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一塩基多型を利用した癌抑制遺伝子異常のDNA診断

利用单核苷酸多态性对抑癌基因异常进行 DNA 诊断

基本信息

批准号：
10153245
负责人：
林建志
金额：
$ 2.11万
依托单位：
Kyushu University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas (A)
财政年份：
1998
资助国家：
日本
起止时间：
1998 至无数据
项目状态：
已结题

来源：
https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-10153245/
关键词：
SNP LOH PLACE-SSCP法癌抑制遺伝子 ATM

项目摘要

癌の発生、進行過程に起きる遺伝子構造変化、特に癌抑制遺伝子の機能喪失を網羅的に明らかにすることが、癌の診断、予後に重要である。本研究では、個々の癌組織に起きた多数の癌抑制遺伝子の構造異常、機能喪失を効率良く検出するために、それぞれの遺伝子領域に存在する複数の一塩基多型(single nucleotide polymorphism,SNP)を収集し、これをヘテロ体喪失(loss of heterozygosity,LOH)の検出に用いる実験系を確立することを目的とする。SNPの収集および検定には、非常に多数のPCR産物の分析が必要なので、極めて効率のよい多型検出技術が不可欠である。また、検査対象となるがん組織には正常組織の混入が避けられないので、LOHでのアレルの喪失は100%ではない。従ってLOHの同定にはアレルの定量的検出が要求される。そこで本研究では、これらの要求を満たすPLACE-SSCP法を開発し、これによって高精度、高効率で多数の座位のアレルを定量する方法を確立した。PLACE-SSCP法とは、PCR産物を単純操作のみで蛍光標識し、これを自動化キャピラリー電気泳動装置によってのSSCP分析するものであり、一貫変異配列検出システムとして高度に自動化、客観化されたシステムである。またこれによるアレル定量の精度は数%以下である。更に日本人40人、欧米人78人のDNAをそれぞれ混合し、これをPLACE-SSCP法によって分析することによりそれぞれの人種で高頻度に多型を示すSNPを多数同定し、また、人種間での多型頻度の差を明らかにした。一方、がん抑制遺伝子の一種である巨大遺伝子ATMの、アタキシア患者での突然変異を多数同定し、この遺伝子内の多数のSNPを発見した。

Cancer initiation, progression, gene structural transformation, especially cancer suppression, gene function loss, and the prevention, diagnosis, and prognosis of cancer are important. In this study, we established a system for detecting structural abnormalities and loss of function (LOH) of most cancer suppressor genes in various cancer tissues. SNP detection is necessary for the analysis of most PCR products, and it is necessary to improve the efficiency of polymorphic detection techniques. For example, if you want to check the image, you should check the normal tissue, avoid the mixing, and lose 100% of the LOH. LOH identification and quantitative detection requirements In this study, we developed the PLACE-SSCP method and established a quantitative method for determining the number of seats with high accuracy and efficiency. PLACE-SSCP method is a highly automated and customized method for PCR product identification and purification. The accuracy of quantification is less than a few %. In addition, DNA from 40 Japanese and 78 Europeans was mixed and analyzed by PLACE-SSCP method. Most of the polymorphic SNPs were identical among ethnic groups, and the frequency of polymorphic SNPs among ethnic groups was different. A large number of genetic variants, including ATM and SNPs, were identified in a single gene, while a large number of genetic variants were identified in a single gene.