シロイヌナズナのフェノーム解析とデータベースの作製

拟南芥表型分析和数据库创建

• 批准号: 16710149
• 负责人: 黒森 崇
• 金额: $ 2.37万
• 依托单位: The Institute of Physical and Chemical Research
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Young Scientists (B)
• 财政年份: 2004
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2004 至 2006
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-16710149/
• 关键词: シロイヌナズナ; 変異体データベース; フェノーム解析

1.シロイヌナズナのトランスポゾン挿入変異体の系統的表現型観察私たちがこれまでに作製したトランスポゾン挿入変異株の中で、遺伝子コード領域への挿入変異が予測されるラインを選別し、合計4,768ラインについて種子50粒ずつをシャーレ培地に播種し幼苗の生育を観察した。シャーレ内で約3週間育成した後、各ライン8個体ずつを土に植え換えて植物体の育成を続けて、形態に異常のある個体についてデジタル画像によって記録を取った。これまでのところ植物体地上部に注目して観察を行い、比較的はっきりした目に見える表現型を示したラインに関して再現性が得られるか調べた。その結果、139ライン(219表現型項目)のデータが得られ、これは観察を行ったラインの約3%に相当した。2.シロイヌナズナのトランスポゾン挿入変異体の表現型データベースRAPIDの作製上記の植物体観察によって得られた表現型情報について、主に生育段階に従って8つの大きな表現型カテゴリー(幼苗、葉、茎、花、鞘、種子、全体の成長、枝分かれ)とそれに付随した更に詳細な43の表現型サブカテゴリーに分類した。このデータを元に、表現型ワードから変異体データを検索できるデータベースを作製し公開した(RAPID : RIKEN Arabidopsis Phenome Information Database)。このデータベースには約200枚の変異体写真が含まれており、検索画面で表現型の項目を選ぶことで画像データが検索できる。検索結果はサムネール形式で表示されており写真をクリックすると拡大された写真を見ることができ、言葉では表しにくい変異体の様子が閲覧できるようになっている。観察を行った各変異体について、どの遺伝子にトランスポゾンが挿入されて変異を受けているかについても示されている(http://rarge.gsc.riken.jp/phenome/)。

1. Phenotypic observation of the system of different species in the field of plant selection, total of 4,768 species in the field of seed selection, 50 seeds in the field of cultivation, seedling growth and development. After about 3 weeks of breeding, 8 individuals in each category will be recorded in the soil, plant and plant development, and abnormal individual in morphology. The plant's aboveground part was observed, and the phenotype was observed and reproduced. As a result, 139 phenotypic items (219 phenotypic items) were found in approximately 3% of the total. 2. The phenotypic information obtained from the plant body observation and the main growth stage of RAPID are recorded in the phenotype classification (seedling, leaf, stem, flower, sheath, seed, whole growth, branch separation). This information is published in the RIKEN Arabidopsis Phenome Information Database (RAPID). About 200 different kinds of photos are included in the selection of the performance type of the image. The result of the search is that the search results are displayed in the form of a file. Check out the different types of information, and check out the different types of information (http://rage.gsc.riken.jp/phenome/).

项目成果

A trial of phenome analysis using 4000 Ds-insertional mutants in gene-coding regions of Arabidopsis

• DOI: 10.1111/j.1365-313x.2006.02808.x
• 发表时间: 2006-08-01
• 期刊: PLANT JOURNAL
• 影响因子: 7.2
• 作者: Kuromori, Takashi;Wada, Takuji;Shinozaki, Kazuo
• 通讯作者: Shinozaki, Kazuo

Saturation mutagenesisが可能なシロイヌナズナにおける遺伝子破壊系統の収集とフェノーム解析

拟南芥饱和诱变基因破坏系的收集和表型分析

• 期刊: 生物の科学 遺伝 別冊 日本の遺伝学の潮流 (印刷中)
• 作者: Kato A;Nagata Y;Todokoro K.;黒森 崇;Kuromori T;Stacey N;Myouga F;Noutoshi Y;Yoshida T;Ito T;Nishimura N;Sakurai T;Takei K;Harada H;黒森 崇
• 通讯作者: 黒森 崇

AtIPT3 is a key determinant of nitrate-dependent cytokinin biosynthesis in Arabidopsis

• DOI: 10.1093/pcp/pch119
• 发表时间: 2004-08-01
• 期刊: PLANT AND CELL PHYSIOLOGY
• 影响因子: 4.9
• 作者: Takei, K;Ueda, N;Sakakibara, H
• 通讯作者: Sakakibara, H

Analysis of ABA hypersensitive germination2 revealed the pivotal functions of PARN in stress response in Arabidopsis.

• DOI: 10.1111/j.1365-313x.2005.02589.x
• 发表时间: 2005-11
• 期刊: The Plant journal : for cell and molecular biology
• 作者: N. Nishimura;Nobutaka Kitahata;M. Seki;Y. Narusaka;M. Narusaka;T. Kuromori;T. Asami;K. Shinozaki;T. Hirayama

シロイヌナズナの全遺伝子解明に向けての遺伝子破壊型変異体整備と表現型解析

开发基因破坏突变体和表型分析以阐明拟南芥的所有基因

• 发表时间: 2007
• 期刊: 実験医学 増刊 ゲノム情報と生命現象の統合的理解2007 25
• 作者: Kato A;Nagata Y;Todokoro K.;黒森 崇
• 通讯作者: 黒森 崇