シアノバクテリア遺伝子のゲノムワイドな機能クラスタリング

蓝藻基因的全基因组功能聚类

基本信息

  • 批准号:
    15013214
  • 负责人:
  • 金额:
    $ 3.58万
  • 依托单位:
  • 依托单位国家:
    日本
  • 项目类别:
    Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
  • 财政年份:
    2003
  • 资助国家:
    日本
  • 起止时间:
    2003 至 无数据
  • 项目状态:
    已结题

项目摘要

我々は、シアノバクテリアにおいては、蛍光の時間変化を解析することにより、さまざまな遺伝子破壊株の表現型を解析することが可能であることを見出し、さらには、蛍光の強度変化を2次元画像として扱うことによって、一度に数多くの変異株を大量解析することを可能とした。しかも、シアノバクテリアにおいては、光合成関連遺伝子だけではなく、ほとんどすべての代謝系の遺伝子の変異を、光合成色素であるクロロフィルの蛍光の変化としてとらえうる。本研究では、この新たに開発された方法を用いて、シアノバクテリアのゲノムがコードする約3,200の遺伝子のすべての破壊株の表現型を網羅的に解析することによって、シアノバクテリアのゲノム機能を明らかにすることを目的とする。また、クロロフィル蛍光の測定によりゲノムワイドに遺伝子の、いわば機能的クラースタリングを行い、遺伝子機能予測システムを構築する平成13年度までにランダムなトランスポゾン変異株を用いてゲノムの約1割の解析を行ったが、この方法では、表現型を観察できる変期株の割合が極めて低かった。そこで、平成15年度は、クローン化されたトランスポゾン導入破壊コンストラクトを用いて変異体の作成を行なった。その結果、蛍光による表現型の変化が認められた変異株の割合は4割を超え、この方法が極めて有効であることがわかった。今後は、ゲノム全体を対象に、この方法を適用することにより、遺伝子の機能的クラスタリングを行なう予定である。
The analysis of temporal variation of light and expression of plants is possible. Photosynthetic related genes are related to the metabolic system and are different from photosynthetic pigments. This study aims to develop a new method for the analysis of phenotypes in a population of approximately 3,200 individuals. The method for the determination of gene expression, gene function, gene function prediction and construction of gene expression prediction system was established in 2003. The method for the determination of gene expression, gene function prediction and gene function prediction was established in 2003. In 2015, the company began to introduce new products into the market. The result is that the phenotype changes and the method changes. In the future, we will apply this method to all objects and functions.

项目成果

期刊论文数量(2)
专著数量(0)
科研奖励数量(0)
会议论文数量(0)
专利数量(0)
Hihara, Y., Sonoike.K., Kanehisa, M., Ikeuchi.M.: "DNA microarray analysis of redox responsive genes in the genome of the cyanobacterium Synechocystis sp. PCC 6803"J.Bacteriology. 185. 1719-1725 (2003)
Hihara, Y.、Sonoike.K.、Kanehisa, M.、Ikeuchi.M.:“蓝藻集胞藻 PCC 6803 基因组中氧化还原反应基因的 DNA 微阵列分析”J.Bacteriology。
  • DOI:
  • 发表时间:
  • 期刊:
  • 影响因子:
    0
  • 作者:
  • 通讯作者:
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知道了