Phylogenomics of myzostomids and annelids - causes and consequences of incongruence in phylogenetic analyses

口口科和环节动物的系统发育组学 - 系统发育分析中不一致的原因和后果

基本信息

项目摘要

Whereas molecular phylogenies based on single or a few genes often lead to apparently conflicting signals, the use of phylogenomics was thought to overcome these problems, and “ending incongruence” was in sight. Despite these hopes, subsequent analysis of metazoan phylogeny using phylogenomic datasets still disagree in many parts of the tree. Reasons for incongruence between markers might be either biological or methodological. Using myzostomids as an example, it has been shown that genes belonging to different functional classes or macromolecular complexes support different hypothesis regarding the phylogenetic origin of this group. However, due to lack of data, analysing this phenomenon in a rigorous statistical framework was not possible yet. The proposed project aims to sequence the Myzostoma cirriferum transcriptom using 454-sequencing techniques. Analysing this data, it is proposed to investigate the role of functional classes of genes on phylogeny reconstruction. Moreover, it is planned to conduct simulation studies to investigate the impact of incongruent signal on analysing concatenated datasets. Finally, it is envisaged to establish a well supported phylogeny of annelid and related lophotrochozoan taxa with special emphasis placed on the Myzostomida.
虽然基于单个或几个基因的分子遗传学通常会导致明显相互矛盾的信号,但使用基因组学被认为可以克服这些问题,并且“结束不一致性”已经在望。尽管有这些希望,随后的分析后生动物的胚胎发育使用的基因组数据集仍然不同意在树的许多部分。标记物之间不一致的原因可能是生物学或方法学的。使用myzostomids作为一个例子,它已被证明,属于不同的功能类或大分子复合物的基因支持不同的假说,关于该组的系统发育起源。然而,由于缺乏数据,尚不可能在严格的统计框架内分析这一现象。该项目的目的是使用454测序技术对Myzostoma cirriferum transcriptom进行测序。分析这些数据,它是建议调查的作用,基因的功能类的胚胎重建。此外,计划进行模拟研究,以调查不一致信号对分析连接数据集的影响。最后,它设想建立一个良好的支持环节动物和相关的lophotrochozoan类群,特别强调放在Myzostomida的系统发育。

项目成果

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Analysis of phylogenetic signal in protostomial intron patterns using Mutual Information
使用互信息分析原口内含子模式中的系统发育信号
  • DOI:
    10.1007/s12064-012-0173-0
  • 发表时间:
    2013
  • 期刊:
  • 影响因子:
    1.1
  • 作者:
    Hill N;Leow A;Bleidorn C;Groth D;Tiedemann R;Selbig J;Hartmann S.
  • 通讯作者:
    Hartmann S.
Lophotrochozoan relationships and parasites. A snap-shot.
冠轮动物的关系和寄生虫快照
  • DOI:
    10.1051/parasite/2008153329
  • 发表时间:
    2008
  • 期刊:
  • 影响因子:
    2.9
  • 作者:
    Bleidorn C.
  • 通讯作者:
    Bleidorn C.
Myoanatomy of Myzostoma cirriferum (Annelida, Myzostomida): Implications for the evolution of the Myzostomid body plan
  • DOI:
    10.1002/jmor.20107
  • 发表时间:
    2013-04-01
  • 期刊:
  • 影响因子:
    1.5
  • 作者:
    Helm, Conrad;Weigert, Anne;Bleidorn, Christoph
  • 通讯作者:
    Bleidorn, Christoph
A PCR survey of Hox genes in the myzostomid Myzostoma cirriferum
  • DOI:
    10.1007/s00427-009-0282-z
  • 发表时间:
    2009-04-01
  • 期刊:
  • 影响因子:
    2.4
  • 作者:
    Bleidorn, Christoph;Lanterbecq, Deborah;Tiedemann, Ralph
  • 通讯作者:
    Tiedemann, Ralph
On the phylogenetic position of Myzostomida: can 77 genes get it wrong?
  • DOI:
    10.1186/1471-2148-9-150
  • 发表时间:
    2009-07-01
  • 期刊:
  • 影响因子:
    3.4
  • 作者:
    Bleidorn C;Podsiadlowski L;Zhong M;Eeckhaut I;Hartmann S;Halanych KM;Tiedemann R
  • 通讯作者:
    Tiedemann R
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