Development of the prediction method of ligand binding affinity in SBDD

SBDD中配体结合亲和力预测方法的发展

• 批准号: 18590096
• 负责人: NAKANISHI Isao
• 金额: $ 2.27万
• 依托单位: Kinki University (2008)Kyoto University (2006-2007)
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
• 财政年份: 2006
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2006 至 2008
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-18590096/
• 关键词: 医薬分子設計; フラグメント分子軌道法; 結合エネルギー; 溶媒和エネルギー; 構造最適化; FKBP; HIV-1プロテアーゼ; タンパク質; SBDD; 溶媒和カネルギー; HIV-1

フラグメント分子軌道(FMO)法による相互作用エネルギーを用いた薬物活性予測法の開発を行った。水和エネルギーにPCM法用いたFMO/PCM法は、パラメータを用いないab initioな活性(結合自由エネルギー)予測法にもかかわらず、実験値のオーダーの再現性には非常に優れていた。今後、分子運動やエントロピー等を考慮することにより、実用レベルでの予測精度を達成できるものと期待される。

The development of molecular orbital (FMO) method for the prediction of chemical activity FMO/PCM method is very good for the reproducibility of water and PCM method. In the future, molecular motion, etc. will be considered, and the prediction accuracy will be achieved.

项目成果

C1-π interactions in protein-ligand complexes.

蛋白质-配体复合物中的 C1-π 相互作用。

• 发表时间: 2008
• 作者: Imai N-Y;Inoue Y;Isao Nakanishi;Kazuo Kitaura;Kitaura Kazuo;中村真也;浅田直也;北浦和夫;北浦和夫;Asada Naoya;Asada Naoya;Kitaura Kazuo;Kitaura Kazuo;Imai Nakamura-Yumi;Asada Naoya;Nakanishi Isao;Asada Naoya;Imai Nakamura-Yumi
• 通讯作者: Imai Nakamura-Yumi

フラグメント分子軌道法による蛋白質-リガンド複合体の分極エネルギーの解析

片段分子轨道法分析蛋白质-配体复合物的极化能

• 发表时间: 2007
• 作者: 浅田 直也;仲西 功;D.G. Fedorov;北浦 和夫;仲西功
• 通讯作者: 仲西功

Change in a protein's electronic structure induced by an explicit solvent : an ab initio Fragment Molecular Orbital (FMO) study of ubiquitin

显式溶剂诱导蛋白质电子结构的变化：泛素的从头开始片段分子轨道 (FMO) 研究

• 发表时间: 2007
• 期刊: J. Comp. Chem. 28
• 作者: Yuto Komeiji;Toyokazu Ishida;Dmitri G. Fedorov;Kazuo Kitaura
• 通讯作者: Kazuo Kitaura

Molecular recognition mechanism of FK506 binding protein : An all-electron fragment molecular orbital study

FK506结合蛋白的分子识别机制：全电子片段分子轨道研究

• 发表时间: 2007
• 期刊: Proteins 68
• 作者: Isao Nakanishi;D. G. Fedorov;Kazuo Kitaura
• 通讯作者: Kazuo Kitaura

Electronic structure calculations of proteins using fragment molecular orbital method.

使用片段分子轨道法计算蛋白质的电子结构。

• 发表时间: 2008
• 作者: Imai N-Y;Inoue Y;Isao Nakanishi;Kazuo Kitaura;Kitaura Kazuo;中村真也;浅田直也;北浦和夫;北浦和夫;Asada Naoya;Asada Naoya;Kitaura Kazuo;Kitaura Kazuo;Imai Nakamura-Yumi;Asada Naoya;Nakanishi Isao;Asada Naoya;Imai Nakamura-Yumi;Kitaura Kazuo;Kitaura Kazuo
• 通讯作者: Kitaura Kazuo