超好熱始原菌由来転写関連因子TIPの転写調節機構解明

阐明源自超嗜热古菌的转录相关因子TIP的转录调控机制

• 批准号: 13014213
• 负责人: 松村 浩由
• 金额: $ 1.02万
• 依托单位: Osaka University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas (A)
• 财政年份: 2001
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2001 至 无数据
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-13014213/
• 关键词: 超好熱始原菌; Thermococcus kodakaraensis KOD1; TBP-interacting protein; 転写反応抑制因子; TATA-binding protein (TBP); セレノメチオニン; 異常分散法; X線構造解析

超好熱始原菌Thermococcus kodakaraensis KOD1株由来の転写関連因子TBP-interacting protein(TIP)は、転写開始前複合体の形成に必須であるTATA-binding protein(TBP)に結合することで、TBPがTATA-boxに結合するのを阻害し、転写反応を抑制するタンパクである。本研究では、始原菌における独自の転写機構及び耐熱化のメカニズムについて解明することを目的としてTIPの結晶学的研究に取り組んだ。本特定領域の研究費で購入した培養装置を用いて、TIPの遺伝子を導入したセレノメチオニ〓メチオニンで置換したTIPの精製、及びTIPの結晶化を行った。結晶化はハンギングドロップ〓の濃度のタンパク溶液に対し、沈殿剤として5%(wt/wt)PEG8000、緩衝液として100mM ME〓れた。この結晶は正方晶系に属し、空間群はP4_32_12、格子定数はa=b=74.34Å,c=86.〓TIPのMADデータ収集は、SPring-8の40B2ビームラインで行った。Peak(0.9793Å)、Edge(0.9795Å)、Remote(0.9873Å)の3波長で回折強度データ収集を行ったところ、3.0Å分解能に対してR_<merge>の値はそれぞれ7.6%、7.1%、7.3%であり、Completenessはこの分解能の範囲で、すべての波長セットについて100%であった。プログラムCNSを用いてMAD法による処理を行ったところ、パターソンマップ上にセレン由来と思われるピークを確認できたので、位相計算及び溶媒平滑化を行ったところ、二次構造の確認できる電子密度を得ることができた。現在、主鎖の約80%にあたる200残基をトレースし、モデル構築を進めている。今後は構造の精密化を行い、TBPとの結合様式について検討を行い、超好熱始原菌特有の転写機構について検討を加える予定である。

The origin of the super thermophilic protobacterium Thermococcus kodakaraensis KOD1 strain is the TBP-interacting protein (TIP), which is necessary for the formation of the precomplex complex before the onset of TIP. TATA-binding Protein(TBP) is binding, TBP is binding, TATA-box is binding, and TBP is binding and blocking, and 転WRITE is inhibiting and inhibiting. This research is based on the original writing mechanism of the protobacteria and the heat-resistant design of the original bacteriaついて解明することをPurposeとしてTIPのCrystallographic researchにGETり集团んだ. The research funds in this specific field are used to purchase and use the culture equipment, and the TIP is to be introduced.ノメチオニ〓メチオニンで Replacement したTIPのRefining, and びTIPのCrystallizationを行った. Crystallized はハンギングドロップ〓のconcentration のタンパク solution に対し, Shen Dian 剤として 5% (wt/wt) PEG8000, buffer solution として 100mM ME〓れた. The このcrystal is a tetragonal crystal system, the space group is P4_32_12, and the lattice definite number is a=b=74.34Å,c =86.〓TIPのMADデータCollectionは、SPring-8の40B2ビームラインで行った. Peak (0.9793Å), Edge (0.9795Å), Remote (0.9873Å), 3-wavelength refraction intensity, 3.0Å decomposition energy, に対してR _<merge>の値はそれぞれ7.6%, 7.1%, 7.3%であり, Complete The decomposition ability of teness is 100%, and the wavelength of すべてのwavelength is 100%.プログラムCNSをUse the いてMAD method to process を行ったとThe origin of ころ、パターソンマップ上にセレンと思われるピークをConfirmation of できたので, phase calculation and びsolvent smoothing を行ったところ, confirmation of secondary structure できるelectron density ることができた. At present, about 80% of the main lock is made of 200 residues of をトレースし and モデルconstructed をめている. In the future, we will determine the structure of the structure, the combination of TBP and the structure, and the structure of the ultra-thermophilic protozoa unique to it.

项目成果

H.Hashimoto, et al.: "Crystal structure of DNA polymerase from hyperthermophilic archaeon Pyrococcus Kodakaraensis KOD1"J. Mol. Biol.. 306. 469-477 (2001)

H.Hashimoto 等人：“来自超嗜热古菌 Pyrococcus Kodakaraensis KOD1 的 DNA 聚合酶的晶体结构”J.

E.Mizohata, et al.: "Crystallization and preliminary X-ray diffraction analysis of glutathione-dependent dehydroascorbate reductase from spinach chloroplasts."Acta Cryst.. D57. 1726-1728 (2001)

E.Mizohata 等人：“菠菜叶绿体中谷胱甘肽依赖性脱氢抗坏血酸还原酶的结晶和初步 X 射线衍射分析。”Acta Cryst.. D57。

E.Mizohata, et al.: "Crystal structure of activated ribulose-1, 5-bisphosphate carboxylase/oxygenase from green alga Chlamydomonas reinhardtii complexed with 2-carboxyarabinitol-1, 5-bisphosphate."J.Mol.Biol.. 316. 677-689 (2002)

E.Mizohata 等人：“来自绿藻莱茵衣藻的活化核酮糖-1, 5-二磷酸羧化酶/加氧酶与 2-羧基阿拉伯糖醇-1, 5-二磷酸复合的晶体结构。”J.Mol.Biol.. 316。