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Parameterized algorithmics for bioinformatics

生物信息学参数化算法

基本信息

批准号：
50500304
负责人：
Professor Dr. Rolf Niedermeier (†)
金额：
--
依托单位：
Institut für Softwaretechnik und Theoretische Informatik
依托单位国家：
德国
项目类别：
Research Grants
财政年份：
2007
资助国家：
德国
起止时间：
2006-12-31 至 2013-12-31
项目状态：
已结题

来源：
https://gepris.dfg.de/gepris/projekt/50500304?language=en
关键词：
Parameterized algorithmics bioinformatics

项目摘要

Das Projekt Parametrisierte Algorithmik bioinformatischer Probleme (PABI) zielt auf die Untersuchung der Ursachen der NP-Schwere einer großen Zahl von Problemen der algorithmischen Bioinformatik. Der Fokus der Theoriegruppe liegt hierbei auf Problemen des Daten Clustering und der Datenanalyse, der Phylogenetik und damit verwandten Problemen und der Analyse biologischer Netzwerke. Die eingesetzten algorithmischen Entwurfsmethoden umfassen in Polynomzeit ausführbare Datenreduktionsregeln und Problemkerne, tiefenbeschränkte Suchbäume, Color-Coding und iterative Kompression. Diese Untersuchungen werden ergänzt durch Implementierungsarbeiten und darauf basierende Experimente (besonders mit frei verfügbaren, realen Daten), dabei die Leitlinien des Algorithm Engineering beachtend. Alle entwickelten Software-Werkzeuge sollen frei verfügbar gemacht werden. Es gibt einen engen Austausch mit der Jenaer Bioinformatikgruppe (Prof. Böcker), insbesondere die Implementierungen und Experimente (Algorithm Engineering) betreffend. Sowohl die parametrisierte Algorithmik als auch die Bioinformatik prägen des Jenaer Lehr- und Forschungsprofil maßgeblich mit. Etliche studentische Arbeiten laufen in diesem Bereich. Es ist angedacht, ein internationales Dagstuhl-Forschungsseminar im Schnittfeld Parameterisierte Algorithmik, Bioinformatik und Algorithm Engnieering zum Projektende hin zu beantragen, an dem dann Forscher aus aller Welt teilnehmen sollen.

参数化生物信息学问题（PABI）是NP算法在生物信息学中的一个重要应用。该理论小组的重点是数据聚类和数据分析问题、系统发生学和重大问题以及生物学网络分析。Die eingesetzten algorithmischen Entwurfsmethoden umfassen in Polynomzeit ausführbare Datenreduktionsregeln und Problemkerne，tiefenbeschränkte Suchbänke，Color-Coding und iterative Kompression.这些韦尔登的研究是通过实验实现的（最好是通过自由测试，真实数据），这是算法工程的指导原则。所有的软件都可以自由地运行韦尔登。这是一个由Jenaer Bioinformatikgruppe（Böcker教授）主持的工程师Austausch，致力于实现和实验（算法工程）。因此，参数化的生物信息学也可以用于Jenaer Lehr- und Forschungsprofil masse geblich mit。学生劳动者在劳动力市场上劳芬。这是一次在Schnittfeld参数化生物学、生物信息学和算法工程学的国际数据研究研讨会，旨在为世界研究者提供解决方案。