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Post-sequencing functional studies on the pufferfish (Takifugu rubripes) genome

河豚（Takifugu rubripes）基因组的后测序功能研究

基本信息

批准号：
14104008
负责人：
WATABE Shugo
金额：
$ 72.38万
依托单位：
The University of Tokyo
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research (S)
财政年份：
2002
资助国家：
日本
起止时间：
2002 至 2006
项目状态：
已结题

项目摘要

1.Sequencing of 24,398 ESTs generated from 15 different adult and juvenile torafugu tissues resulted in 10,116 gene tags when compared with the genome data. The EST assemblies showed strong conservation with those of zebrafish, although significant differences remained between the two species.2.Muscle specific genes, myosin heavy chain (MYH) and tropomyosin (TPM), and genes encoding myogenic regulatory factors (MyoD family) such as MyoD and myogenin were analyzed in silico and in vivo. Comparison with mammalian counterparts revealed that although the number of the MyoD family genes was almost the same, torafugu had MYHs and TPMs about twice as many as mammalian counterparts, which suggests genome duplication in teleost.3.A total of 28 MYHs comprising 13 fast skeletal, 5 cardiac, 2 slow skeletal, 1 superfast, 2 smooth and 5 nonmuscle, were found in torafugu.4.Torafugu fast skeletal MYHs were distributed across five genomic regions, three of which contained MYH clusters. While human 6 fast skeletal MYHs formed one cluster, its syntenic region in torafugu was duplicated, although each locus contained a single MYH. These results suggest that fast skeletal MYHs evolved independently in teleosts and tetrapods after they had diverged from a common ancestor.5.Bacterial isolates from the torafugu skin were agglutinated by pufflectin, but could not adhere to the torafugu skin.6.pIgR was isolated as an transporter of the skin mucus IgM and, unlike mammals, torafugu pIgR was expressed not only in the intestine but also in the skin. A fragment of pIgR could bind to tetrameric IgM in the skin mucus.7.Marker genes of antigen presenting cells, CD11c, CD40 and MHC class IIα, and genes encoding costimulatory B7 molecules, B7-H1, B7-H3 and B7-H4, isolated from torafugu represent the first of these kinds from teleosts.

1. 与基因组数据相比，对 15 个不同的成年和幼年虎河豚组织产生的 24,398 个 EST 进行测序，得出 10,116 个基因标签。尽管两个物种之间仍存在显着差异，但EST组装显示出与斑马鱼的强烈保守性。2.在计算机和体内分析了肌肉特异性基因，肌球蛋白重链（MYH）和原肌球蛋白（TPM），以及编码肌源调节因子（MyoD家族）（例如MyoD和肌细胞生成素）的基因。与哺乳动物对应物的比较显示，尽管MyoD家族基因的数量几乎相同，但虎河豚的MYH和TPM数量约为哺乳动物对应物的两倍，这表明硬骨鱼中存在基因组重复。 3.在硬骨鱼中发现了总共28个MYH，其中包括13个快骨骼、5个心脏、2个慢骨骼、1个超快、2个平滑和5个非肌肉。 torafugu.4.Torafugu快速骨骼MYH分布在五个基因组区域，其中三个包含MYH簇。虽然人类 6 个快速骨骼 MYH 形成一个簇，但其在 torafugu 中的同线性区域是重复的，尽管每个基因座包含一个 MYH。这些结果表明，在硬骨鱼和四足动物从共同祖先分化后，快速骨骼MYH在它们中独立进化。5.从托拉河豚皮肤分离的细菌被pufflectin凝集，但不能粘附到托拉河豚皮肤上。6.pIgR被分离为皮肤粘液IgM的转运蛋白，与哺乳动物不同，托拉河豚pIgR不仅在肠道也有皮肤。 pIgR 片段可以与皮肤粘液中的四聚体 IgM 结合。 7. 从 torafugu 中分离出的抗原呈递细胞标记基因 CD11c、CD40 和 MHC IIα 以及编码共刺激 B7 分子 B7-H1、B7-H3 和 B7-H4 的基因代表了硬骨鱼中的第一个此类基因。

项目成果

期刊论文数量（76）

专著数量（0）

科研奖励数量（0）

会议论文数量（0）

专利数量（0）

Characterization and expression analysis of the CD3ε and CD3_Y/δ in fugu, Takifugu rubripes.

红鳍东方鲀 CD3ε 和 CD3_Y/δ 的表征和表达分析。

DOI：
发表时间：
2005
期刊：
Immunogenetics 57
影响因子：
0
作者：
Araki;K.;Suetake;H.;Kikuchi;K.;Suzuki;Y.
通讯作者：
Y.

Identification and characterization of Fugu orthologues of mammalian interleukin-12 subunits

DOI：
10.1007/s00251-003-0582-9
发表时间：
2003-07
期刊：
Immunogenetics
影响因子：
3.2
作者：
Y. Yoshiura;I. Kiryu;A. Fujiwara;H. Suetake;Yuzuru Suzuki;T. Nakanishi;M. Ototake
通讯作者：
Y. Yoshiura;I. Kiryu;A. Fujiwara;H. Suetake;Yuzuru Suzuki;T. Nakanishi;M. Ototake

"トラフグを中心に魚類体表の生体防御機構をさぐる"海洋生命系のダイナミクス・シリーズ第2巻海洋生物の機能生命は海にどう適応しているか(竹井祥郎編)

《以虎河豚为中心研究鱼类体表的生物防御机制》海洋生物系统动力学系列第2卷海洋生物的功能生命如何适应海洋（武井义郎主编）

DOI：
发表时间：
2005
期刊：
影响因子：
0
作者：
H.Oguri;et al.;池田大介ら;鈴木譲ら
通讯作者：
鈴木譲ら

Isolation of microsatellite markers by in silico screening implicated for genetic linkage mapping in Japanese pufferfish Takifugu rubripes

通过计算机筛选分离微卫星标记，用于日本河豚红鳍东方鲀的遗传连锁图谱

DOI：
发表时间：
2004
期刊：
Fish.Sci. 70
影响因子：
0
作者：
Y.Nakamura;M.Ando;M.Seoka;K.Kawasaki;Y.Sawada;S.Miyashita;T.Okada;H.Kumai;Y.Tsukamasa.;Megumi Hatori et al.;Furukawa S et al.
通讯作者：
Furukawa S et al.

Identification of three isoforms for mitochondrial adenine nucleotide translocator in the pufferfish Takifugu rubripes