ある遺伝性疾患と遺伝因子の関連解析のための分割表解析によるアプローチ

利用列联表分析分析某种遗传病与遗传因素之间关联的方法

• 批准号: 13780171
• 负责人: 青木 敏
• 金额: $ 0.9万
• 依托单位: The University of Tokyo
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Young Scientists (B)
• 财政年份: 2001
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2001 至 2002
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-13780171/
• 关键词: 分割表; 正確検定; ネットワーク・アルゴリズム; マルコフ連鎖・モンテカルロ法; CAリピート; Handy-Weinberg; グレブナ基底; 交互作用; マルコフチェーン; 平衡仮説; アレル頻度; 交互作用解析

1.明星大学の広津千尋教授,国立精神保健研究所の稲田俊哉氏,北尾淑恵氏らとの共同研究により,染色体上のいくつかのマーカーで測定された患者と健常者のCAリピート頻度分布の違いから,遺伝性疾患に関連する遺伝子座位を特定する,という研究を進めてきた。特に,疾患の関連遺伝子を絞りこんだ後に,その近傍の複数のマーカーにおけるCAリピート同時頻度分布が得られている場合には,それらを総合的に解析する手法(haplotype analysis)が必要となるが,本研究では、3因子交互作用を無視した従来の手法の問題点を指摘し,新たにいくつかの対立仮説を想定し,それに応じた検定統計量と,その分布の計算アルゴリズムを提案した。2.分割表解析の手法として代表的なフイッシャー正確検定法に対して,そのアルゴリズムの改良法を提案した。提案する方法は,解析対象となるデータに偏りがある場合にも,従来のものより効率的な計算を可能とするものである。さらに,このアルゴリズムを,遺伝データ解析におけるHardy-Weinberg平衡仮説の検定問題に適用し,従来法よりもはるかに効率的に検定が行なえることを示した。3.マルコフ連鎖・モンテカルロ(MCMC)法による高次元の分割表の解析手法の研究を行なった。MCMC法を構成するためには,既約なマルコフ連鎖を構成するための基底の導出が必要であるが,本研究では,従来法の問題点を指摘し,それに代わる計算方法の提案を行なった。提案する方法によって,従来法よりも効率的に極小基底を求めることが可能となり,特に,3元分割表などのいくつかの例に対して,一意極小基底の具体形を求め,その性質を解明した。

1. University of star の hiroo tianjin qianhe, a professor at the national institute of mental health care の 稲 Tian Junzai surname, north end shu travelling's ら と の joint research に よ り, chromosome の い く つ か の マ ー カ ー で determination さ れ in patients with た と health often の CA リ ピ ー ト frequency distribution の violations い か ら, heritage 伝 disorder に masato even す る heritage 伝 child seat を specific す る, と い を う research into め て き Youdaoplaceholder0. に, disease の masato even heritage 伝 son を ground り こ ん だ に after そ の nearly alongside の plural の マ ー カ ー に お け る CA リ ピ ー ト while frequency distribution が ら れ て い る occasions に は, そ れ ら を 総 に of parsing す る technique (haplotype Analysis) are necessary が と な る が, this study で は, three factors interaction を ignore し た 従 to の の problem point を blame し, new た に い く つ か の 仮 said を し scenarios, seaborne そ れ に 応 じ た 検 statistic と, そ の の distribution calculation ア ル ゴ リ ズ ム を proposal し た. 2. The partition table parsing の gimmick と し て represent な フ イ ッ シ ャ ー 検 set correctly に し seaborne て, そ の ア ル ゴ リ ズ ム の improved method proposed を し た. Proposal す は る method, analytic like と seaborne な る デ ー タ に partial り が あ る occasions に も, 従 to の も の よ り unseen な calculation を could と す る も の で あ る. さ ら に, こ の ア ル ゴ リ ズ ム を, heritage 伝 デ ー タ parsing に お け る Hardy Weinberg equilibrium - 仮 said の 検 problem に applicable し, 従 to method よ り も は る か に sharper rate に 検 fixed line が な え る こ と を shown し た. 3. Research on を field なった of を コフ linkage · モ テカ テカ ロ(MCMC) method による high-dimensional <s:1> segmentation table <e:1> analysis techniques <e:1>. MCMC method を constitute す る た め に は, both about な マ ル コ フ chain を constitute す る た め の basal の export が necessary で あ る が, this study で は, 従 to law の problem point を blame し, そ れ に generation わ る line calculation method proposed の を な っ た. Proposal す る method に よ っ て, 従 to method よ り も に tiny basement を sharper rates for め る こ と が may と な り, に, 3 yuan partition table な ど の い く つ か の example に し seaborne て, meaning a tiny basement の specific shape を め, そ の nature を interpret し た.

项目成果

S.Aoki, A.Takemura: "Minimal basis for connected Markov chain over 3x3xK contingency tables with fixed two-dimensional marginals"Australian and New Zealand Journal of Statistics.

S.Aoki、A.Takemura：“具有固定二维边际的 3x3xK 列联表上连接马尔可夫链的最小基础”澳大利亚和新西兰统计杂志。

S.Aoki: "Network algorithm for the exact test of Hardy-Weinberg proportion for multiple alleles"METR Technical Report. 2001-06. (2001)

S.Aoki：“用于精确测试多个等位基因的 Hardy-Weinberg 比例的网络算法”METR 技术报告。

C.Hirotsu, S.Aoki, T.Inada, Y.Kitao: "An exact test for the association between the disease and alleles at highly polymorphic loci with particular interest in the haplotype analysis"Biometrics. 57,No.3. 148-157 (2001)

C.Hirotsu、S.Aoki、T.Inada、Y.Kitao：“对高度多态性基因座上的疾病与等位基因之间的关联进行精确测试，特别关注单倍型分析”生物测定学。

S.Aoki, A.Takemura: "Minimal basis for connected Markov chain over 3x3xK contingency tables with fixed two-dimensional marginals"Technical Reports(Mathematical Engineering Section). 02-02. 1-28 (2002)

S.Aoki、A.Takemura：“具有固定二维边际的 3x3xK 列联表上连接马尔可夫链的最小基础”技术报告（数学工程部分）。

S.Aoki: "Improving path trimming in a network algorithm for Fisher's exact test in two-way contingency tables"Journal of Statistical Computation and Simulation. (to appear).

S.Aoki：“改进网络算法中的路径修剪，以实现双向列联表中的 Fisher 精确检验”统计计算与模拟杂志。