HLA領域にマップされる癌感受性遺伝子の同定

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ヒト第6染色体6p21.3に存在するHLA(human leukocyte antigen)領域内のclassIおよびclassII遺伝子のある対立遺伝子と皮膚癌が相関すると報告があるが、原因遺伝子の同定までには至っていない。そこで皮膚癌の発症率が高いオーストラリアにて収集された皮膚癌患者集団150人および健常者集団200人の血液よりDNAを抽出し、各個人のDNA量が同一になるよう集団別にpooled DNAを調整した。我々がすでに明らかにしたHLA領域のゲノムシークエンスから確立した45遺伝子座のマイクロサテライトマーカー、さらに6p21.3を網羅するためにドラフトシークエンスから確立した86遺伝子座のマイクロサテライトマーカーを使用した。それぞれのマーカーについて患者集団および健常者集団のpooled DNAを用いてPCRを行ない、この産物をABI3700シークエンサーにて泳動することにより、両集団の対立遺伝子頻度を算出した。その結果、HLA classI領域内のHLA-C遺伝子座からHLA-E遺伝子座において連鎖不平衡が観察された。一方HLA classIIおよびclassIII領域では認められなかった。オーストラリア人集団を用いた従来の報告ではHLA classIIに存在する遺伝子座において連鎖不平衡が観察されるが、HLA classI領域では見いだされていないことから、今回の結果は全く新しい知見である。さらに興味深いことはHLA-C遺伝子座からHLA-E遺伝子座の間には、p53タンパクを制御することが知られているDDR遺伝子、ならびに紫外線照射により発現が誘導されるIEX遺伝子が存在している。今後は連鎖不平衡が観察された領域のマーカーについて、個体別に対立遺伝子を同定、さらにハプロタイプを推定することにより皮膚癌の感受性領域を詳細に絞り込み、疾患感受性遺伝子を同定する予定である。