Rasタンパク質を分子標的とした新規抗癌剤の開発

针对Ras蛋白的新型抗癌药物的开发

• 批准号: 18890109
• 负责人: 村岡 真
• 金额: $ 1.75万
• 依托单位: Kobe University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Young Scientists (Start-up)
• 财政年份: 2006
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2006 至 2007
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-18890109/
• 关键词: Ras; X線結晶構造解析; ^<31>P-NMR; ドッキングシミュレーション

高分解能であるM-Ras変異体の結晶構造を基に、NECオリジナルの改変型MMPB(MMPBSA)法によるドッキングシミュレーションによって、既に行った5万種類に加え、さらにヒット率を上げるため50万種類を含むバーチャルライブラリーから候補化合物のin silicoスクリーニングを行った。計算された結合エネルギー指標等に基づき、順位の高いものから順番に100種類についてM-Ras変異体-GTPと標的タンパク質Raf-1-RBDとの結合を阻害する活性を試験管内で測定中である。現在、ドッキングシミュレーションに用いているRasのモデルは、上記したM-Ras変異体1つのみである。抗癌剤のリード化合物として、より可能性の高い候補化合物をin silicoスクリーニングによって選抜するためには、上述したようにバーチャルライブラリーに含まれる候補化合物の数を増やしてドッキングシミュレーションをすることに加え、ドッキングシミュレーションに用いるRasのモデルの種類を増やすことが重要であると考えられる。そこで、上記の変異体とは異なる部位にH-Ras型のアミノ酸置換を導入した2つのM-Ras変異体を作成した。^<31>P-NMRの結果から、上記のM-Ras変異体と同様、これらの変異体にもポケット構造の存在が確認された。X線結晶構造解析の手法を用いて立体構造を決定するため、蒸気拡散法により2つのM-Ras変異体-GTPの結晶化を行った。そして、これら2つのM-Ras変異体一GTPの結晶を得ることに成功した。現在、2つのM-Ras変異体-GTPの結晶から、それぞれ分解能2Åと9Å程度のX線回折強度データを収集することに成功している。

High resolution energy M-Ras variant crystal structure base, NEC, modified MMPB(MMPBSA) method, both in the implementation of 50,000 species, increase in the rate of 500,000 species, including in the implementation of the candidate compounds in silico. Calculation of binding resistance index of M-Ras, high order and 100 kinds of binding resistance index of Raf-1-RBD in vitro Now, in the case of Ras, the M-Ras variant is recorded. The number of candidate compounds with high probability of anticancer agent in silico was increased, and the number of candidate compounds with high probability of anticancer agent in silico increased. Therefore, H-Ras-type amino acid replacement was introduced into the above-mentioned variant and opposite parts, and two variants of M-Ras were produced.^ <31>P-NMR results confirm the existence of M-Ras heteromorphism and isomorphism. X-ray crystal structure analysis method is used to determine the three-dimensional structure, evaporation method is used to determine the crystallization of M-Ras-GTP. M-Ras and GTP were successfully crystallized. Now, the crystallization of M-Ras-GTP and its decomposition energy are 2 ~ 9 μ m and the X-ray reflection intensity is 2 ~ 9 μ m.