TDT/S-TDT法を用いた慢性関節リとマチの原因遺伝子解析

点击翻译按钮获取中文摘要

本研究計画は「ヒトゲノム・遺伝子解析研究に関する倫理指針」に従い立案し、「東京女子医科大学・遺伝子解析研究に関する倫理審査委員会」において平成13年12月に承認され、平成15年2月末の段階で106家系260名のDNA試料の収集を終えた。収集済みのDNA試料のみでは検定力が不充分なため、これを補う目的で患者対照研究の準備を進めた。患者試料として当施設で収集済みの約1300例、対照試料として別プロジェクトで収集した健常成人約1000例を使用することとし、倫理審査会の承認を得た。SNP解析に用いる手法にはTaqMan法に基づくAssays-on-Demand、SNP Genotyping Products(アプライドバイオシステムズ杜)を選択し、低コストかつハイスループットのタイピングを行った。解析手法として、伝達不平衡テストには不完全家系の解析により適したTRANSMITプログラムを用い、患者対照研究にはカイ二乗検定を用いた。また必要に応じ、マンテルヘンツェル法によるメタ解析も使用した。理化学研究所より関節リウマチの疾患感受性遺伝子として報告されたPAD14、SLC22A4、RUNX1について独立試料を用いた追試を行った。PAD14についてはイギリスから追認不可能との報告が出ていたが、患者対照研究及びイギリスの結果を合わせたメタ解析で有意な結果が得られ、真の疾患感受性遺伝子であることが示唆された。SLC22A4、RUNX1についてその関連が否定された。同じ遺伝的背景と生活習慣を共有する大規模な独立試料群を用いて追試を行うことは非常に意義がある。新規候補遺伝子としては免疫関連遺伝子を中心に10遺伝子を選択し、40SNPを解析したが残念ながら有意な差は得られなかった。