脊索動物ホヤの遺伝学的解析の基盤整備―――系統の確立とエンハンサートラップの開発

脊索动物海鞘遗传分析基础设施的建立——品系的建立和增强子陷阱的开发

• 批准号: 01J60048
• 负责人: 狩野 俊吾
• 金额: $ 2.3万
• 依托单位: Kyoto University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for JSPS Fellows
• 财政年份: 2001
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2001 至 2003
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-01J60048/
• 关键词: Ciona intestinalis; 連鎖地図; 系統作製; 海産無脊椎動物; 遺伝学; 国際情報交換; 室内系統; ホヤ; 遺伝地図; 遺伝的多型; 国際研究者交流

遺伝的に識別が容易な2つの野生集団(イタリア・ナポリ産とイギリス・プリマス産)のコーディング領域の塩基配列比較を行い、exonでは集団内で保存性が極めて高く(多型は少なく)、一方でintronではinsertion/deletionまたは塩基配列の違いが見られ(多型が多く)、この集団間の交配パネルがcDNA mappingに適していることを明らかにした。このような遺伝的背景を固定するため、ナポリ産集団より個体を選抜し弟妹交配によりF4を作製した。AFLPマーカーをベースとした遺伝地図の作製を、プリマス産とナポリ産のF1 pseudo-crossによる交配パネルを用いて行った。これにより各(集団)個体由来の2つの連鎖地図が得られ、約230個のプリマス産由来AFLPマーカーからなる連鎖地図は14の連鎖群を形成し全体長は約2,950cMであった。この連鎖地図は飽和には至っていないものの染色体数(2n=28)に相当する連鎖群に収束することから、各連鎖群は染色体に対応して考えることが出来ると考えられる。一方で約110個のナポリ産由来AFLPマーカーは9つの連鎖群と非連鎖マーカー群に分類された。2つの集団間でのマーカー数が異なることは、a)使用した個体の多型度合いが少ない、b)生殖細胞(卵と精子)によって減数分裂の度合いが異なる、ことの反映だと考えられる。AFLPマーカーをSTSマーカーに変換したところ、ほとんどのマーカーがCionaゲノムデータベース上で一意に対応し、これらのマーカーがSTSマーカーとなることが分かった。これらのSTSマーカーはCiona intestinalisにおけるゲノムアッセンブルに有用である。例えば、scaffolod39,scaffold304は同一の染色体に位置し、scaffold22,scaffold417はそれぞれ前者2つとは違う染色体に位置することが示唆される。これらのSTSマーカーは新たな遺伝マーカーとなり、系統評価のための遺伝的プロファイルの作製、物理地図との対応付け、育種学的な手法の導入などに有効であると考えられる。

我们比较了两个遗传上易于识别的野生人群的编码区域的核苷酸序列（来自纳波利，意大利，意大利和英格兰普利茅斯），发现外显子在人群中的保守性极高（较少的多态性），而内含子在插入或核位序列（Most ot ot pol poligation Polyming Polyming polymity Polymortion-Polymorlimed Polymormormormormormormormormormormormormormormormormormormormormormormormormormormormormormormormormormormormormormormormormormorlistion sy Planist promphismortive syperiant）差异（M.） cDNA映射。为了解决这种遗传背景，从那不勒斯人群中选择个体，F4是通过兄弟姐妹交配而产生的。使用来自普利茅斯和那不勒斯的F1伪交配面板制备了基于AFLP标记的遗传图。这产生了每个（组）个体的两个链接图，并且由大约230个普利茅斯衍生的AFLP标记组成的连锁图组成，形成了14个链接组，总长度约为2,950厘米。尽管此连杆映射尚未达到饱和度，但它会收敛到与染色体数量相对应的连锁组（2n = 28），因此人们认为可以在与染色体的对应中考虑每个链接组。另一方面，将那不勒斯的大约110个AFLP标记分为9个连锁组和非链接标记组。两种种群之间的标记数量不同被认为是a）所用个体的多态性程度的反映，b）减数分裂程度取决于生殖细胞（卵和精子）。当将AFLP标记转换为STS标记时，发现大多数标记物在Ciona基因组数据库上唯一对应，并且这些标记成为STS标记。这些STS标记对于Ciona Intestinalis中的基因组组装很有用。例如，脚手架39和脚手架位于同一染色体上，脚手架22和脚手架417位于与前两个染色体上。这些STS标记成为新的遗传标记，被认为在创建用于系统评估的遗传特征，将它们与物理图关联并引入育种技术方面有效。

项目成果

Dehal: "The draft genome of Ciona intestinalis insights into chordate and vertebrate origins"Science. 298(5601). 2157-2167 (2002)

Dehal：“海鞘基因组草图深入了解脊索动物和脊椎动物的起源”《科学》。

Sasakura Y, Awazu S, Chiba S, Kano S, Satoh N.: "Application of Minos, one of the Tc1/mariner superfamily transposable elements, to ascidian embryos as a tool for insertional mutagenesis."Gene. 308. 11-20 (2003)

Sasakura Y、Awazu S、Chiba S、Kano S、Satoh N.：“Minos（Tc1/mariner 超家族转座元件之一）在海鞘胚胎中的应用，作为插入诱变的工具。”基因。

Sasakura: "Application of Minos, one of the Tc1/mariner superfamily transposable elements, to ascidian embryos as a tool for insertional mutagenesis"Gene. (in press). (2003)

Sasakura：“将 Minos（Tc1/mariner 超家族转座元件之一）应用于海鞘胚胎，作为插入诱变的工具”基因。