ESTs, Microarrays und Proteomics

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Cryptomonaden sind in sekundärer Endosymbiose evolvierte, phototrophe Protisten. Neben dem Zellkern, den Mitochondrien und Plastiden beherbergen die Cryptomonaden mit dem Nucleomorph ein viertes DNA-haltiges Organell. In einem Genomprojekt wurden von uns das Nucleomorph-Genom sowie das Mitochondrien-Chromosom sequenziert; darüber hinaus steht die Sequenz des Plastoms zur Verfügung. In dem hier beantragten Projekt soll eine EST-Analyse Aufschluß über die Kodierungskapazität des Zellkerns geben. Die EST-Daten werden genutzt um a) hochdichte Arrays zu erstellen und b) eine Proteomanalyse zu ermöglichen. Wir erwarten in diesem Projekt die Kodierungskapazität des Zellkerns zu bestimmen sowie die Identität Kern-kodierter Plastidenproteine. Als Nebenprodukt werden Kern-kodierte Proteine des eukaryoten Symbionten und die notwendigen topogenen Signale für deren intrazelluläre Verlagerung identifiziert. Die Microarray-Experimente werden das Netzwerk der koordinierten Expression plastidärer Funktionen aufzeigen; dieses Wissen mündet schließlich in der Proteombestimmung des Stromas der komplexen Plastide der Cryptomonaden. Parallel hierzu sollen methodische Innovationen der Array-Technologie entwickelt werden, sog. Peptid-Arrays, welche ein schnelles Screenen auf Protein-Protein-Interaktionen gestatten.