Development of a high-performance T-RFLP system for oral flora analysis

开发用于口腔菌群分析的高性能 T-RFLP 系统

• 批准号: 18592281
• 负责人: NAKANO Yoshio
• 金额: $ 2.53万
• 依托单位: Kyushu University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
• 财政年份: 2006
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2006 至 2007
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-18592281/
• 关键词: T-RFLP; oral flora; 16S rRNA; Support vector machine; 16SrRN; サポートベクターマシン

We developed a new approach for calculating data from multiple T-RFLP samples by estimating T-RF combinations, applying a correlation analysis using two different fluorescent dyes generated simultaneously from all samples. This calculation is based on the expectation that the proportions of two T-RFs from one full-length PCR fragment would be nearly the same in each analysis. Using this method, oral microflorae in saliva were analyzed and the concentrations of methyl mercaptan, a volatile-sulfur compound that causes oral malodor, in mouth air were predicted using a support vector machine (SVM) from the apparent abundances of species in oral microflora and weighted by coefficients based on the peak frequency. Using this program, the oral microflorae in 220 human saliva samples were analyzed, and 24 bacterial groups were identified. The apparent abundances of bacterial groups weighted by the ISF in 110 samples were used in train a SVM to predict the presence of methyl mercaptan above the threshold concentration of oral malodor, and the results were tested using the remaining 110 samples. Based on the bacterial composition patterns calculated by the program, the concentration of methyl mercaptan was predicted at an accuracy of 90%.

我们开发了一种新的方法来计算多个T-RFLP样本的数据，方法是估计T-RF组合，使用从所有样本同时产生的两种不同的荧光染料进行相关分析。这一计算是基于这样的预期，即在每次分析中，来自一个全长PCR片段的两个T-RFs的比例将几乎相同。利用该方法分析了唾液中的微生物区系，并根据口腔微生物区系的表观丰度和基于峰值频率的系数加权，利用支持向量机对口腔空气中引起口臭的挥发性硫化物甲硫醇的浓度进行了预测。应用该程序对220份唾液标本进行了口腔微生物区系分析，共鉴定出24个菌群。使用ISF加权的110个样本的细菌群表观丰度训练支持向量机预测甲硫醇的存在是否超过口腔恶臭的阈值浓度，并使用剩余的110个样本对结果进行检验。根据该程序计算的细菌组成模式，对甲硫醇浓度的预测准确率为90%。

项目成果

Two-dimensional analysis of T-RFLP using correlation coeffcient matrices

使用相关系数矩阵对 T-RFLP 进行二维分析

• 发表时间: 2007
• 作者: Nakano;Y.;Takeshita;T.;Kamio;N.;Shibata;Y.;Shiota;S.;Suzuki;N.;Yoneda;M.;Hirofuji;T.;Yamashita Y
• 通讯作者: Yamashita Y

サポートベクターマシンを用いた唾液細菌叢分析に基づく口臭推定法

使用支持向量机基于唾液微生物群分析估计口臭的方法

• 发表时间: 2008
• 作者: 中野善夫;竹下徹;神尾宜昌;柴田幸江;塩田進;鈴木奈央;米田雅裕;廣藤卓雄;山下喜久
• 通讯作者: 山下喜久

T-RFLP法を用いた迅速かつ高精度な口腔菌叢i比較解析法の確立

T-RFLP法建立快速、高精度的口腔菌群比较分析方法

• 发表时间: 2006
• 作者: 竹下 徹;中野 善夫;山下 喜久
• 通讯作者: 山下 喜久

「研究成果報告書概要(和文)」より

摘自《研究结果报告摘要（日文）》

• 发表时间: 2005
• 作者: Kawauchi;et. al.;Nishimura et al.;Dezawa et al.;Yoshizawa et al.;星野 幹雄;星野 幹雄
• 通讯作者: 星野 幹雄

Rapid and accurate analysis for oral flora using T-RFLP

使用 T-RFLP 快速准确地分析口腔菌群

• 发表时间: 2006
• 作者: Takeshita;T.;Suzuki;N.;Nakano;Y.;Yoneda;M.;Hirofuji;T.;Yamashita Y
• 通讯作者: Yamashita Y