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Development of a method to discover high affinity ligands using molecular dynamics simulation

开发利用分子动力学模拟发现高亲和力配体的方法

基本信息

批准号：
22590110
负责人：
NAKANISHI Isao
金额：
$ 2.91万
依托单位：
Kinki University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
财政年份：
2010
资助国家：
日本
起止时间：
2010 至 2012
项目状态：
已结题

项目摘要

The free energy perturbation (FEP)/Thermodynamic integration (TI) methods were applied to explore high affinity ligands with a small structural change to a known ligand. By changing various calculation conditions, affinity differences among protein kinase CK2 ligands could be reproduced with high accuracy. Possibly novel potent ligands for CK2 protein were discovered by exhaustive prediction of synthetic feasible ligands. The optimized calculation condition gives good reproducibility and this prediction method is useful in drug discovery.

应用自由能微扰(FEP)/热力学积分(TI)方法对已知配体进行了较小的结构变化，得到了高亲和力的配体。通过改变不同的计算条件，可以高精度地再现蛋白激酶CK2配体之间的亲和力差异。通过对合成的可行配体的详尽预测，发现了可能是CK2蛋白的新的有效配体。优化后的计算条件具有良好的重现性，该预测方法在药物开发中具有一定的实用价值。

项目成果

期刊论文数量（0）

专著数量（0）

科研奖励数量（0）

会议论文数量（0）

专利数量（0）

Structure0based Design of Novel Potent CK2 Inhibitors with Phenyl-azole Scaffolds

基于结构的新型强效 CK2 抑制剂与苯唑支架的设计

DOI：
发表时间：
2012
期刊：
J.Med.Chem.
影响因子：
0
作者：
Z.Hou;I.Nakanishi;et al
通讯作者：
et al

FEP/TI法によるリガンド間のタンパク質結合自由エネルギー差の評価

使用 FEP/TI 方法评估配体之间的蛋白质结合自由能差异

DOI：
发表时间：
2011
期刊：
影响因子：
0
作者：
中尾佳人、仲西功;他
通讯作者：
他

MM/PBSA法によるCK2阻害剤ヘマテインの結合様式の予測

MM/PBSA法预测CK2抑制剂苏木因的结合模式

DOI：
发表时间：
2011
期刊：
影响因子：
0
作者：
永松和彦、仲西功;他
通讯作者：
他

Role of the side chain stereochemistry in the α-glucosidase inhibitory activity of kotalanol, a potent natural α-glucosidase inhibitor. Part 2.

侧链立体化学在 kotalanol（一种有效的天然 α-葡萄糖苷酶抑制剂）的 α-葡萄糖苷酶抑制活性中的作用。

DOI：
10.1016/j.bmc.2012.09.006
发表时间：
2012
期刊：
Bioorganic & medicinal chemistry
影响因子：
3.5
作者：
G. Tanabe;K. Matsuoka;M. Yoshinaga;Weijia Xie;N. Tsutsui;Mumen F A Amer;Shinya Nakamura;I. Nakanishi;Xiao;M. Yoshikawa;O. Muraoka
通讯作者：
O. Muraoka

「溶媒中における3(5)-Amino-5(3)-arylpyrazole誘導体の互変異性体存在比率の予測」

“溶剂中3(5)-氨基-5(3)-芳基吡唑衍生物互变异构体丰度比的预测”