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細胞内マグネシウム濃度変化によるG蛋白質制御機構の計算機シミュレーションによる解明

使用计算机模拟通过细胞内镁浓度的变化阐明 G 蛋白控制机制

基本信息

批准号：
04J03636
负责人：
森健一
金额：
$ 1.6万
依托单位：
Chiba University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for JSPS Fellows
财政年份：
2004
资助国家：
日本
起止时间：
2004 至 2006
项目状态：
已结题

项目摘要

Mg^<2+>イオンの局所的濃度変化によるG蛋白質の制御機構を解明すべく、以下のことを行った。1.G蛋白質・生体膜・イオン複合体モデルの自動構築プログラムの開発2.ラフトモデルの分子動力学シミュレーションによる生体膜界面の特性の検討3.脂質二重膜モデルのライブラリー拡充とデータベースの構築1.の結果、および、これまでの研究成果を博士論文としてまとめあげた。今後、同内容に追加計算の結果を加え、国際誌に投稿する予定である。2.は、前年度に開発した生体膜構築プログラムGLYMMを用いて、ラフトモデルを構築し、その分子動力学シミュレーションを行い、生体膜界面の電気特性、および、イオン濃度を解析した。その結果を、アルツハイマー病の主因であるアミロイドβのラフト上凝集と絡め、論文としてまとめ、国際誌に投稿した。Reviewerからの意見を参考に再計算をし、再投稿を予定している。脂質分子の違いによって、膜界面でのMg^<2+>イオンの局所的濃度変化が起こるかを明らかにするため、GLYMMを用いて、計90種類の異なる脂質分子から成る脂質二重膜モデルのシミュレーションを行い、3.の膜ライブラリーを構築した。結果をデータベースとして構築し、膜界面でのMg^<2+>イオンの挙動を追う基盤を構築した。データベースは学外の研究者にも使ってもらえるよう公開している。http://bukka.p.chiba-u.jp/glvmm/database1/index.html3.の内容も博士論文としてまとめた。今後、加筆修正し、国際誌に投稿する予定である。

Mg^<2+> 2 + 3 + 4 + 5 + 6 + 7 + 8 + 9 1. Development of the automatic construction of the G-protein-membrane complex 2. A study of the molecular dynamics of the G-protein-membrane complex 3. Construction of the lipid double-membrane complex 1. The results of the research on G-protein-membrane complex 2. In the future, the results of additional calculations for the same content will be added to the international journal. 2. In the past year, the development of biological membrane construction, the use of GLYMM, the construction of molecular dynamics, the analysis of electrical characteristics, temperature and concentration of biological membrane interfaces. The main cause of the disease is aggregation, paper and international journal Reviewer's comments are re-calculated and re-submitted. The concentration of Mg^2+> in lipid molecules and membrane interfaces varies from time to time. GLYMM is used to calculate the concentration of Mg^2+> in lipid molecules and to construct lipid double membranes. As a result, the structure of the film interface was changed to that of the substrate. The author of this article is trying to make it public. http://bukka.p.chiba-u.jp/glvmm/database1/index.html3. Contents doctoral thesis. In the future, we will add pen corrections and submit articles to the International Journal.