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知識情報処理的手法を用いたDNAチップからの遺伝子ネットワーク解析

使用知识信息处理方法对 DNA 芯片进行基因网络分析

基本信息

批准号：
16014218
负责人：
花井泰三
金额：
$ 3.07万
依托单位：
Kyushu University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
财政年份：
2004
资助国家：
日本
起止时间：
2004 至无数据
项目状态：
已结题

项目摘要

(1)定量PCRによる遺伝子発現データの収集本研究で解析を小なうための基礎データ収集を目的として、酵母の遺伝子発現データを収集した。この際、発現遺伝子量を定量性よく測定できる方法として、定量PCR法を採用し、データを採取した。(2)Fuzzy k-meansクラスタリングの最適クラスタ数決定法DNAチップなどから得られる遺伝子発現データ処理として、一般的に(遺伝子のグループ化)クラスタリング解析が行われている。我々は昨年度、k-meansクラスタリングにFuzzy理論を適応したFuzzy k-meansクラスタリングを時系列DNAチップデータに適応した。この方法は、従来法と比較し、実験誤差に起因するノイズの影響を受けにくく、DNAチップなどの解析に有効であることが確認できた。しかし、クラスタリング解析においては、いくつのグループに分けるのかという情報はあらかじめ解析者が与える必要があり、生物学的な知見が有ればその知見に基づいて決定できるものの、ほとんど知見がない現象に対しては、試行錯誤的に「適当に」決められているのが現状である。これが実データを解析する際に、クラスタリング解析の大きな問題とされてきた。そこで、本年度はクラスタがうまく分かれているという指標を導入し、グループ(クラスタ)数を決定する際に利用することとした。解析対象データとしては、出芽酵母の胞子形成過程におけるマイクロアレイデータを選んだ。このデータの約6000遺伝子の中で、機能や発現時期が他の実験で確認されている45遺伝子の時系列データを解析した。このデータは、生物学的知見から6つのグループに分けられている。クラスタがうまく分かれているという指標としては、クラスタ同士の分離(クラスタ間距離が大きいほどよい)、クラスタの大きさ(クラスタ内のデータ距離が小さいほどよい)を考えればよい。そのため、様々な指標を候補として考え、解析を進めたところ、上記二つの条件を組み込んだ新たな指標が、クラスタ数を決定するためにはもっともよい指標となることが明らかになった。

(1)Quantitative PCR detection of DNA fragments in this study was performed on the basis of the analysis of DNA fragments in yeast. The quantitative determination of the amount of DNA detected by this method was carried out by quantitative PCR. (2)Fuzzy k-means method for determining the optimal number of species in a genetic algorithm. I believe in Fuzzy theory, k-means and time-series DNA. This method is based on the comparison of the original method and the analysis of the DNA. There is a need for the interpreter to understand, there is a need for the interpreter to understand, there is a need for the interpreter to understand, there is a need for the knowledge of biology, there is a need for the phenomenon of the knowledge of biology, there is a need for the "appropriate" decision, and there is a need for the trial and error. This is the first time that we've had a problem solving. This year, the number of participants in the competition was determined. Analysis of the process of spore formation in budding yeast About 6000 copies of this document were published, and the function was developed during the same period. The knowledge of biology and biology has changed from 6 to 6. For example, if the distance between different classes is large, the distance between different classes is small, and the distance between different classes is large, then the index is small. For example, if you want to make a decision, you can make a decision.