Optimal solutions for hard problems in computational biology

计算生物学难题的最佳解决方案

• 批准号: 5292128
• 负责人: Professor Dr. Rolf Niedermeier (†)
• 金额: --
• 依托单位: Fachbereich IV: Informatik
• 依托单位国家: 德国
• 项目类别: Research Grants
• 财政年份: 2000
• 资助国家: 德国
• 起止时间: 1999-12-31 至 2005-12-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://gepris.dfg.de/gepris/projekt/5292128?language=en
• 关键词: Optimal; solutions; hard; problems; computational

Die algorithmische Biologie hat sich zu einem unabhängigen und interdisziplinären Forschungsgebiet im Querschnitt der Bereiche Biologie, Chemie, Informatik und Mathematik entwickelt. Viele Probleme aus diesem Bereich sind kombinatorischer Natur und erweisen sich als von hoher Berechnungskomplexität. Der Molekularbiologe Joseph Felsenstein wird 1998 wie folgt zitiert: "About ten years ago some computer scientists came by and said they heard we have some really cool problems. They showed that the problems were NP-complete and went away."Die Untersuchung der Handhabbarkeit kombinatorisch schwieriger Probleme der Molekularbiologie ist das zentrale Anliegen dieses Projekts. Der Schwerpunkt liegt dabei auf exakten Algorithmen mit optimalen Lösungen und garantierten Laufzeitschranken. Insbesondere ist unser Anliegen, die parametrisierte Komplexität von biologischen Problemen zu ermitteln. Kernidee der parametrisierten Komplexität ist es, die "kombinatorische Explosion", z.B. bei NP-harten Problemen, auf einen Parameter einzuschränken und dadurch schnelle Algorithmen mit optimalen und nicht nur angenäherten Lösungen zu erhalten. Die Implementierung dieser Festparameter-Algorithmen ergänzen wir mit heuristischen Strategien und können so das Laufzeitverhalten weiter verbessern. [...]In Zusammenarbeit mit Partnern aus Biologie und Biochemie arbeiten wir an harten kombinatorischen Problemen in der Analyse von DNA-Sequenzen wie Phylogenetik, Primer-Design, Motivsuche und Genomvergleich.

2 .算法与生物，如：unabhängigen和interdisziplinären，在生物，化学，信息和数学方面的研究。Viele Probleme as diesem berichich sinatorischer nature和erweisen sich也von hoher Berechnungskomplexität。分子生物学家约瑟夫·费尔森斯坦（Joseph Felsenstein） 1998年说：“大约十年前，一些计算机科学家过来说，他们听说我们有一些非常酷的问题。结果表明，这些问题是np完全的，并且消失了。“分子生物学问题”与“中心遗传工程”。Schwerpunkt light dabei auexakten Algorithmen mit optimalen Lösungen and garantierten Laufzeitschranken。参考文献1 .参考文献1 .参考文献1 .参考文献1 .参考文献1 .参考文献1 .参考文献1 .参考文献1 .参考文献1 .参考文献1 .参考文献1 .参考文献1。Kernidee der parametric isierten Komplexität ist . es, die“combinatorische Explosion”，z.B. bei NP-harten problem, auf - inen Parameter einzuschränken and dadurch schnelle algorithm mit optimalen and nicutnor angenäherten Lösungen zu erhalet。基于启发式策略和können的模型参数算法的实现。[…[3] [ei] .北京：生物与生物化学研究所，生物与生物化学研究所，生物与生物化学研究所。基于系统发育学、引物设计、动机和基因组技术的dna序列分析中的问题。]