ゲノムアレイによる蛋白結合領域の網羅的検出法の開発に基づく癌の転写制御異常解析

基于使用基因组阵列开发蛋白质结合区域综合检测方法来分析癌症转录异常

• 批准号: 17013031
• 负责人: 横井 左奈
• 金额: $ 2.82万
• 依托单位: Tokyo Medical and Dental University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
• 财政年份: 2005
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2005 至 无数据
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-17013031/
• 关键词: 癌; クロマチン免疫沈降; ゲノムアレイ; E2F1

申請者は、独自に開発してきたBACクローンを搭載したゲノムアレイを用いて肺癌細胞株のゲノムコピー数解析を行ってきた。このBACアレイ上に、既に確立されているクロマチン免疫沈降法を展開することにより、ヒトゲノムDNAの98%を占める非コード領域に存在する機能的DNAエレメントの俯瞰的検システム(ChIP on BAC array法)の確立を行った。この方法は、まず、転写因子などDNA結合蛋白質に対する抗体を用いてクロマチン免疫沈降を行う。得られたDNA断片をアダプターPCR法にて増幅し、免疫沈降したサンプルをCy3で、またコントロールとして免疫沈降する前のゲノム断片をCy5にて蛍光標識し、ゲノムアレイにハイブリダイズするものである。今回、800種類の癌関連遺伝子を含むBACを搭載したゲノムアレイを用いて、ヒトグリオーマ細胞株T98Gに対し、転写因子E2F1を解析したところ、E2F1の既知の標的遺伝子であるCCNA2、NMYCを含むスポットが3回の繰り返し実験を経ても陽性になることを確認した(Yokoi S.Molecular Medicine 2005)。また、この他にも複数の陽性スポットが検出され、この中に含まれる遺伝子に対し、RT-PCR法、ChIP-PCR、ルシフェラーゼ・アッセイ、ゲルシフト・アッセイによる評価を行い、E2F1の新規標的遺伝子を同定し得た。現在これらの遺伝子につき解析を進めている。以上より、研究目的は達成されたと考える。

The applicant shall independently develop the BAC system and carry out the analysis of the number of lung cancer cell lines. This BAC array was established by the ChIP on BAC array method, which was used to establish functional DNA profiles that account for 98% of DNA in non-BAC domains. The method includes the following steps: performing immunoprecipitation on antibodies against DNA-binding proteins; DNA fragments were obtained by PCR amplification, immunoprecipitation, Cy3, and immunoprecipitation before DNA fragments were identified by Cy5. In this paper, 800 kinds of cancer-related genes including BAC were loaded into the cell line T98G, and the expression factor E2F1 was analyzed. The known target genes of E2F1 were CCNA2, NMYC, CCNA2, and NMYC. This method includes: RT-PCR, ChIP-PCR, PCR detection, PCR evaluation, and E2F1 identification. Now the analysis of the relics ofのis progressing. The purpose of the study was achieved.

项目成果

Frequent silencing of DBC1 is by genetic or epigenetic mechanisms in non-small cell lung cancers

• DOI: 10.1093/hmg/ddi092
• 发表时间: 2005-04-15
• 期刊: HUMAN MOLECULAR GENETICS
• 影响因子: 3.5
• 作者: Izumi, H;Inoue, J;Imoto, I
• 通讯作者: Imoto, I

Overexpressed Skp2 within 5p amplification detected by array‐based comparative genomic hybridization is associated with poor prognosis of glioblastomas

• DOI: 10.1111/j.1349-7006.2005.00099.x
• 发表时间: 2005-10
• 期刊: Cancer Science
• 影响因子: 5.7
• 作者: K. Saigusa;N. Hashimoto;H. Tsuda;S. Yokoi;M. Maruno;T. Yoshimine;M. Aoyagi;Kikuo Ohno;I. Imoto;J. Inazawa

ゲノムアレイを用いた蛋白結合領域の網羅的解析

使用基因组阵列全面分析蛋白质结合区域

• 发表时间: 2005
• 期刊: Molecular Medicine 42
• 作者: 横井左奈;稲澤譲治
• 通讯作者: 稲澤譲治