Generation of a high-resolution genome map using haploid and hybrid organisms and its application to genetic analysis
使用单倍体和杂交生物体生成高分辨率基因组图谱及其在遗传分析中的应用
基本信息
- 批准号:20H00429
- 负责人:
- 金额:$ 29.12万
- 依托单位:
- 依托单位国家:日本
- 项目类别:Grant-in-Aid for Scientific Research (A)
- 财政年份:2020
- 资助国家:日本
- 起止时间:2020-04-01 至 2024-03-31
- 项目状态:已结题
- 来源:
- 关键词:
项目摘要
アユの半数体、ブリ・ヒラマサのハイブリッド、チョウザメとヘラチョウザメのハイブリッドの3系統のサンプルについてDNAタイピングの準備を進めた。アユ半数体の各個体(稚魚)からは約120ngのDNAが得られた。そのうち192個体に対して、全ゲノムシーケンシングのライブラリー調製が完了した。チョウザメとヘラチョウザメのハイブリッドに対して70個体のライブラリー調製が完了した。ブリ・ヒラマサのハイブリッドについては各個体から得られるDNA量が60ng以下であったため、良質なライブラリー調製のための実験条件の検討を進めた。ナマズ雌とギギ(Pelteobagrus nudiceps)雄を交配した結果、若干数の授精胚が得られた。またコチョウザメ(Acipenser ruthenus)に関して半数体胚、および第二極体放出阻止型の雌性発生胚が得られた。また、コチョウザメ雌(2n=120)とシベリアチョウザメ雄(2n=240)の交配を試みたが卵質不良のため発生しなかった。長野県産のマツタケ子実体から抽出したDNAを最新のロングリード配列解析装置を使って解析することで、本種がもつ13本の染色体の塩基配列(合計1.6億塩基対)と、ミトコンドリアの環状DNA(7.6万塩基対)を端から端までひとつづきで決定することに初めて成功した。マツタケが21,887個の遺伝子をもつこと、ゲノムの71.6%は転移因子などのリピート配列が占めることを明らかにした。マツタケゲノムの高頻度のリピート配列に着目し、野外サンプルからのマツタケDNAの効果的検出方法について検討し、20分以内に在不在の判断がつく可能性が示された。シイタケに関してアガロースゲルマイクロカプセル中に単離した胞子のDNAのMDA法による増幅等を試みたが、DNA増幅にバイアスがかかるなどして全ゲノムを満遍なく増幅する手法の確立には至らなかった。
The preparation of the DNA fragment of the 3-system is advanced. Each individual (juvenile) of half of the fish was found to have about 120ng of DNA. The modulation of Sōno Uchi 192 individuals is complete, and the all-necessary menu is completed. It is the first time that we have completed the adjustment of 70 bodies. The amount of DNA obtained from each individual is less than 60ng, and the quality of the DNA is improved. Pelteobagrus nudiceps male mating, several fertilized embryos The female embryo of the type with the inhibition of the release of the second polar body is obtained. The female (2n=120) and male (2n=240) were tested for poor egg quality. Nagano's new DNA sequencing device was used to analyze the nucleotide sequence of 13 chromosomes (160 million nucleotide pairs in total) and the cyclic DNA of 13 chromosomes (76,000 nucleotide pairs). 21,887 pieces of information are required to be transferred to 71.6% of the total. The detection method of DNA and its effect is discussed in detail, and the possibility of non-existence is shown in the judgment within 20 minutes. The DNA amplification method of the isolated cells was used to test the DNA amplification of the isolated cells.
项目成果
期刊论文数量(13)
专著数量(0)
科研奖励数量(0)
会议论文数量(0)
专利数量(0)
Construction of a chromosome-level Japanese stickleback species genome using ultra-dense linkage analysis with single-cell sperm sequencing.
