AI読影を活用したGWASに基づく関節リウマチにおける関節破壊予測システムの構築
AI読影を活用したGWASに基づく関節リウマチにおける関節破壊予測システムの構築
批准号:
22H03206
负责人:
猪狩 勝則
金额:
$11.23万
依托单位国家:
日本
项目类别:
Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
财政年份:
2022
资助国家:
日本
项目状态:
未结题
起止时间:
2022-04-01 至 2027-03-31
中文摘要
<画像データ収集>AIの学習に用いることのできる形(AI-ready)で構築したRA画像ビックデータの中から、およそ50例の患者のレントゲン画像のSHS法での読影を行い、訓練データのさらなる充実を図った。(担当:研究協力者・本田卓、東京女子医科大学大学院生)<関節破壊スコアリングAIモデルの構築>CNNをベースとして公開されている関節破壊スコアリングモデル(RA2 DREAM challenge model)のさらなる精度の高いモデルの構築を行い、読影専門家(検者間相関係数0.9程度)と同等以上の識別力が得られた。(担当:研究協力者・本田卓)<DNAサンプル収集>当施設で実施中のIORRAコホート登録患者のうち、DNAの提供に関して書面で同意を得た患者を対象とし、バリデーションに用いるための追加DNA収集について約200名の患者からの協力が得られた。喫煙歴、自己抗体価などの臨床データをIORRAコホートより入手した。(担当:研究代表者・猪狩勝則)<Polygenic risk score(PRS)の構築>本研究に組み入れできる患者をランダムに5分割し、1つをPRSモデルの性能を評価するためのテストセット、残りの4つをPRSモデルを構築するためのトレーニングセットとし予備的な解析を行った。(担当:研究分担者・高地雄太)
英文摘要
<画像データ収集>AIの学習に用いることのできる形(AI-ready)で構築したRA画像ビックデータの中から、およそ50例の患者のレントゲン画像のSHS法での読影を行い、訓練データのさらなる充実を図った。(担当:研究協力者・本田卓、東京女子医科大学大学院生)<関節破壊スコアリングAIモデルの構築>CNNをベースとして公開されている関節破壊スコアリングモデル(RA2 DREAM challenge model)のさらなる精度の高いモデルの構築を行い、読影専門家(検者間相関係数0.9程度)と同等以上の識別力が得られた。(担当:研究協力者・本田卓)<DNAサンプル収集>当施設で実施中のIORRAコホート登録患者のうち、DNAの提供に関して書面で同意を得た患者を対象とし、バリデーションに用いるための追加DNA収集について約200名の患者からの協力が得られた。喫煙歴、自己抗体価などの臨床データをIORRAコホートより入手した。(担当:研究代表者・猪狩勝則)<Polygenic risk score(PRS)の構築>本研究に組み入れできる患者をランダムに5分割し、1つをPRSモデルの性能を評価するためのテストセット、残りの4つをPRSモデルを構築するためのトレーニングセットとし予備的な解析を行った。(担当:研究分担者・高地雄太)
期刊论文(3)
专著(0)
科研奖励(0)
会议论文
プログラム、コンピュータ、学習済モデル及び情報処理方法
程序、计算机、训练模型和信息处理方法
DOI:
--
发表时间:
2022
期刊:
影响因子:
--
作者:
[]
通讯作者:
DOI:
10.1038/s41588-022-01213-w
发表时间:
2022-11
期刊:
NATURE GENETICS
影响因子:
30.8
作者:
[Ishigaki, Kazuyoshi, Sakaue, Saori, Terao, Chikashi, Luo, Yang, Sonehara, Kyuto, Yamaguchi, Kensuke, Amariuta, Tiffany, Too, Chun Lai, Laufer, Vincent A., Scott, Ian C., Viatte, Sebastien, Takahashi, Meiko, Ohmura, Koichiro, Murasawa, Akira, Hashimoto, Motomu, Ito, Hiromu, Hammoudeh, Mohammed, Al Emadi, Samar, Masri, Basel K., Halabi, Hussein, Badsha, Humeira, Uthman, Imad W., Wu, Xin, Lin, Li, Li, Ting, Plant, Darren, Barton, Anne, Orozco, Gisela, Verstappen, Suzanne M. M., Bowes, John, MacGregor, Alexander J., Honda, Suguru, Koido, Masaru, Tomizuka, Kohei, Kamatani, Yoichiro, Tanaka, Hiroaki, Tanaka, Eiichi, Suzuki, Akari, Maeda, Yuichi, Yamamoto, Kenichi, Miyawaki, Satoru, Xie, Gang, Zhang, Jinyi, Amos, Christopher, I, Keystone, Edward, Wolbink, Gertjan, Van der Horst-Bruinsma, Irene, Cui, Jing, Liao, Katherine P., Carroll, Robert J., Lee, Hye-Soon, Bang, So-Young, Siminovitch, Katherine A., de Vries, Niek, Alfredsson, Lars, Rantapaa-Dahlqvist, Solbritt, Karlson, Elizabeth W., Bae, Sang-Cheol, Kimberly, Robert P., Edberg, Jeffrey C., Mariette, Xavier, Huizinga, Tom, Dieude, Philippe, Schneider, Matthias, Kerick, Martin, Denny, Joshua C., Matsuda, Koichi, Matsuo, Keitaro, Mimori, Tsuneyo, Matsuda, Fumihiko, Fujio, Keishi, Tanaka, Yoshiya, Kumanogoh, Atsushi, Traylor, Matthew, Lewis, Cathryn M., Eyre, Stephen, Xu, Huji, Saxena, Richa, Arayssi, Thurayya, Kochi, Yuta, Ikari, Katsunori, Harigai, Masayoshi, Gregersen, Peter K., Yamamoto, Kazuhiko, Bridges, S. Louis, Jr., Padyukov, Leonid, Martin, Javier, Klareskog, Lars, Okada, Yukinori, Raychaudhuri, Soumya]
通讯作者:
Raychaudhuri, Soumya
AI読影を活用したGWASに基づく関節リウマチにおける関節破壊予測システムの構築
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批准号:23K24465
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项目类别:Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
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资助金额:$4.83万
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财政年份:2024
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负责人:猪狩 勝則
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依托单位:
関節リウマチ発症・進展機構の解明:疾患関連遺伝子間、遺伝子-環境間相互作用の解析
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批准号:18791061
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项目类别:Grant-in-Aid for Young Scientists (B)
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资助金额:$2.18万
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财政年份:2006
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负责人:猪狩 勝則
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依托单位:
TDT/S-TDT法を用いた慢性関節リとマチの原因遺伝子解析
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批准号:14770751
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项目类别:Grant-in-Aid for Young Scientists (B)
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资助金额:$2.43万
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财政年份:2002
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负责人:猪狩 勝則
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依托单位:
海外基金