Characterization of IBD-DNA in porcine hernia inguinalis and scrotalis using "genomic mismatch scanning" (GMS)

使用“基因组错配扫描”(GMS) 表征猪腹股沟疝和阴囊中的 IBD-DNA

• 批准号: 5293691
• 负责人: Professor Dr. Bertram Brenig
• 金额: --
• 依托单位: Tierärztliches Institut
• 依托单位国家: 德国
• 项目类别: Research Grants
• 财政年份: 2000
• 资助国家: 德国
• 起止时间: 1999-12-31 至 2004-12-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://gepris.dfg.de/gepris/projekt/5293691?language=en
• 关键词: Characterization; IBD; DNA; porcine; hernia

"Genomic mismatch scanning(GMS)" ist ein relativ neues Verfahren zur genetischen Kartierung, mit dem DNA-Bereiche, die zwischen zwei komplexen Genomen identisch sind (IBD-DNA), isoliert werden. Die IBD-DNA wird in zwei Schritten isoliert: (i) Nach einer Hybridisierung der Genome werden Heterohybride mit einer Kombination von Restriktionsmethylasen und methylierungssensitiven Endonukleasen aufgereinigt und (ii) anschließend Heterohybride mit Nukleotidfehlpaarungen in vitro mit den E. coli Reparaturenzymen MutHLS eliminiert. Übrig bleiben Heterohybride ohne Nukleotidfehlpaarungen, deren genomischer Ursprung durch Fluoreszenz in situ Hybridisierung (FISH) auf Metaphase-Chromosomen und Klonierung von PACs weiter untersucht wird. Der Vorteil von GMS besteht darin, daß ohne Kenntnis der Ätiologie eines genetischen Defekts, die Kartierungsgenauigkeit eines theoretisch unbegrenzt informativen Markersets erreicht wird, ohne dabei die Anzahl der zu untersuchenden Individuen (Meiosen)erhöhen zu müssen. Gerade bei komplexen genetischen Merkmalen, wie sie in der Tierzucht in Form der QTLs von Bedeutung sind, bietet GMS einen weitaus innovativeren Ansatz zur Isolierung ursächlicher Gene, als die traditionelle Mikrosatellitentypisierung mit nachfolgender positioneller Klonierung oder Kandidatengenanalyse. Wie aus der Literatur ersichtlich, wurde GMS bei landwirtschaftlichen Nutztieren bisher nicht eingesetzt. GMS stellt gerade bei der "affected-relativ-pair" Kopplungsanalyse das ideale Verfahren zur Aufklärung einer genetischen Erkrankungen oder eines QTLs dar. Im vorliegenden Antrag soll GMS zur Aufklärung der genetischen Ursache der porcinen Hernia inguinalis oder scrotalis eingesetzt werden.

“基因组错配扫描（GMS）”是一种相对较新的遗传学研究方法，它与DNA-标记、两种复杂的基因识别方法（IBD-DNA）结合，可分离出韦尔登。IBD-DNA可分为两类：（i）通过限制性甲基化和甲基化敏感性内切酶的联合作用进行基因组韦尔登;（ii）通过E.大肠杆菌修复酶MutHLS消除剂。利用染色体原位杂交技术（FISH）对PAC细胞进行染色体和克隆的原位杂交，可以获得具有核特异性的异源杂交细胞。大湄公河次区域的最大优势在于，由于遗传学的缺陷，遗传学理论无法提供信息，因此，个体（Meiosen）的分析也会变得更加困难。在复杂的遗传学Merkmalen中，如在不同QTL的形式上进行分层，GMS是一种创新性的分离ursächlicher基因的方法，也是传统的微卫星分型方法，采用了基因定位仪Klonierung或Kandidatengenanalysis。就像文学作品一样，GMS在土地使用者中并不存在。通过“影响相对对”的方法对核不育进行了遗传学效应或QTL的理想选择分析。在猪腹股沟疝或阴囊韦尔登的遗传性Ursache的GMS辅助治疗中，