッセイによる転写解析ではrs2820421のCアレルの転写活性はAアレルと比較して有意に高く、さらにゲルシフトアッセイでは、Aアレルを含むオリゴヌクレオチドはCアレルを含むものよりも結合能が高いことが観察された。以上の結果から、rs2820421領域になんらかの転写因子が結合し、下流の遺伝子発現を調節することにより喘息の疾患感受性に関わっている可能性が示唆された(Fujimotoら、論文投稿中)。

In this study, the results of association analysis of SNP(primary analysis), family and family were used to explore disease-susceptible genes (secondary analysis, tertiary analysis). This year, the functional analysis of the SNP associated with PEC 19- 1073C/A(rs2820421) was performed in silico analysis. The association between the disease and rs2820421 is 50kb long and the linkage disequilibrium between the disease and rs2820421 is 4 alleles long. SNP expression analysis of WDR42R and PEX19 mRNA by SNP expression in silico analysis The analysis results show that the activity of the compound is higher than that of the compound in rs2820421, and the activity of the compound in rs2820421 is higher than that in rs2820421. The above results show that the possibility of the combination of the writing factors in the domain rs2820421 and the modulation of the occurrence of downstream genes in the field rs2820421 is related to the susceptibility of wheezing (Fujimoto, paper submission).