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知識情報処理的手法を用いたDNAチップからの遺伝子ネットワーク解析

使用知识信息处理方法对 DNA 芯片进行基因网络分析

基本信息

批准号：
13208008
负责人：
花井泰三
金额：
$ 2.88万
依托单位：
Kyushu University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas (C)
财政年份：
2001
资助国家：
日本
起止时间：
2001 至 2002
项目状态：
已结题

项目摘要

本年度の研究計画に基づいて以下のような研究業績をあげました。(1)DNAマイクロアレイによる大腸菌の遺伝子発現量測定DNAマイクロアレイを用いて、有機溶媒等大腸菌に有害と考えられる液体に接触させ、その際の遺伝子発現を測定した。この際、有機溶媒の種類などによって発現される遺伝子群に大きな違いが出ることが分かった。また、有機溶媒の毒性に対する耐性度のことなる大腸菌に種類を用意し、同一の有機溶媒に接触させると、同じ挙動をとるもの、大きく挙動が異なるものなどの遺伝子群が観察できた。(2)適応共鳴理論(ART)による発現遺伝子のグループ化(クラスタリング)酵母の胞子形成時の時系列マイクロアレイデータ(P.BrownらScience282,699-705(1998))に対して、従来から行われている統計的手法の階層的クラスタリング、k平均アルゴリズム、自己組織化ネットワークと今回あらたに適用するART(適用共鳴理論:知識情報処理手法の一つ)による解析を行った。これらの手法を先のデータに適応したところ、生化学的知見に基づく結果に最も近い結果が得られたのは、ARTであった。マイクロアレイ実験では、遺伝子の発現量に、0.5から2倍程度の誤差があると言われている。実際の実験データに人工的にこれらの範囲で誤差を加えたデータを作成し、前出の手法を適応した。ARTによって形成された遺伝子のグループは、人工的な誤差を加えない場合とほぼ同じ結果が得られたが、他の手法を用いた場合、人工的誤差を加えると遺伝子のグループは大きく異なるものとなった。このことから、ARTはマイクロアレイの遺伝子発現データのクラスタリング手法として、もっとも適した方法であることが確認できた。

This year's research plan is based on the following research results: (1) Determination of the amount of DNA in E. coli. Detection of the amount of DNA in E. coli. Harmful effects of chemicals and organic solvents on E. coli. Detection of the amount of DNA in E. coli. In this case, the type of organic solvent is different from the type of organic solvent. For example, the resistance of organic solvents to toxicity depends on the type of coliform, the type of exposure to the same organic solvent, the type of exposure to the same organic solvent, and the type of exposure to different organic solvents. (2)The resonance theory (ART) was applied to analyze the time series of yeast cell formation (P.Brown Science282,699-705(1998)), the hierarchical classification of statistical methods, the k-mean classification, and the self-organization of yeast cells. This is the first time that we have seen the results of our research. The error is 0.5 times greater than the error in the occurrence of the missing element. In fact, the error caused by the manual operation is not enough. The result of ART is that the error caused by the error is not the same as the error caused by the error caused by the This is the first time I've ever seen a girl.