タンパク質のデノボ立体構造予測:ゲノムワイドな遺伝子機能解明に向けて

蛋白质的从头三维结构预测：走向全基因组基因功能的阐明

• 批准号: 04J03969
• 负责人: 藤墳 佳見
• 金额: $ 0.64万
• 依托单位: Kobe University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for JSPS Fellows
• 财政年份: 2004
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2004 至 2005
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-04J03969/
• 关键词: タンパク質; 立体構造予測; CASP

タンパク質は3次構造に折りたたむことで機能をもつため、網羅的に構造を決定し、構造情報から機能に迫るというアプローチは有用である。本研究では、ゲノムワイドな遺伝子機能解明に向けて、私が現在まで構築してきたデノボ立体構造予測法の改良およびテストを行った。改良としては、既知構造データベースのアミノ酸側鎖間に関する統計を基にして、エネルギー関数を導出した。このエネルギー関数のテストは次の方法で行った。1.本研究で開発した手法と、現在世界最高の予測法と認知されているロゼッタ法と比較を行った。38個のテストタンパク質についてブラインドテストを行ったところ、どちらの手法も12個という同数についてトポロジーレベルでの構造予測に成功した。この結果から、本研究の手法は世界トップレベルの精度であり、実用レベルにあることが分かった。さらに、2手法で得られる構造集団から予測構造を選ぶ方法を採用することによって16個について成功した。このことから、デノボ立体構造予測において、複数の手法を組み合わせることで単独の手法よりもより精度の高い結果が得られることが分かった。2.立体構造予測ブラインドテストコンテストCASPに参加した。このコンテストには、世界中の有力な予測グループのほぼ全てが参加する。本研究で開発した手法は、非ホモロジー部門で200を超える参加グループ中9位の成績を収めた。このテストによっても、本研究の手法は世界トップレベルの性能であることが示された。

タンパク性は 3-dimensional structure に folding りたたむことでfunction をもつため、Snatching にstructure The decision-making process is based on the structure information, the function is forced, and the information is useful. In this study, the functions of the では、ゲノムワイドな漝子function are explained clearlyでconstruct the three-dimensional structural prediction method of the してきたデノボ improved およびテストを行った. Improved としては, known structure データベースのアミノ acid side lock room に关するstatistics をbase にして, エネルギー Off number を derived した.このエネルギー请のテストは时の法で行った. 1. This study is based on the experimental method, the predictive method, the cognitive method, and the comparison method, which are currently the highest in the world. 38 のテストタンパク性についてブラインドテストを行ったところ、どちらThe technique is to predict the success of the 12-digit structure with the same number. The result of this study, the method of this study, the accuracy of the world's scientific research, and the accuracy of the research.さらに、2 TechniquesでgetられるConstruction set団からPredictive constructionをSelectionぶmethodを Use することによって16 についてsuccessfulした.このことから, デノボthree-dimensional structure prediction において, plural のtechnical combination み合わせるThe technique is unique and the accuracy is high. The result is high and the results are high. 2. Participation in the three-dimensional structure prediction project CASP.このコンテストには, the world's powerful なpredictive グループのほぼ全てがParticipate in する. This research is based on the method used in this study, and the result of the 200-year-old student who participated in the non-manufacturing department was the 9th place.このテストによっても、The technique of this research はWorld トップレベルのPerformance であることが Show された.