Genome wide protein structure and function prediction database using homology modelling

使用同源建模的全基因组蛋白质结构和功能预测数据库

• 批准号: 15013251
• 负责人: UMEYAMA Hideaki
• 金额: $ 35.84万
• 依托单位: Kitasato University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
• 财政年份: 2003
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2003 至 2004
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-15013251/
• 关键词: protein; structure; prediction; CASP; CAFASP; FAMS; GTOP; FAMSBASE; ゲノム; ホモロジーモデリング; コンピュータ解析; アライメント; FAMS、FAMSBASE; バイオインフォマティックス; プロテオーム; 遺伝子; タンパク質データベ-ス; タンパク質立体構造予測; 機能進化解析

Protein Structural Model database "FAMSBASE" was constructed using homology modeling program "FAMS".And homology search results web site "GTOP" was constructed.It is were available viahttp://www.pharm.kitasato-u.ac.jp/fams/http://spock.genes.nig.ac.jp/~genome/

利用同源建模程序FAMS建立了蛋白质结构模型数据库FAMSBASE，并建立了同源检索结果网站GTOP，它是可用的viahttp://www.pharm.kitasato-u.ac.jp/fams/http://spock.genes.nig.ac.jp/~genome/

项目成果

Protein structure prediction in CASP6 using CHIMERA and FAMS

使用 CHIMERA 和 FAMS 预测 CASP6 中的蛋白质结构

• 发表时间: 2005
• 期刊: Proteins (Published on line)
• 作者: Mayuko Takeda-Shitaka;Genki Terashi;Daisuke Takaya;Kazuhiko Kanou;Mitsuo Iwadate;Hideaki Umeyama
• 通讯作者: Hideaki Umeyama

Fukami-Kobayashi K, Tateno Y, Nishikawa K: "Parallel Evolution of Ligand Specificity Between LacI/GalR Family Repressors and Periplasmic Sugar-Binding Proteins"Molecular Biology and Evolution. 20・3. 267-277 (2003)

Fukami-Kobayashi K、Tateno Y、Nishikawa K：“LacI/GalR 家族阻遏物与周质糖结合蛋白之间的配体特异性的并行进化”《分子生物学与进化》20・3。

Estimation of the number of authentic orphan genes in bacterial genomes

• DOI: 10.1093/dnares/11.4.311
• 发表时间: 2004-08-31
• 期刊: DNA RESEARCH
• 影响因子: 4.1
• 作者: Fukuchi, S;Nishikawa, K
• 通讯作者: Nishikawa, K

Evaluation of homology modeling of the severe acute respiratory syndrome (SARS) coronavirus main protease for structure based drug design

• DOI: 10.1248/cpb.52.643
• 发表时间: 2004-05-01
• 期刊: CHEMICAL & PHARMACEUTICAL BULLETIN
• 影响因子: 1.7
• 作者: Takeda-Shitaka, M;Nojima, H;Umeyama, H
• 通讯作者: Umeyama, H

Searching for protein-protein interaction sites and protein-protein docking by the methods of molecular dynamics, grid scoring and the pair-wise interaction potential of amino acid residues.

利用分子动力学、网格评分和氨基酸残基配对相互作用势的方法寻找蛋白质-蛋白质相互作用位点和蛋白质-蛋白质对接。

• 发表时间: 2005
• 期刊: Proteins 60
• 作者: Terashi G;Takeda-Shitaka M;Takaya D;Umeyama H
• 通讯作者: Umeyama H