超好熱始原菌由来転写関連因子TIPの転写調節機構解明

阐明源自超嗜热古菌的转录相关因子TIP的转录调控机制

• 批准号: 13014213
• 负责人: 松村 浩由
• 金额: $ 1.02万
• 依托单位: Osaka University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas (A)
• 财政年份: 2001
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2001 至 无数据
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-13014213/
• 关键词: 超好熱始原菌; Thermococcus kodakaraensis KOD1; TBP-interacting protein; 転写反応抑制因子; TATA-binding protein (TBP); セレノメチオニン; 異常分散法; X線構造解析

超好熱始原菌Thermococcus kodakaraensis KOD1株由来の転写関連因子TBP-interacting protein(TIP)は、転写開始前複合体の形成に必須であるTATA-binding protein(TBP)に結合することで、TBPがTATA-boxに結合するのを阻害し、転写反応を抑制するタンパクである。本研究では、始原菌における独自の転写機構及び耐熱化のメカニズムについて解明することを目的としてTIPの結晶学的研究に取り組んだ。本特定領域の研究費で購入した培養装置を用いて、TIPの遺伝子を導入したセレノメチオニ〓メチオニンで置換したTIPの精製、及びTIPの結晶化を行った。結晶化はハンギングドロップ〓の濃度のタンパク溶液に対し、沈殿剤として5%(wt/wt)PEG8000、緩衝液として100mM ME〓れた。この結晶は正方晶系に属し、空間群はP4_32_12、格子定数はa=b=74.34Å,c=86.〓TIPのMADデータ収集は、SPring-8の40B2ビームラインで行った。Peak(0.9793Å)、Edge(0.9795Å)、Remote(0.9873Å)の3波長で回折強度データ収集を行ったところ、3.0Å分解能に対してR_<merge>の値はそれぞれ7.6%、7.1%、7.3%であり、Completenessはこの分解能の範囲で、すべての波長セットについて100%であった。プログラムCNSを用いてMAD法による処理を行ったところ、パターソンマップ上にセレン由来と思われるピークを確認できたので、位相計算及び溶媒平滑化を行ったところ、二次構造の確認できる電子密度を得ることができた。現在、主鎖の約80%にあたる200残基をトレースし、モデル構築を進めている。今後は構造の精密化を行い、TBPとの結合様式について検討を行い、超好熱始原菌特有の転写機構について検討を加える予定である。

TBP-interacting protein(TIP), a genetic factor of Thermococcus kodakaraensis KOD1 strain, inhibits TATA-binding protein(TBP) binding and anti-TBP binding, which is essential for the formation of pre-TBP complexes. This study was conducted to investigate the mechanism of protozoa development and the mechanism of heat resistance. The research expenses of this specific field include the use of culture equipment, introduction of TIP molecules, purification of TIP molecules, and crystallization of TIP molecules. Crystallization: The concentration of PEG8000 in the solution is 5%(wt/wt) and the buffer is 100 mM. This crystal belongs to the tetragonal system, space group P4_32_12, lattice number a=b=74.34,c=86. TIP's data set MAD, SPring-8's 40B2 data set Peak(0.9793), Edge(0.9795), Remote(0.9873) 3 wavelength reflection intensity data collection line, 3.0 resolution energy corresponding to R_<merge>values are 7.6%, 7.1%, 7.3%; Completeness; Range of resolution energy; Wavelength; 100%; The method of calculating the phase and smoothing the solvent is used to determine the electron density. At present, about 80% of the 200 residues in the main lock are in the process of being constructed. In the future, the refinement of the structure, the combination of TBP and the combination of TBP, the special writing mechanism of the super-good pyrogen, and the pre-determination of TBP will be carried out.

项目成果

H.Hashimoto, et al.: "Crystal structure of DNA polymerase from hyperthermophilic archaeon Pyrococcus Kodakaraensis KOD1"J. Mol. Biol.. 306. 469-477 (2001)

H.Hashimoto 等人：“来自超嗜热古菌 Pyrococcus Kodakaraensis KOD1 的 DNA 聚合酶的晶体结构”J.

E.Mizohata, et al.: "Crystallization and preliminary X-ray diffraction analysis of glutathione-dependent dehydroascorbate reductase from spinach chloroplasts."Acta Cryst.. D57. 1726-1728 (2001)

E.Mizohata 等人：“菠菜叶绿体中谷胱甘肽依赖性脱氢抗坏血酸还原酶的结晶和初步 X 射线衍射分析。”Acta Cryst.. D57。

E.Mizohata, et al.: "Crystal structure of activated ribulose-1, 5-bisphosphate carboxylase/oxygenase from green alga Chlamydomonas reinhardtii complexed with 2-carboxyarabinitol-1, 5-bisphosphate."J.Mol.Biol.. 316. 677-689 (2002)

E.Mizohata 等人：“来自绿藻莱茵衣藻的活化核酮糖-1, 5-二磷酸羧化酶/加氧酶与 2-羧基阿拉伯糖醇-1, 5-二磷酸复合的晶体结构。”J.Mol.Biol.. 316。