単一荷電高分子鎖の折り畳み転移の統計熱力学
単一荷電高分子鎖の折り畳み転移の統計熱力学
批准号:
03F03200
负责人:
吉川 研一
金额:
$0.77万
依托单位:
依托单位国家:
日本
项目类别:
Grant-in-Aid for JSPS Fellows
财政年份:
2003
资助国家:
日本
项目状态:
已结题
起止时间:
2003 至 2004
中文摘要
凝縮剤の存在下、単分子の長鎖DNAはコイル状態と凝縮状態の間を一次相転移することが知られている。その理論的背景を考察し、統計熱力学的な議論を行うため、実験・理論の両面から研究を進め、次のような成果が得られた。・水溶液の比誘電率を80から170程度まで変化させ、DNAの一分子での凝縮過程を観察した。誘電率は、グリセリンなど、DNAと直接相互作用しない物質を水に溶解させて調整した。DNAの凝縮転移は、凝縮剤として4価のカチオンのスペルミンを用い、蛍光顕微鏡および透過型電子顕微鏡により観察した。その結果、一定の誘電率では、凝縮剤であるスペルミンの加える量を増やしていくにつれ、DNAは凝縮した。一方、スペルミン濃度を一定にした場合、比誘電率を上げていくと、DNAの凝縮は解けた。比誘電率とスペルミン濃度を変化させて観察することにより、DNAの凝縮転移が起こるスペルミン濃度は、比誘電率の指数関数になっていることが明らかになった。この結果から考察すると、凝縮転移の際、DNAの電荷の87〜88%が中和されていることになる。また、電子顕微鏡によって、比誘電率が大きくなると、DNAが凝縮した際のトロイド構造において、周辺部でDNA鎖が一部ほどけている状態も観察された。・DNAと正荷電を持つコアヒストン8量体との複合体は、クロマチンの基礎単位になっており、遺伝子発現を考える際にも重要である。そこで、DNAとさまざまなサイズの正荷電を持つナノパーティクルとの相互作用について実験的に研究した。蛍光顕微鏡ならびに透過型電子顕微鏡による観察によって、実際のクロマチン構造とよく似たrings-on-a-string構造が観察された。これは、クロマチンがどのように構成されているのかを統計熱力学的に考える上で重要な知見となるであろう。
英文摘要
凝縮剤の存在下、単分子の長鎖DNAはコイル状態と凝縮状態の間を一次相転移することが知られている。その理論的背景を考察し、統計熱力学的な議論を行うため、実験・理論の両面から研究を進め、次のような成果が得られた。・水溶液の比誘電率を80から170程度まで変化させ、DNAの一分子での凝縮過程を観察した。誘電率は、グリセリンなど、DNAと直接相互作用しない物質を水に溶解させて調整した。DNAの凝縮転移は、凝縮剤として4価のカチオンのスペルミンを用い、蛍光顕微鏡および透過型電子顕微鏡により観察した。その結果、一定の誘電率では、凝縮剤であるスペルミンの加える量を増やしていくにつれ、DNAは凝縮した。一方、スペルミン濃度を一定にした場合、比誘電率を上げていくと、DNAの凝縮は解けた。比誘電率とスペルミン濃度を変化させて観察することにより、DNAの凝縮転移が起こるスペルミン濃度は、比誘電率の指数関数になっていることが明らかになった。この結果から考察すると、凝縮転移の際、DNAの電荷の87〜88%が中和されていることになる。また、電子顕微鏡によって、比誘電率が大きくなると、DNAが凝縮した際のトロイド構造において、周辺部でDNA鎖が一部ほどけている状態も観察された。・DNAと正荷電を持つコアヒストン8量体との複合体は、クロマチンの基礎単位になっており、遺伝子発現を考える際にも重要である。そこで、DNAとさまざまなサイズの正荷電を持つナノパーティクルとの相互作用について実験的に研究した。蛍光顕微鏡ならびに透過型電子顕微鏡による観察によって、実際のクロマチン構造とよく似たrings-on-a-string構造が観察された。これは、クロマチンがどのように構成されているのかを統計熱力学的に考える上で重要な知見となるであろう。
期刊论文(1)
专著(0)
科研奖励(0)
会议论文
Dielectric control of counter-ion induced single-chain folding transition of giant DNA
反离子诱导巨型DNA单链折叠转变的介电控制
DOI:
--
发表时间:
2005
期刊:
Biophysical Journal (未定)(掲載予定)
影响因子:
--
作者:
[D.Baigl, K.Yoshikawa]
通讯作者:
K.Yoshikawa
Real-world modeling of life: From DNA to Organoid
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批准号:20H01877
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项目类别:Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
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资助金额:$11.65万
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财政年份:2020
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负责人:吉川 研一
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依托单位:
ミクロ環境場における単分子ゲノムDNAの高次構造相
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批准号:08F08023
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项目类别:Grant-in-Aid for JSPS Fellows
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资助金额:$0.51万
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财政年份:2008
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负责人:吉川 研一
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依托单位:
等温条件で働くマイクロ化学マシン
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批准号:18651072
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项目类别:Grant-in-Aid for Exploratory Research
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资助金额:$2.3万
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财政年份:2006
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负责人:吉川 研一
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依托单位:
Real-World Modeling of Self-Emergent Active Cell
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批准号:17076007
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项目类别:Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
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资助金额:$55.87万
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财政年份:2005
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负责人:吉川 研一
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依托单位:
DNAの折り畳み相転移と遺伝子群の発現制御
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批准号:16014212
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项目类别:Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
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资助金额:$2.88万
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财政年份:2004
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负责人:吉川 研一
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依托单位:
キラル低分子による長鎖DNAの折り畳み
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批准号:04F04154
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项目类别:Grant-in-Aid for JSPS Fellows
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资助金额:$1.54万
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财政年份:2004
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负责人:吉川 研一
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依托单位:
水を舞台とするDNAの高次構造相転移
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批准号:16041225
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项目类别:Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
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资助金额:$9.28万
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财政年份:2004
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负责人:吉川 研一
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依托单位:
DNAの折り畳み相転移と遺伝子群の発現制御
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批准号:15014218
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项目类别:Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
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资助金额:$4.1万
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财政年份:2003
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负责人:吉川 研一
