Development of an informatics system for quantitative trait locus analysis with the aid of DNA markers

借助 DNA 标记开发数量性状位点分析信息学系统

基本信息

  • 批准号:
    07556004
  • 负责人:
  • 金额:
    $ 6.53万
  • 依托单位:
  • 依托单位国家:
    日本
  • 项目类别:
    Grant-in-Aid for Scientific Research (A)
  • 财政年份:
    1995
  • 资助国家:
    日本
  • 起止时间:
    1995 至 1997
  • 项目状态:
    已结题

项目摘要

A computer program MAPL97 for construction of DNA marker linkage map and quantitative trait locus (QTL) analysis which was written on Visual Basic and is available on Win95 system was developed and announced in a home page of web. The program can be used for QTL analysis of allogamous plant species and silkworm F2 in additoion to ordinary F2, BC and DH.Simlulated data can be generated for each type of populations to test the calculation procedures. The program has been effectively utilized for the consturction of the DNA marker linkage map of silkworm and also is widely used for QTL analysis of rice and other plant species. A method for estimation of the mode, degree and position on the linkage map of a lethel factor which leads to distortion of segregation data was developed for BC,DH,and silkworru F2.A new map function in which an obligatory crossover on a chromosome is taken into account was presented and a good fitness of the map function to the observed data in rice was found. A m … More ethod for effective selection of a quantitative trait which utilizes both information of DNA marker types and the phenotypic value of the quantitative trait was developed. Conditions under which the method is more effective than the one solely based on marker types and ordinary selection method based on phenotypes of a trait were tabulated. Fisher's amount of information for estimate of recombination values were calculated for varying generations of recombinant inbred lines and it was found that a marked increase in the amount of information with generation was found in case of dominant DNA markers such as RAPD.Eespecially in case of repulsion phase, recombinant inbred lines was proven to be very effective for mapping.When grain shape of barley DH lines was described by Elliptic Fourie descriptor, subjected to principal component analysis and further score of each principal component was evaluated by QTL analysis, several peaks for LOD score graph suggesting the presence of QTL was observed. Quantitative description of whole shape of a growing plant by Fuzzy sets was attempted in soybean. Less
用Visual Basic语言编写了一个可在Win95系统上运行的DNA标记连锁图构建和QTL分析程序MAPL 97,并在网上发布。该程序除可用于普通F2、BC和DH群体外,还可用于植物异花授粉种和家蚕F2群体的QTL分析,并可生成各类群体的模拟数据以检验计算程序。该程序已有效地用于家蚕DNA标记连锁图的构建,并广泛应用于水稻等植物的QTL分析。本文提出了一种估计导致BC、DH和丝蚕F_2分离数据失真的Lethel因子在连锁图上的模式、程度和位置的方法。提出了一种考虑染色体上专性交换的新的图函数,并发现该图函数对水稻的观测数据有很好的拟合。应用该图函数,可以估计出导致BC、DH和丝蚕F_2分离数据失真的Lethel因子在连锁图上的模式、程度和位置。 ...更多信息 提出了一种利用DNA标记类型信息和数量性状表型值进行有效选择的方法。表中列出了该方法比单纯基于标记类型的选择方法和普通的基于性状表型的选择方法更有效的条件。对不同世代的重组自交系计算了用于估计重组值的Fisher信息量,发现在显性DNA标记如RAPD的情况下,信息量随世代的增加而显著增加,特别是在排斥相的情况下。用椭圆傅里叶描述符描述大麦DH系的粒形时,主成分分析和QTL分析进一步评估每个主成分的得分,LOD得分图观察到几个峰,表明QTL的存在。本文尝试用模糊数学方法对大豆植株的整体形态进行定量描述。少

项目成果

期刊论文数量(24)
专著数量(0)
科研奖励数量(0)
会议论文数量(0)
专利数量(0)
Cheng, R.: "Estimation of recombination value in the presence of missclassification of a trait in RFLP mapping." Theor.Appl.Genet.92. 524-531 (1996)
Cheng, R.:“在 RFLP 作图中性状存在错误分类的情况下估计重组值。”
  • DOI:
  • 发表时间:
  • 期刊:
  • 影响因子:
    0
  • 作者:
  • 通讯作者:
程融ほか: "Detection and estimation of lethal factors by using a DNA polymorphism linkage map." Theor.Appl.Genet.93. 494-502 (1996)
Cheng 等人:“使用 DNA 多态性连锁图检测和估计致死因素。”Theor.Appl.Genet.93 (1996)。
  • DOI:
  • 发表时间:
  • 期刊:
  • 影响因子:
    0
  • 作者:
  • 通讯作者:
Chow, S.ほか: "Phylogenetic relationships between tuna species of the genus Thunnus (Scombridae:Teleostei)" J.Mol.Evol.41. 741-748 (1995)
Chow, S. 等人:“Thunnus 属金枪鱼物种之间的系统发育关系(Scombridae:Teleostei)” J.Mol.Evol.41 (1995)。
  • DOI:
  • 发表时间:
  • 期刊:
  • 影响因子:
    0
  • 作者:
  • 通讯作者:
生出 真理 ほか: "ダイズ草姿判別におけるニューラルネットワークモデル." システム農学. 12. 13-20 (1996)
Mari Ikude 等人:“大豆草外观辨别的神经网络模型。” 系统农业 12. 13-20 (1996)
  • DOI:
  • 发表时间:
  • 期刊:
  • 影响因子:
    0
  • 作者:
  • 通讯作者:
梶矢弘美ほか: "Effective production of RFLP markers between closely related varieties of rice by genomic subtraction." Breed.Sci.46・4. 387-391 (1996)
Hiromi Kajiya 等人:“通过基因组消减在密切相关的水稻品种之间有效产生 RFLP 标记。”Breed.Sci.46·4 (1996)。
  • DOI:
  • 发表时间:
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  • 影响因子:
    0
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  • 通讯作者:
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    2022
  • 资助金额:
    $ 6.53万
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    Alexander Graham Bell Canada Graduate Scholarships - Master's
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  • 批准号:
    22K05571
  • 财政年份:
    2022
  • 资助金额:
    $ 6.53万
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  • 财政年份:
    2021
  • 资助金额:
    $ 6.53万
  • 项目类别:
    Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
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知道了