Development of in silico transition state analogue molecular design method based on large-scale electronic structure calculations

基于大规模电子结构计算的计算机过渡态模拟分子设计方法的发展

• 批准号: 16KT0168
• 负责人: Otsuka Takao
• 金额: $ 2.41万
• 依托单位: Institute of Physical and Chemical Research
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
• 财政年份: 2016
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2016-07-19 至 2020-03-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-16KT0168/
• 关键词: 遷移状態アナログ; 大規模電子状態計算; Nudged Elastic Band法; order-N; ヒストン; シトクロムP450; 遷移状態探索; 大規模電子状態; インシリコ創薬; 反応性部位; 反応部位予測; 分子設計

项目成果

Constant temperature order-N first-principles molecular dynamics calculations of biomolecular system and short-time behavior

生物分子系统的恒温N阶第一性原理分子动力学计算及短时行为

• 发表时间: 2016
• 作者: Takao Otsuka;Makoto Taiji;David R. Bowler;Tsuyoshi Miyazaki
• 通讯作者: Tsuyoshi Miyazaki

Linear-scaling first-principles molecular dynamics of complex biological systems with the CONQUEST code

使用 CONQUEST 代码线性缩放复杂生物系统的第一原理分子动力学

• 发表时间: 2016
• 期刊: Japanese Journal of Applied Physics
• 影响因子: 1.5
• 作者: Takao Otsuka;Makoto Taiji;David R. Bowler;Tsuyoshi Miyazaki
• 通讯作者: Tsuyoshi Miyazaki

Application of order-N first-principles DFT calculations with temperature controlled molecular dynamics to biomolecular system

温控分子动力学N阶第一性原理DFT计算在生物分子系统中的应用

• DOI: 10.1088/1742-6596/1136/1/012025
• 发表时间: 2018
• 期刊: Journal of Physics: Conference Series
• 作者: Takao Otsuka;Makoto Taiji
• 通讯作者: Makoto Taiji

Quantum chemical analysis of reaction indices and reaction path for drug molecules

药物分子反应指标和反应路径的量子化学分析

• DOI: 10.1088/1742-6596/1290/1/012021
• 发表时间: 2019
• 期刊: Journal of Physics: Conference Series
• 作者: Takao Otsuka;Noriaki Okimoto;Hiroaki Saito;Makoto Taiji
• 通讯作者: Makoto Taiji

量子化学計算による薬物分子の代謝反応性部位と初期反応過程に関する考察

使用量子化学计算考虑药物分子中的代谢反应位点和初始反应过程

• 发表时间: 2019
• 作者: 大塚教雄;沖本憲明;齋藤大明;泰地真弘人
• 通讯作者: 泰地真弘人