連続体理論による大量アミノ酸配列に対する物理知識情報処理

利用连续介质理论对大量氨基酸序列进行物理知识信息处理

• 批准号: 08283206
• 负责人: 美宅 成樹
• 金额: $ 1.6万
• 依托单位: Tokyo University of Agriculture and Technology
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
• 财政年份: 1996
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 1996 至 无数据
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-08283206/
• 关键词: ゲノム; アミノ酸配列; タンパク質; 膜タンパク質; 三次構造予測; 連続体理論; 両親媒インデックス; インターネット

配列の類似性から構造や機能を推定できない未知のタンパク質を対象として、アミノ酸配列だけからできるだけ多くの構造や機能の情報を得ることを目的とする。もちろんすべてのアミノ酸配列に対して、非常に詳細な情報が得られることが望ましいが、それはなかなか難しい。そこで、現実的な問題として、全てのタンパク質に対して、大ざっぱではあるが、形態の分類情報を与えるソフトウェアシステムを開発する。本年度は最初の段階として、膜タンパク質と水溶性タンパク質の分類と膜タンパク質と判別されたものの膜貫通ヘリックスの本数の予測を行った。次の二つの新しい考え方を導入する。第一に、従来考えられてきた一種類の両親媒性インデックスだけでは不十分であり、形成メカニズムが複数であるということに対応して、複数のインデックスを用意する。第二に、膜貫通ヘリックスの性質には分布があるということをあかさまに予測システムの中に取り込む。ここでは、四種類の膜貫通ヘリックスがあるということを仮定した。これらの二つの考え方で予測システムを構築し、インターネットに公開した。ロケーションはhttp://www.tuat.ac.jp/〜mitaku/sosui/index.htmlである。膜タンパク質の97本のポリペプチドと502個の水溶性タンパク質が正しく判別されるかどうかを調べたところ、95個の膜タンパク質と500個の水溶性タンパク質が正しく予測された。これはそれぞれ98%と99.6%に対応する。次に、膜貫通ヘリックスの予測結果を見ると、377本の膜貫通ヘリックスのうちの367本が正しく予測され、7本の過剰予測があった。いずれにしてもおよそ2%程度の過小および過剰の予測があるだけであるということを示している。

With column の similarity か ら tectonic や presumption function を で き な い unknown の タ ン パ ク qualitative を like と seaborne し て, ア ミ ノ acid with column だ け か ら で き る だ け more く の tectonic や function の intelligence を る こ と を purpose と す る. も ち ろ ん す べ て の ア ミ ノ acid with column に し seaborne て, very に な detailed intelligence が ら れ る こ と が hope ま し い が, そ れ は な か な か difficult し い. そ こ で, now be な と し て, whole て の タ ン パ ク qualitative に し seaborne て, big ざ っ ぱ で は あ る が classification, morphological の intelligence を and え る ソ フ ト ウ ェ ア シ ス テ ム を open 発 す る. This year は initially の Duan Jie と し て, membrane タ ン パ ク qualitative と water-soluble タ ン パ ク qualitative の classification と membrane タ ン パ ク qualitative discriminant さ と れ た も の の transmembrane ヘ リ ッ ク ス の book の line to measure を っ た. The second batch of <s:1> を <e:1> is new and the え is used to import を. First に, examine え 従 ら れ て き た kind の struck close pollination イ ン デ ッ ク ス だ け で は not quite で あ り, forming メ カ ニ ズ ム が plural で あ る と い う こ と に 応 seaborne し て, plural の イ ン デ ッ ク ス を intention す る. The second に, transmembrane ヘ リ ッ ク ス の nature に は distribution が あ る と い う こ と を あ か さ ま に be シ ス テ ム の に take り in 込 む. The four types of <s:1> membrane through ヘリッ スがあると スがあると う う とを仮 とを仮 た た. The え れら <s:1> examination え party で pre-test システムを construction <s:1>, <s:1> タ ネットに ネットに ネットに public た た. ロ ケ ー シ ョ ン は http://www.tuat.ac.jp/~mitaku/sosui/index.html で あ る. Membrane タ ン パ ク mass is の 97 の ポ リ ペ プ チ ド と 502 の water-soluble タ ン パ ク qualitative が is し く discriminant さ れ る か ど う か を adjustable べ た と こ ろ, 95 の membrane タ ン パ ク qualitative と 500 の water-soluble タ ン パ ク qualitative が is し く be さ れ た. Youdaoplaceholder0 れ それぞれ98%と99.6%に vs 応する. に, transmembrane ヘ リ ッ ク ス の to see test results を る と, 377 の transmembrane ヘ リ ッ ク ス の う ち の is 367 が し く be さ れ, 7 this の turning to measure が あ っ た. い ず れ に し て も お よ そ 2% degree の too small お よ び before turning の be が あ る だ け で あ る と い う こ と を shown し て い る.

项目成果

美宅成樹(日本物理学会誌編集委員会): "自然の複雑さと階層構造" 日本物理学会誌. 50. 253-254 (1995)

Shigeki Miyake（日本物理学会期刊编辑委员会）：《自然的复杂性和层次结构》日本物理学会期刊 50. 253-254 (1995)。

Hiroyasu Itoh: "Estimation of the Hydrophobicity in Microenviroments by Pyrene Fluorescence Measurements : n-β-Octylglucoside Micelles" The Journal of Physical Chemistry. 100. 9047-9053 (1996)

Hiroyasu Itoh：“通过芘荧光测量估计微环境中的疏水性：n-β-辛基葡萄糖苷胶束”物理化学杂志 100。9047-9053 (1996)

美宅成樹: "シリーズ・ニューバイオフィジックス(11)ヒューマンゲノム計画 第2章 4 膜タンパク質の分類" 共立出版(印刷中),

三宅茂树：《新生物物理学系列（11）人类基因组计划第2章第4章膜蛋白的分类》共立Shuppan（出版中），

Akinori Etoh: "Ultrasonic Absorption Anomaly of Brain Tissue" Japanese Journal of Applied Physics. 33. 2874-2879 (1994)

Akinori Etoh：“脑组织的超声波吸收异常”日本应用物理学杂志。

Akinori Etoh: "Anomalous Ultrasonic Absorption of Liposome Suspensions in the Liquid Crystal Phase" Japanese Journal of Applied Physics. (印刷中).

Akinori Etoh：“液晶相脂质体悬浮液的异常超声吸收”日本应用物理学杂志（正在出版）。