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依托单位:
単一高分子鎖の折り畳み転移の統計熱力学
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批准号:03F00200
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项目类别:Grant-in-Aid for JSPS Fellows
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资助金额:$0.77万
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财政年份:2003
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负责人:吉川 研一
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依托单位:
単一荷電子分子鎖の高次構造相転移に関する研究
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批准号:99F00232
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项目类别:Grant-in-Aid for JSPS Fellows
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资助金额:$0.7万
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财政年份:2000
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负责人:吉川 研一
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依托单位:
低分子化合物による巨大DNAの折り畳みの立体制御
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批准号:10126226
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项目类别:Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas (A)
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资助金额:$1.15万
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财政年份:1998
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负责人:吉川 研一
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依托单位:
低分子化合物による巨大DNAの折り畳みの立体制御
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批准号:09232228
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项目类别:Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
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资助金额:$1.28万
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财政年份:1997
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负责人:吉川 研一
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依托单位:
非線形特性を活用した化学エネルギーのマクロな機械的エネルギーへの直接変換
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批准号:08875165
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项目类别:Grant-in-Aid for Exploratory Research
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资助金额:$1.15万
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财政年份:1996
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负责人:吉川 研一
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依托单位:
ホストポリマー中での長鎖DNA分子のダイナミクス
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批准号:08226224
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项目类别:Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
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资助金额:$0.96万
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财政年份:1996
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负责人:吉川 研一
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依托单位:
非線形ダイナミクスを活用した情報の高次元化と縮約
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批准号:08238207
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项目类别:Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
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资助金额:$1.28万
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财政年份:1996
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负责人:吉川 研一
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依托单位:
低分子化合物による巨大DNAの折り畳みの立体制御
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批准号:08246226
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项目类别:Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
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资助金额:$1.15万
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财政年份:1996
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负责人:吉川 研一
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依托单位:
非線形ダイナミクスを活用した情報の高次元化と縮約
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批准号:07248206
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项目类别:Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
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资助金额:$1.28万
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财政年份:1995
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负责人:吉川 研一
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依托单位:
巨大DNAの動的分子形態と反応性
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批准号:04226206
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项目类别:Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
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资助金额:$0.64万
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财政年份:1992
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负责人:吉川 研一
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依托单位:
ニュ-ラルコンピュ-タ構築のための興奮性分子素子の研究
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批准号:03205057
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项目类别:Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
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资助金额:$0.83万
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财政年份:1991
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负责人:吉川 研一
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依托单位:
巨大DNAの動的分子形態と反応性
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批准号:03242204
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项目类别:Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
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资助金额:$1.02万
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财政年份:1991
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负责人:吉川 研一
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依托单位:
海外基金