- DOI:10.1093/nargab/lqac026
- 发表时间:2022-06
- 期刊:
- 影响因子:4.6
- 作者:Yoshitake K;Ishikawa A;Yonezawa R;Kinoshita S;Kitano J;Asakawa S
- 通讯作者:Asakawa S
Localization of KK13 peptide and their potential against ALS
KK13 肽的定位及其抗 ALS 的潜力
- DOI:
- 发表时间:2022
- 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:柳井鴻太郎;正岡直也;小杉賢一朗;藤本将光;Afsana Bhuiyan・Shuichi Asakawa ・Nahoko Bailey Kobayashi ・Tetsuhiko Yoshida
- 通讯作者:Afsana Bhuiyan・Shuichi Asakawa ・Nahoko Bailey Kobayashi ・Tetsuhiko Yoshida
Characterization and phylogenetic position of two sympatric sister species of toxic flatworms Planocera multitentaculata and Planocera reticulata (Platyhelminthes: Acotylea)
有毒扁虫两个同域姐妹种 Planocera multitentaculata 和 Planocera reticulata(扁形动物:Acotylea)的特征和系统发育位置
- DOI:10.1080/23802359.2020.1730255
- 发表时间:2020
- 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:Ryo Yonezawa;Shiro Itoi;Yoji Igarashi;Kazutoshi Yoshitake;Hikaru Oyama;Shigeharu Kinoshita;Rei Suo;Shinichi Yokobori;Haruo Sugita;Shuichi Asakawa
- 通讯作者:Shuichi Asakawa
Discovery and functional understanding of MiRNAs in molluscs: a genome-wide profiling approach
- DOI:10.1080/15476286.2020.1867798
- 发表时间:2021-01-09
- 期刊:
- 影响因子:4.1
- 作者:Huang, Songqian;Yoshitake, Kazutoshi;Asakawa, Shuichi
- 通讯作者:Asakawa, Shuichi
{{
item.title }}
{{ item.translation_title }}
- DOI:
{{ item.doi }} - 发表时间:
{{ item.publish_year }} - 期刊:
- 影响因子:{{ item.factor }}
- 作者:
{{ item.authors }} - 通讯作者:
{{ item.author }}
数据更新时间:{{ journalArticles.updateTime }}
{{ item.title }}
- 作者:
{{ item.author }}
数据更新时间:{{ monograph.updateTime }}
{{ item.title }}
- 作者:
{{ item.author }}
数据更新时间:{{ sciAawards.updateTime }}
{{ item.title }}
- 作者:
{{ item.author }}
数据更新时间:{{ conferencePapers.updateTime }}
{{ item.title }}
- 作者:
{{ item.author }}
数据更新时间:{{ patent.updateTime }}
浅川 修一其他文献
CHO細胞遺伝子増幅メカニズムの解明にむけた染色体上増幅領域の配列解析
染色体扩增区域序列分析,阐明CHO细胞基因扩增机制
- DOI:
- 发表时间:
2007 - 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:
高木 康弘;矢野 秀法;曹 溢華;朴 俊映;大政 健史;浅川 修一;清水 信義;大竹 久夫 - 通讯作者:
大竹 久夫
ヒト人工染色体(HAC)導入マウスを用いたダウン症原因遺伝子の解明
使用引入小鼠的人类人工染色体 (HAC) 阐明导致唐氏综合症的基因
- DOI:
- 发表时间:
2007 - 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:
宮本 憲一;鈴木 伸卓;堺 弘介;浅川 修一;岡崎 恒子;清水 信義;池野 正史;工藤 純 - 通讯作者:
工藤 純
ヒト人工染色体(HAC)導入マウスを用いたダウン症の原因遺伝子と遺伝子量効果解明への試み
尝试使用引入人类人工染色体(HAC)的小鼠来阐明唐氏综合症的致病基因和基因剂量效应
- DOI:
- 发表时间:
2012 - 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:
宮本 憲一;鈴木 伸卓;堺 弘介;浅川 修一;岡崎 恒子;清水 信義;池野 正史;工藤 純 - 通讯作者:
工藤 純
集中治療室(ICU)の診療体制と診療パフォーマンス.(「岐路に立つ医療-「崩壊」から再建へ」<第二部>質と安全確保のために、医療業務体制と労働環境はいかにあるべきか).
