超並列計算機上での生体分子の分子動力学法シミュレーションにおける動的負荷分散法

大规模并行计算机上生物分子分子动力学模拟的动态负载平衡方法

• 批准号: 13780215
• 负责人: 林 亮子
• 金额: $ 1.09万
• 依托单位: Japan Advanced Institute of Science and Technology
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Young Scientists (B)
• 财政年份: 2001
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2001 至 2002
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-13780215/
• 关键词: 生体分子; 並列化手法; 構造予測; 高性能計算; 領域分割法; 可視化; 分子動力学法

今年度は、空間中での原子・分子の分布が希薄かつ不均一な状態での分子動力学法の高速実装法について引き続き研究を行った。これまで良く使われてきた実装法は、分子を同数だけプロセッサ要素に割り当てる分子分割法と、シミュレーション空間を分割してプロセッサ要素に割り当てる領域分割法である。しかし、空間中での原子・分子の分布が希薄かつ不均一な状態ではそのどちらも一長一短であり、高速実行が困難であった。そこで、領域分割法をベースにして分割小領域を間接的に使って分子分割法に似たプログラム構造を持つハイブリッド実装法を提案し、性能評価を行った。その結果、ハイブリッド実装法では、空間中での原子・分子の分布が変動した場合の実行時間の変動を領域分割法よりも小さくできることがわかった。蛋白質の構造を調べる別なアプローチとしては、蛋白質をアミノ酸環基の1次元配列とみなし、すでに立体構造が分かっている蛋白質と未知の蛋白質のアミノ酸残基列を比較して3次元構造を予測するアプローチもある。今年度は3次元構造予測プログラムの一つであるFASTAの並列化を検討した。既存の並列化バージョンの性能評価を行った結果、FASTA実行開始時のデータ分配が実行時間を増加させることがわかった。そこで、データ分配部分を並列化して性能評価を行った結果、FASTA実行開始部分を高速化することができた。さらに今年度は、立体型のスクリーンに画像表示することで、あたかも中にいるような視覚効果が得られる没入型3次元仮想現実体感システムCAVEを利用した可視化を行った。大規模シミュレーション結果は大量のデータであるため、得られた結果を直観的に把握するための可視化が重要である。今年度の段階では論文発表には至っていないが、来年度以降も継続して研究を行い、さらに発展させる予定である。

This year, the distribution of atoms and molecules in space is expected to be thin and uneven. The method of molecular dynamics and the method of high-speed loading is used to introduce the research of high-speed assembly. In this way, we can use the same number of molecules to make the same number of elements as well as the same number of elements in the space. The distribution of atoms and molecules in the air and in the air is not uniform. The temperature is very long and the temperature is short. The high-speed train is difficult to operate at high speed. The method of domain partition is similar to that of molecular partition, which is connected to the division of small fields. the method of molecular segmentation is similar to that of molecular partition. The results of the test, the distribution of atoms and molecules in space, the distribution of atoms and molecules in space, and the method of time domain segmentation of atomic and molecular distribution in space are used to analyze the results of the experiment. In this paper, we compare the data of protein, protein, amino acid, amino acid, protein, amino acid, This year, the three-time Yuan structure has been built for the first time, and has been listed as one of the major FASTA events. The existing parallelization performance The results of the performance performance test and the beginning of the FASTA line will be parallelized in the high-speed performance allocation section and the high-speed operation section. The portraits of this year's and three-dimensional images show that they can be used to make sense of the body and make use of the three-dimensional image to realize the body sensation. The three-dimensional image shows that you want to realize the body sensation, CAVE, and make use of the image. Large-scale simulation results show that there are a large number of health problems, and the results are straightforward, which makes it possible to make important changes. In the current year, we will conduct research in the coming year, and in the coming year, we will conduct research and exhibition.

项目成果

林 亮子, 樋渡 保秋, 堀口 進: "希薄系における短距離分子動力学法シミュレーションの実装手法"情報処理学会研究報告2002-HPC-90に発表予定. (2002)

Ryoko Hayashi、Yasuaki Hiwatari、Susumu Horiguchi：“稀释系统中短程分子动力学模拟的实现方法” 计划在日本信息处理学会研究报告 2002-HPC-90 (2002) 上发表。

Akihiro Matsushima, Ryoko Hayashi, Susumu Horiguchi: "Performance Improvement of MPI-FASTA on a Parallel Computer IBM/SP"Proc. of the Third International Conference on Parallel and Distributed Computing, Applications and Technologies. 33-37 (2002)

Akihiro Matsushima、Ryoko Hayashi、Susumu Horiguchi：“并行计算机 IBM/SP 上 MPI-FASTA 的性能改进”Proc。