Effiziente Simulation langsamer dynamischer Prozesse in biologischen Makromolekülen

生物大分子缓慢动态过程的高效模拟

• 批准号: 5215202
• 负责人: Professor Dr. Michael Nilges
• 金额: --
• 依托单位: Laboratoire de Bioinformatique Structurale
• 依托单位国家: 德国
• 项目类别: Research Grants
• 财政年份: 1999
• 资助国家: 德国
• 起止时间: 1998-12-31 至 2004-12-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://gepris.dfg.de/gepris/projekt/5215202?language=en
• 关键词: Effiziente; Simulation; langsamer; dynamischer; Prozesse

Wir haben eine Methode zur effizienten Simulation langsamer dynamischer Prozesse in Makromolekülen entwickelt. Diese Methode benutzt konformationelle Restraints, die in dem durch die Hauptkomponenten der Dynamik bestimmten Raum definiert sind. Ziel des Forschungsvorhabens ist es, die Methode auf das Studium von biologisch interessanten Prozessen anzuwneden, welche große Konformationsänderungen erfordern: (1) Protein-Protein Docking von Systemen mit ausgeprägter Konformationsänderung des Rückgrats der Peptidkette beim Übergang von der freien zur gebundenen Form; (2) Substratzutritt und Produktfreisetzung bei Enzymen, deren Oberfläche und aktives Zentrum topologisch nicht zusammenhängend sind; und (3) Entwicklung eines Modells für den kompakten denaturierten Zustand von Proteinen ("molten globule"), das die scheinbar widersprüchlichen experimentellen Befunde zu interpretieren vermag.

用habine方法有效地模拟了makromolek_lentwickelt中langsamer动力学过程。本方法在构造约束条件下，采用动力学估计方法确定了三维三维模型的模态。Ziel des forschungsvohabens ist es， die方法of das Studium von biologisch interessantenprozessen and zuwneden， welche große Konformationsänderungen erfordern:(1) Protein-Protein Docking von Systemen mit ausgeprägter Konformationsänderung des r<s:1> ckgrats der Peptidkette bem Übergang von der freien zur gebundenen Form；(2)底物与产酶，deren Oberfläche和活性物Zentrum拓扑夜zusammenhängend sind；[3] [endwicklung eines models f<s:1> r den kompakten denaturierten Zustand von Proteinen], [d] die scheinbar widersprichen experimentellen Befunde zu interpretieren vermag.]