難培養性細菌トレポネーマを中心とした混合感染症のゲノム解析とその応用

以难培养菌密螺旋体为中心的混合感染基因组分析及其应用

• 批准号: 18018033
• 负责人: 三澤 尚明
• 金额: $ 5.95万
• 依托单位: University of Miyazaki
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
• 财政年份: 2006
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2006 至 2007
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-18018033/
• 关键词: 趾乳頭腫症; 混合感染症; ゲノム; トレポネーマ; 病原細菌; 獣医学; 牛; 蹄病

ウシの趾乳頭腫症病変部から分離したスピロヘータは、Treponema phagedenisに近縁種であり、パルスフィールドゲル電気泳動法、およびRAPD-PCR法による遺伝子型を調べたところ、両解析においてDNA多型を示し、同一農場の異なる罹患牛または同一個体からの分離株間でもバンドパターンは大きく異なり、極めて高いバリエーションを持つことが明らかとなった。さらに分離菌株は、炎症を起こすメディエーター(IL8)の産生を強く惹起させる能力を持つことから、本症の病態に関与していることが示唆された。そこで、分離菌株の中からYG3903R株(予想ゲノムサイズは約3.3Mbp)を選定し、ランダムショットガン法による全ゲノム配列の解析を開始した。2Kbまでのフラグメントとして27,134リード、8〜10kbのインサートライブラリーの末端配列解析(9,920リード)とそれにより得られた58のブリッジングクローンの内部配列解析を行った。Internal sequencingとして769リードの配列からcontigを作成してアッセンブリーを行い、3,082Kbの塩基長を決定した。現時点でのGC含量は40.0%、推定ゲノムサイズは約3.2Mbで、rRNA領域は3セット確認されている。予測される全ゲノムサイズの8倍長のシークエンシングを行ったが、依然として42個のギャップが残っている。ゲノムの完全長を決定するため、40Kbのフォスミドライブライブリーを作製し、末端配列解析を行いながらギャップのクローシングとアッセンブルを行っている。今後は一部のブリッジングクローンについてショットガンシークエンシングを行い、アッセンブルを確認しながらフィニッシングを行うが、ゲノム内における組み換え等が危惧されるため、フィニッシングをより慎重に進めている。

Treponema phagedenisにNearly縁kindであり、パルスフィールドゲル电気法、およびRAPD-PCR method による缝子type べたところ、両analyzing においてDNA Type を SHOW, the same farm infected cattle, the same individual, the same individual, the isolation between strainsターンは大きくdifferentなり, 极めて高いバリエーションを志つことが明らかとなった.さらにisolated strainは、inflammatory こすメディエーター(IL8)のproduced をstrong The ability to start is the same as the ability to maintain, and the disease of this disease is related to the disease.そこで, isolated strain の中からYG3903R strain (Yuxiang ゲノムサイズは approximately 3.3Mb p)をSelectedし、ランダムショットガン法による全ゲノムarrayのanalyticをstartした. 2Kb までのフラグメントとして27, 134 リード, 8~10kb のインサートライブラリーの terminal configuration Column analysis (9,920リード)とそれにより得られた58のブリッジングクローンの internal arrangement column analysis を行った. Internal sequencingとして769リードのalignmentからcontigをproducedしてアッセンブリーを行い, 3,082Kb base lengthをdeterminationした. At present, the GC content of the product is 40.0%, the product is estimated to be about 3.2Mb, and the rRNA field is confirmed to be 3%. Predicted される全ゲノムサイズの8 times longer のシークエンシングを行ったが、still として 42 pieces of のギャップが residual っている.ゲノムの全lengthをdeterminationするため、40Kbのフォスミドライブライブリーをproducedし, terminal arrangement analysis を行いながらギャップのクローシングとアッセンブルを行っている. From now on, the first part of the futureシークエンシングを行い、アッセンブルをconfirmationしながらフNo danger Fear of されるため, フィニッシングをより cautious に入めている.

项目成果

ウシ趾乳頭腫症病変部より分離されたトレポネーマ分離株の性状および遺伝子型について

牛指乳头状瘤病病变密螺旋体分离株的特征及基因型

• 发表时间: 2008
• 作者: 矢野貴久;山崎和子;林哲也;三澤尚明
• 通讯作者: 三澤尚明

ウシの趾乳頭腫症病変組織から分離されたTreponema phagedenis近縁種の分子系統解析

从牛指乳头状瘤病病变中分离出的噬菌体密螺旋体相关种的分子系统发育分析。

• 发表时间: 2008
• 作者: 山崎和子;矢野貴久;Kyaw Kyaw Moe;大岡唯祐;林哲也;三澤尚明
• 通讯作者: 三澤尚明

Detection of a group II intron without open reading frame in the alpha toxin gene of Clostridium perfringens isolated from a broiler chicken

肉鸡产气荚膜梭菌α毒素基因中无开放阅读框的II组内含子的检测

• 发表时间: 2007
• 期刊: J. Bacteriol. 189
• 作者: Ma;M.;Ohtani;K.;Shimizu;T.;and Misawa;N.
• 通讯作者: N.

動物の感染症第2版(牛の趾乳頭腫症;分担執筆)

动物传染病第二版（牛指乳头状瘤病；合著者）

• 发表时间: 2006
• 作者: 今大路治之;他;三澤 尚明
• 通讯作者: 三澤 尚明

Development and evaluation of loop mediated isothermal amplification assay for rapid and simple detection of Campylobacter jejuni and Campylobactyer coli.

开发和评估环介导等温扩增测定法，用于快速、简单地检测空肠弯曲杆菌和大肠杆菌弯曲杆菌。

• 发表时间: 2008
• 期刊: Journal of Medical Microbiology 57
• 作者: Yamazaki;W.;Taguchi;M.;Ishibashi;M.;Kitazato;M.;Nukina;M.;Misawa;N.;and Inoue;K.
• 通讯作者: K.