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連続体理論による大量アミノ酸配列に対する物理知識情報処理

利用连续介质理论对大量氨基酸序列进行物理知识信息处理

基本信息

批准号：
08283206
负责人：
美宅成樹
金额：
$ 1.6万
依托单位：
Tokyo University of Agriculture and Technology
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
财政年份：
1996
资助国家：
日本
起止时间：
1996 至无数据
项目状态：
已结题

项目摘要

配列の類似性から構造や機能を推定できない未知のタンパク質を対象として、アミノ酸配列だけからできるだけ多くの構造や機能の情報を得ることを目的とする。もちろんすべてのアミノ酸配列に対して、非常に詳細な情報が得られることが望ましいが、それはなかなか難しい。そこで、現実的な問題として、全てのタンパク質に対して、大ざっぱではあるが、形態の分類情報を与えるソフトウェアシステムを開発する。本年度は最初の段階として、膜タンパク質と水溶性タンパク質の分類と膜タンパク質と判別されたものの膜貫通ヘリックスの本数の予測を行った。次の二つの新しい考え方を導入する。第一に、従来考えられてきた一種類の両親媒性インデックスだけでは不十分であり、形成メカニズムが複数であるということに対応して、複数のインデックスを用意する。第二に、膜貫通ヘリックスの性質には分布があるということをあかさまに予測システムの中に取り込む。ここでは、四種類の膜貫通ヘリックスがあるということを仮定した。これらの二つの考え方で予測システムを構築し、インターネットに公開した。ロケーションはhttp://www.tuat.ac.jp/〜mitaku/sosui/index.htmlである。膜タンパク質の97本のポリペプチドと502個の水溶性タンパク質が正しく判別されるかどうかを調べたところ、95個の膜タンパク質と500個の水溶性タンパク質が正しく予測された。これはそれぞれ98%と99.6%に対応する。次に、膜貫通ヘリックスの予測結果を見ると、377本の膜貫通ヘリックスのうちの367本が正しく予測され、7本の過剰予測があった。いずれにしてもおよそ2%程度の過小および過剰の予測があるだけであるということを示している。

The similarity of the arrangement, the structure and the function are estimated, and the information of the structure and the function is obtained. The information is very detailed. For example, if you have a problem with the current situation, you can find out about the quality of the whole situation, the classification of the situation, and the development of the situation. This year, the first phase of the film quality, water solubility, quality classification, film quality discrimination and film penetration prediction were carried out. The second time, the new test method was introduced. The first and second types of affinity are not very close to each other, and the second and third types of affinity are not very close to each other. Second, the membrane penetration of the nature of the distribution of The four kinds of membrane penetration This is the first time that we've seen this.ロケーションはhttp://www.tuat.ac.jp/〜mitaku/sosui/index.htmlである。97 of the membrane's basic properties are classified into 502 water-soluble properties, 95 of which are classified into 500 water-soluble properties.これはそれぞれ98%と99.6%に対応する。The results of membrane penetration prediction are as follows: 377, 367, 7. In the middle of the night, the weather is too small for 2% of the time.