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真核生物の比較ゲノム情報解析

真核生物比较基因组信息分析

基本信息

批准号：
12208049
负责人：
後藤修
金额：
--
依托单位：
Research Institute for Clinical Oncology, Saitama Cancer Center
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas (C)
财政年份：
2000
资助国家：
日本
起止时间：
2000 至无数据
项目状态：
已结题

项目摘要

ヒトをはじめ、酵母、線虫、昆虫、植物においてそれぞれを代表する生物種の全ゲノム配列が決定された。複数の真核生物ゲノム配列の比較を通じて、そこに書き込まれた高次の情報を読み解くことを目的とする。スプライシングシグナル定量化の基となるエクソン・イントロン境界データを大量に得るため、ゲノム配列とそれに由来するcDNAあるいはEST配列との比較を効率よく行うプログラムをまず作成した。様々な原因に由来するノイズの除去が予想外に大きな問題であったが、ヒト、C.elegans、D.melanogaster、A.thalianaそれぞれ16,000〜30,000の独立したイントロン挿入位置が同定できた。得られたスプライシング境界近傍についてサイト間の塩基分布の相関を検討した。イントロン5境界近傍には、4生物種を通して類似した特徴的なパターンが見出された。一方、イントロンの長さの分布にはそれぞれの生物種毎にかなりの差違が見られた。同一ゲノム上に多数のパラログを擁する多重遺伝子族の遺伝子構造を共同的に予測する手法の完全自動化を試みた。まだ改良すべき点は残るものの、人手による介入を大幅に削減出来ることが示せた。いくつかのゲノムプロジェクトの完了がアナウンスされたが、配列そのものおよびアノテーションの質についての検討はこれからである。この研究の目的の一つは比較ゲノム情報解析を通じてアノテーションの精度を高めることである。薬物代謝酵素など実用上重要な遺伝子族については独自の予測結果を順次公開していく予定である。一方、転写や翻訳の開始・終了、スプライシングシグナルの特徴、また遺伝子上のイントロンの密度や長さの分布などは、真核生物ゲノムの進化を考える上で重要な要素となる。本研究の成果はより高次のレベルの生命情報解析の基盤になるものと期待される。

The yeast, worms, insects, plants represent the biology, the whole body, the column, and the decision. The complex number of eukaryotes is better than that of eukaryotes and eukaryotes. In order to determine the quality of the system, a lot of information is available on the basis of the quantitative analysis, such as the availability of a large number of data, the allocation of cDNA, the allocation of EST, the rate of comparison, the rate of comparison, and so on. The reason for this is the cause of the accident. In addition, you need to know more about the major problems. You need to know that your location is the same as that of others. You need to know that your location is the same as that of C.elegans, D.melanogaster, A.thaliana, 16000000, and 30000. You can tell me that the boundary is close to the boundary, and the distribution of the base is very close. The five levels are close to each other, and the four biometric generic types are similar to the special ones. On the one hand, there is a long distribution of biologics. there is a difference between the two. On the same platform, most of the sub-families of multiple sub-families do not have a common "to-do" technique that is fully automated. In order to improve the situation, we need to improve the number of points, and the manual intervention has been greatly cut out. I don't know what to do. I don't know. I don't know what to do. I don't know what to do. The purpose of the study is to analyze the information of the general information, the accuracy, the accuracy and the accuracy. It is important for the use of enzyme substitutes that the sub-family of enzymes is used alone. As a result, the results are open to the public for the first time. On the one hand, there are some important factors in the evolution of eukaryotes, such as the beginning of the review, the special test, the long-term distribution of the density, and the evolution of eukaryotes. The results of this study are as follows: the results of this study.