DNAの動的側面から見る遺伝子情報の制御機構

从DNA动态角度看遗传信息控制机制

• 批准号: 14780513
• 负责人: 児嶋 長次郎
• 金额: $ 2.18万
• 依托单位: Nara Institute of Science and Technology
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Young Scientists (B)
• 财政年份: 2002
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2002 至 2003
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-14780513/
• 关键词: DNA; NMR; IRF4; ISRE; DNA蛋白質複合体; 分子認識; 運動性; 2次構造

本研究ではDNAのミリ秒領域の運動性を解析し、DNAのやわらかさがDNA結合蛋白質によって認識されている証拠を直接観測する事を目標としている。本年度は、咋年度に確立したDNA結合蛋白質IRF4のDNA結合ドメイン(IRF4-DBD)の大量発現系、および安定同位体標識蛋白質の高純度精製系を用い、当初の目的であるIRF4-DBA-DNA複合体形成メカニズムにおけるDNAの運動性の寄与の検討に重点をおいて研究を進めた。昨年と同様に15N標識したIRF4-DBDを大量に調製し、NMRにて引き続き様々なDNA配列との結合実験を行った。昨年度は複合体の構造や運動性を解析するための良好な条件を見出すことができなかったが、本年度は複合体形成に用いるオリゴDNAに従来の13塩基対のものを用いず17塩基対の長いものを用いたところ、非常に良好なスペクトルが得られた。蛍光スペクトルを用いた滴定実験により、それぞれのDNA配列に対する結合の強さを決定したところ、最も強い配列についてはマイクロモルオーダーの解離定数が得られた。運動性が高いと考えられるDNA配列は運動性が低いと考えられるものより、数倍程度結合が強かった。この結果から、DNAの運動性はIRF4-DBA-DNA複合体形成において非常に重要な役割を果たしていることが分かった。また、その解離定数の塩強度依存性から、IRF4-DBDとDNAとの相互作用において、ほぼ全ての塩基配列において静電的相互作用に強く寄与していることが明らかとなったため、より詳細な解析のためには、解離定数をエンタルピー項とエントロピー項に分けて評価してゆく必要があることが示唆された。

This study で は DNA の ミ リ seconds field の motility を parsing し, DNA の や わ ら か さ が DNA binding protein に よ っ て know さ れ て い る card 拠 を 観 directly measuring す る matter を target と し て い る. This year's annual に は, zha establish し た DNA binding protein IRF4 の dna-binding ド メ イ ン (IRF4 - DBD) の 発 department now, お よ び stable isotopic body logo protein の high-purity refined を use い, original の purpose で あ る IRF4 DBA - DNA complex formation メ カ ニ ズ ム に お け る DNA の motility and の Youdaoplaceholder0 検 discuss に focus をお て て study を enter めた. Yesterday in と with others in 15 n に logo し た IRF4 - DBD を に し modulation, NMR に て lead き 続 き others 々 な DNA match column と の combination be 験 を line っ た. Yesterday's annual は complex の tectonic や motility を parsing す る た め の を な conditions show the good す こ と が で き な か っ た が, this year's は complex formation に with い る オ リ ゴ DNA に 従 to の 13 salt base の seaborne も の を with い ず 17 salt base の seaborne long い も の を with い た と こ ろ, very good に な ス ペ ク ト ル が must ら れ た. 蛍 light ス ペ ク ト ル を with い た titration be 験 に よ り, そ れ ぞ れ の DNA match column に す seaborne る combined with strong の さ を decided し た と こ ろ, the most strong も い match column に つ い て は マ イ ク ロ モ ル オ ー ダ ー の dissociation constant が must ら れ た. High motility が い と exam え ら れ る DNA match column は low motility が い と exam え ら れ る も の よ り, combining が level of several times, か っ た. こ の results か ら, DNA の motility は IRF4 DBA - DNA complex formation に お い て very important な に "を cut fruit た し て い る こ と が points か っ た. ま た, そ の dissociation constant の salt intensity dependence か ら, IRF4 DBD と DNA と の interaction に お い て, ほ ぼ full て の salt base with column に お い て strong electrostatic interactions に く send し て い る こ と が Ming ら か と な っ た た め, よ り detailed analytical の な た め に は, dissociation constant を エ ン タ ル ピ ー item と エ ン ト ロ ピ ー け に points Youdaoplaceholder0 comment 価 てゆく てゆく necessary がある がある とが incite された

项目成果

S.Kawahara: "Theoretical study of a correlation between hydrogen bond stability and J-coupling through a hydrogen bond"Helv.Chim.Act.. 86. 3265-3273 (2003)

S.Kawahara：“氢键稳定性与通过氢键的 J 耦合之间相关性的理论研究”Helv.Chim.Act.. 86. 3265-3273 (2003)

Y.Tanaka: "Functional roles of the metal ion at the A9/G10.1 site in hammerhead ribozymes"J.Am.Chem.Soc.. 126・3. 744-752 (2004)

Y.Tanaka：“锤头核酶中 A9/G10.1 位点的金属离子的功能”J.Am.Chem.Soc.. 126・3 (2004)。

K.Fujiwara: "Structure of the ubiquitin-interacting motif of S5a bound to the ubiquitin-like domain of HR23B"J.Biol.Chem.. 279・6. 4760-4767 (2004)

K.Fujiwara：“与 HR23B 泛素样结构域结合的 S5a 泛素相互作用基序的结构”J.Biol.Chem.. 279・6 (2004)。

M.Mishima: "Structure of the male determinant factor for Brassica self-compatibility"J.Biol.Chem.. 278・38. 36389-36395 (2003)

M.Mishima：“芸苔属自交亲和性的雄性决定因素的结构”J.Biol.Chem.. 278・38（2003）。

E.Kawashima: "New sequential-assignment routes of nucleic acid NMR signals using a 5'-13C-labeled DNA dodecamer"Nucleosides, Nucleotides & Nucleic Acids. (in press).

E.Kawashima：“使用 5-13C 标记的 DNA 十二聚体进行核酸 NMR 信号的新顺序分配途径”核苷、核苷酸