シアノバクテリア遺伝子のゲノムワイドな機能クラスタリング

蓝藻基因的全基因组功能聚类

• 批准号: 16013212
• 负责人: 園池 公毅
• 金额: $ 2.82万
• 依托单位: The University of Tokyo
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
• 财政年份: 2004
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2004 至 无数据
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-16013212/
• 关键词: シアノバクテリア; 遺伝子機能解析; ゲノム; 光合成; クロロフィル蛍光; トランスポゾン; Synechocystis; 表現型

現在までに数多くの生物において、全ゲノムのシークエンスが完了し、その網羅的解析が進行中である。光合成のモデル生物として非常に重要な位置をしめるSynechocystisにおいても、かずさDNA研究所によってその全ゲノムのシークエンスが完了し、ゲノムがコードする遺伝子の数はおよそ3,200と見積もられている。ところが、これらの遺伝子の機能解析は、残念ながら網羅的とはとうてい言えない状況である。本研究では、クロロフィル蛍光の2次元画像の時間変化を用いて、シアノバクテリアにおいては、光合成関連遺伝子だけではなく、ほとんどすべての代謝系の遺伝子の変異を、光合成色素であるクロロフィルの蛍光の変化としてとらえうることを見いだした。そして、この新たに開発された方法を用いて、以下の結果を得た。当初、ランダムな遺伝子変異によるスクリーニングを進めたが、その場合、蛍光によって表現型を解析できる変異株の数は、対象とした遺伝子の約2%にしかならないことが明らかとなった。そこで、トランスポゾンにより遺伝子が破壊されたコンストラクトをクローン化し、破壊された遺伝子の配列を決定したもの67株について、改めて蛍光による表現型解析を行なった。その結果、40株で蛍光の表現型が野生株と異なり、本方法によって表現型の解析が可能な遺伝子は約5割に達する可能性が示された。蛍光の表現型が野生型と異なった変異株には、光化学系IIの遺伝子、サイクリック電子伝達に関与すると言われている遺伝子、シグマ因子などさまざまな遺伝子があり、蛍光による遺伝子クラスタリングによって、遺伝子の機能解析を進めることができる可能性が示された。

Nowadays, the number of animals in the game, all the animals in the game, and the analysis of the nets are in progress. Photosynthetic biotechnology is very important and the position is very important Synechocystis DNA Research Instituteよってその全ゲノムのシークエンスが全し、ゲノムがコーThe number of はおよそ3,200 and the accumulation of もられている.ところが, これらの伝子のfunctional analysisは, and the とはとうてい语 えないstatus of the zannian ながら snare. This research is based on the time transformation of the 2-dimensional portrait of the クロロフィル蛍光. , ほとんどすべてのmetabolism system の缝子の変different を, photosynthetic pigment であるクロロフィルの蛍光の変化としてとらえうることを见いだした.そして、この新たに开発されたmethodを Use いて、The following results are obtained. At the beginning, ランダムな伝子変义によるスクリーニングを入めたが, そのoccasion, 荍光によってexpression typeをANALYSIS できる変different strainsのnumberは、対 resemble とした伝子のabout 2%にしかならないことが明らかとなった.そこで、トランスポゾンにより伝子が波壊されたコンストラクトをクローン化し、波壊された缝子のalignment decisionしたもの67 strainsについて、Changeめて荝光によるphenotype analysisを行なった. The result, 40 wild strains with light phenotype and different phenotypes, and the analysis of the phenotype of this method are possible, and the remaining 50% of the wild strains are possible. The phenotype of the wild type is the heterogeneous strain, and the photochemistry department II is the son of the wild type. .子などさまざまな缝子があり、荍光による缝子クラスタリングによって、缝子の Functional Analysisを入めることができるPossibility is shownされた.

项目成果

A cyanobacterial gene encoding an ortholog of Pirin is induced under stress conditions

• DOI: 10.1016/j.febslet.2004.06.102
• 发表时间: 2004-09-10
• 期刊: FEBS LETTERS
• 影响因子: 3.5
• 作者: Hihara, Y;Muramatsu, M;Sonoike, K
• 通讯作者: Sonoike, K