Effiziente Simulation langsamer dynamischer Prozesse in biologischen Makromolekülen

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Wir haben eine Methode zur effizienten Simulation langsamer dynamischer Prozesse in Makromolekülen entwickelt. Diese Methode benutzt konformationelle Restraints, die in dem durch die Hauptkomponenten der Dynamik bestimmten Raum definiert sind. Ziel des Forschungsvorhabens ist es, die Methode auf das Studium von biologisch interessanten Prozessen anzuwneden, welche große Konformationsänderungen erfordern: (1) Protein-Protein Docking von Systemen mit ausgeprägter Konformationsänderung des Rückgrats der Peptidkette beim Übergang von der freien zur gebundenen Form; (2) Substratzutritt und Produktfreisetzung bei Enzymen, deren Oberfläche und aktives Zentrum topologisch nicht zusammenhängend sind; und (3) Entwicklung eines Modells für den kompakten denaturierten Zustand von Proteinen ("molten globule"), das die scheinbar widersprüchlichen experimentellen Befunde zu interpretieren vermag.