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特殊なDNA構造に結合する新規タンパク質の同定とその立体構造予測に関する研究

与特殊DNA结构结合的新型蛋白质的鉴定及其三维结构预测的研究

基本信息

批准号：
15013261
负责人：
胡桃坂仁志
金额：
$ 3.01万
依托单位：
Waseda University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
财政年份：
2003
资助国家：
日本
起止时间：
2003 至无数据
项目状态：
已结题

项目摘要

特殊なDNA構造を識別する新規DNA結合タンパク質のデータベースからの検索を行うためには、特殊なDNA構造に結合するタンパク質の立体構造情報が必要である。しかし、現時点で利用可能な特殊なDNAに結合するタンパク質の立体構造情報は非常に少ない。そこで、本研究では、特殊なDNAとして単鎖DNA構造、メチル化DNA構造、引き伸ばされたDNA構造、そして特殊なDNA配列などを選定し、これらのDNAと結合するタンパク質の立体構造を、DNA-タンパク質複合体として決定することをめざした。特殊DNA構造に結合するタンパク質として、大腸菌SeqAタンパク質(メチル化DNAに結合)、そして大腸菌もしくは好熱菌DnaA(複製開始点DNAに結合)を選び、それらの全長もしくはDNA結合ドメインを用いて、特殊なDNAとの複合体を形成し結晶化を行った。まず、大腸菌SeqAタンパク質、そして大腸菌および好熱菌DnaAタンパク質の全長もしくはDNA結合ドメインの大量発現系を作製し、これらのタンパク質の大量調製を行った。そして、これらのタンパク質およびDNA結合ドメインと認識する特殊なDNAとの複合体の結晶化を、ハンギングドロップ法により行ったところ、SeqA DNA合ドメイン-ヘミメチル化DNA複合体およびDnaA DNA結合ドメイン-oriDNA複合体の結晶化に成功した。得られた単結晶は、理化学研究所播磨研究所現有のSPring8放射光施設を使用して解析し、これらの複合体のX線回折データより、SeqA-ヘミメチル化DNA複合体およびDnaA-oriDNA複合体の立体構造を決定した。現在、得られた立体構造情報および特色を利用して、既存のデータベースから、新規の特殊なDNA構造に結合するタンパク質の検索を行い、同定することを試みている。

New Rules for Identification of Special DNA Structures DNA Binding Information is Necessary for Identification of Special DNA Structures At present, it is possible to use special DNA to combine the three-dimensional structure information of the substance. In this study, special DNA sequences were selected, DNA binding was determined, and stereostructure and DNA-DNA complex were determined. Special DNA structure binding, Escherichia coli DNA binding. A large number of production systems for DNA-binding proteins are controlled by the full-length of DNA from Escherichia coli, Escherichia coli, and Escherichia coli. Crystallization of DNA Complexes and DNA-binding DNA Complexes by the Method of Crystallization of DNA Complexes and DNA-binding DNA Complexes The present SPring8 radiation application in the Institute of Crystallization and Physical Chemistry was used to analyze and determine the three-dimensional structure of DNA complex and DNA complex. Now, we can make use of the three-dimensional structure information and characteristics, combine the existing DNA structure information with the new DNA structure information, and try to make use of the new DNA structure information.