肺癌におけるゲノムワイドなメチル化プロファイルの作成と異常メチル化遺伝子の解析

创建全基因组甲基化谱并分析肺癌中异常甲基化基因

• 批准号: 18790987
• 负责人: 横井 左奈
• 金额: $ 2.18万
• 依托单位: Tokyo Medical and Dental University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Young Scientists (B)
• 财政年份: 2006
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2006 至 2007
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-18790987/
• 关键词: 肺癌; メチル化; ゲノムアレイ; 癌関連遺伝子

これまでの研究により、4500個のBACクローンを搭載したin-houseゲノムアレイを用いて、癌細胞株のゲノム解析を行ってきた。1つはゲノムコピー数解析であり、もう1つは、エピゲノム解析としてDNAメチル化領域の網羅的探索法(BAC array-based MCA (BAMCA)法)と、クロマチン免疫沈降法をBACアレイ上で展開した蛋白結合配列の網羅的探索法(ChIP on BAC-array法)である。抗ヒストンH3K9メチル化抗体および、メチル化DNA結合蛋白質であるMeCP2に対する抗体を用いたChIP on BAC-array法とBAMCA法を重ね合わせることにより、ヒストンおよびDNAメチル化により発現抑制を受ける癌関連遺伝子の解析方法を確立し、メチル化プロファイルを作製した。肺小細胞癌細胞株において高頻度に発現抑制されていたTSSCl (labo name)は、DNA脱メチル化剤である5-azadC処理により発現が回復した。CpGアイランドのDNAメチル化は発現低下と一致しており、メチル化により発現抑制される新規の肺癌関連遺伝子候補として解析を進めている。一方、肺腺癌細胞株における14q11.2増幅領域において活性化を受ける標的遺伝子BCL2L2を見出した。BCL2L2はアポトーシス阻害因子であり、RNA干渉法により発現を抑制すると肺腺癌細胞株の増殖は抑制され、肺癌における新たな癌関連遺伝子と考えられた。また、ChIP on BAC-array法により、癌に関わる転写因子E2Flを解析したところ、E2F1の既知の標的遺伝子を含まない領域が検出された。それらの領域内に座位し、プロモーターにE2F1の結合配列を持ち、E2Fl転写活性化される新規の標的遺伝子を同定した。以上より、研究目的は達成されたと考える。

This study was conducted on 4500 BAC cells, which were loaded into the in-house database and analyzed for cancer cell lines. 1. BAC array-based MCA (BAMCA) method, CHIP on BAC-array method, BAC array-based MCA (BAMCA) method, CHIP on BAC-array method, CHIP on BAC-array method. Anti-H3 K9 anti-DNA binding protein antibody, anti-DNA binding protein, anti-DNA binding protein, anti-DNA Small cell lung cancer cell lines are highly inhibited by TSSCl (labo name), and DNA demethylation is inhibited by 5-azadC treatment. CpG gene expression in DNA is reduced, consistent, and inhibited. New lung cancer-related gene candidates are analyzed. The target gene BCL2L2 was found in a lung adenocarcinoma cell line on 14q11.2. BCL-2L-2 is a novel cancer inhibitor that inhibits the proliferation of lung adenocarcinoma cell lines. ChIP on BAC-array method is used to analyze the E2F1 and E2F1 target genes. In addition, the binding and alignment of E2F1 and E2F1 in different regions are also determined. The purpose of the study was achieved.

项目成果

Frequent silencing of the candidate tumor suppressor PCDH20 by epigenetic mechanism in non-small-cell lung cancers

• DOI: 10.1158/0008-5472.can-05-4437
• 发表时间: 2006-05-01
• 期刊: CANCER RESEARCH
• 影响因子: 11.2
• 作者: Imoto, Issei;Izumi, Hiroyuki;Inazawa, Johji
• 通讯作者: Inazawa, Johji

Long-range chromosomal interactions regulate the expres sion of novel E2F1 target gene

长程染色体相互作用调节新型E2F1靶基因的表达

• 发表时间: 2007
• 作者: 横井 左奈;他
• 通讯作者: 他

BCL2L2 is a probable target for novel 14q11.2 amplification detected in a non-small cell lung cancer cell line

• DOI: 10.1111/j.1349-7006.2007.00491.x
• 发表时间: 2007-07-01
• 期刊: CANCER SCIENCE
• 影响因子: 5.7
• 作者: Kawasaki, Tsutomu;Yokoi, Sana;Inazawa, Johji
• 通讯作者: Inazawa, Johji

癌の診断マーカーならびに治療の標的分子OSLC1

癌症诊断标志物和治疗靶分子OSLC1

• 发表时间: 2006