重症监护病房(ICU)医疗救护体系与医疗绩效(《十字路口的医疗——从崩溃到重建》<第二部分>医疗工作体系和工作环境应该怎样才能保证质量和安全?蚊子) 。
- DOI:
- 发表时间:
2007 - 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:
宮本 憲一;鈴木 伸卓;堺 弘介;浅川 修一;岡崎 恒子;清水 信義;池野 正史;工藤 純;林田賢史. - 通讯作者:
林田賢史.
Analysis of the specific chromosomal region adjacent to the DHFR gene amplified in CHO cells
CHO 细胞中扩增的 DHFR 基因附近特定染色体区域的分析
- DOI:
- 发表时间:
2008 - 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:
朴 俊映;高木 康弘;矢野 秀法;曹 溢薄;Kim Wookdong;大政 健史;浅川 修一;清水 信義;大竹 久夫 - 通讯作者:
大竹 久夫
浅川 修一的其他文献
{{
item.title }}
{{ item.translation_title }}
- DOI:
{{ item.doi }} - 发表时间:
{{ item.publish_year }} - 期刊:
- 影响因子:{{ item.factor }}
- 作者:
{{ item.authors }} - 通讯作者:
{{ item.author }}
{{ truncateString('浅川 修一', 18)}}的其他基金
デジタルゲノムマッピング法の確立と新規ゲノム解析への応用
数字基因组作图方法的建立及其在新型基因组分析中的应用
- 批准号:
23H00342 - 财政年份:2023
- 资助金额:
$ 29.12万 - 项目类别:
Grant-in-Aid for Scientific Research (A)
Elucidation of the function of piRNAs ubiquitously expressed in mollusks
阐明软体动物中普遍表达的 piRNA 的功能
- 批准号:
20F20395 - 财政年份:2020
- 资助金额:
$ 29.12万 - 项目类别:
Grant-in-Aid for JSPS Fellows
Elucidation of molecular mechanism of indeterminate growth of skeletal muscle in fish
阐明鱼类骨骼肌无限生长的分子机制
- 批准号:
18F18389 - 财政年份:2018
- 资助金额:
$ 29.12万 - 项目类别:
Grant-in-Aid for JSPS Fellows
躁鬱病原因遺伝子の探索
寻找导致躁狂抑郁症的基因
- 批准号:
11770560 - 财政年份:1999
- 资助金额:
$ 29.12万 - 项目类别:
Grant-in-Aid for Encouragement of Young Scientists (A)
ヒトBACライブラリーを用いた脳神経系疾患原因遺伝子の探索
利用人类 BAC 文库寻找导致大脑和神经系统疾病的基因
- 批准号:
10176231 - 财政年份:1998
- 资助金额:
$ 29.12万 - 项目类别:
Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas (A)
脳神経特異的に発現される遺伝子の探索と機能解析
脑神经特异表达基因的搜索及功能分析
- 批准号:
09280232 - 财政年份:1997
- 资助金额:
$ 29.12万 - 项目类别:
Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
家族性聾原因遺伝子の解明
阐明导致家族性耳聋的基因
- 批准号:
09771377 - 财政年份:1997
- 资助金额:
$ 29.12万 - 项目类别:
Grant-in-Aid for Encouragement of Young Scientists (A)
遺伝性自己免疫疾患関連遺伝子のポジショナルクローニング
遗传性自身免疫性疾病相关基因的定位克隆
- 批准号:
08770331 - 财政年份:1996
- 资助金额:
$ 29.12万 - 项目类别:
Grant-in-Aid for Encouragement of Young Scientists (A)
ダウン症関連遺伝子の網羅的同定を目指した実験系の確立と候補遺伝子の単離
唐氏综合症相关基因综合鉴定实验体系建立及候选基因分离
- 批准号:
07770924 - 财政年份:1995
- 资助金额:
$ 29.12万 - 项目类别:
Grant-in-Aid for Encouragement of Young Scientists (A)