特異的DNA配列を用いた非好熱性古細菌の探索

使用特定 DNA 序列搜索非嗜热古菌

• 批准号: 13750731
• 负责人: 大河内 美奈
• 金额: $ 0.51万
• 依托单位: Tokyo University of Agriculture and Technology
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Young Scientists (B)
• 财政年份: 2001
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2001 至 2002
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-13750731/
• 关键词: 古細菌; 16S rDNA; 16S rRNA

本研究は、特殊環境に生育しない古細菌の探索を目的とした。古細菌はこれまで高温、高塩濃度、高酸、高アルカリなどの極限環境中から単離され、その代表的な種において全ゲノム解析がなされている。古細菌が極限環境で生息するための機構について生化学的な解析が進められている他、産業上安定性の高い有用酵素の分離源といった面から注目されている。しかし極限環境ではない環境中に生息する古細菌についての知見は少ない。そこで、古細菌に特異的な16S rRNAの塩基配列をプローブとし、環境中に生息する古細菌の探索を行った。まず、プローブの有効性を確認するため、温泉(鹿児島県霧島温泉および長野県渋温泉)やその周辺の水、土壌について探索を行った。採取した水および土壌サンプルのゲノム抽出を行った後、古細菌およびバクテリアに特異的な16S rRNAプローブによりPCRを行った結果、半数以上の温泉サンプルについて増幅が認められたほか、水や土壌サンプルについても一部増幅が確認された。霧島温泉および渋温泉の温泉源は95℃以上の高温のものが多いことから、超好熱性および好熱性古細菌を中心として古細菌が生息していることが示唆された。次に、地下水や湧水について同様に検討を行った。関東および関西から入手した地下水3サンプル、東京都国分寺市の真姿の池湧水群において古細菌特異的プローブによる増幅がみられた。これより、16S rDNAシークエンス解析を進めている。以上のことから、古細菌が極限環境だけではなく身近な環境中に存在していることが示唆された。

The purpose of this study is to explore archaea that thrive in special environments. Archaea are exposed to extreme environments of high temperature, high concentration, high acidity, and high acidity. The なkind of において全ゲノムanalytic がなされている represented by から単利され and その. Archaea are living in extreme environments and their structures are biochemically analyzed. It is an isolated source of industrially stable and useful enzymes.しかしExtreme environment ではないEnvironment living in するArchaea についての知见は小ない.そこで, archaeal specific な16S rRNA base arrangement をプローブとし, and exploration of archaea living in the environment.まず、プローブの Effectiveness confirmationするため、Hot spring (Kagoshima prefecture Kirishima hot springおよびNagano Prefecture's Hot Spring) やそのzhou辺の水, 土壌についてExplorationを行った. After taking the した水および土壌サンプルのゲノム extracted を行った, the archaeal bacteria およびバクテリアにな16S rRNA プローブによりPCR を行った results, more than half of the hot spring サンプルについて Increase the width of the film and confirm it. Kirishima Onsen is a hot spring source with high temperature above 95℃. It is very good. Thermal およびThermal archaea をcenter としてarchaebacteria が生していることがshows instigation された. Second time, the ground water is the same as the ground water. Kanto およびKansai から started したgroundwater 3サンプル, の真 in Kokubunji City, Tokyo The のike gushing water group においてarchaea-specific プローブによるamplification がみられた.これより, 16S rDNA シークエンス analysis を入めている. Above, the extreme environment of archaea and the presence of archaea in the close environment indicate the existence of the bacteria in the environment.