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地下生命圏に分布する好熱性難培養アーキアゲノムの解明

阐明分布在地下生物圈中的嗜热、难以培养的古菌基因组

基本信息

批准号：
18681030
负责人：
布浦拓郎
金额：
$ 19.14万
依托单位：
Japan Agency for Marine-Earth Science and Technology
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Young Scientists (A)
财政年份：
2006
资助国家：
日本
起止时间：
2006 至 2007
项目状态：
已结题

来源：
https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-18681030/
关键词：
メタゲノム古細菌ゲノム微生物地下生命圏環境

项目摘要

本研究は,菱刈金山地下熱水環境に生息する,全くの未培養系統群に属する2種のCrenarchaeota(Hot Water Crenarchaeotic Group I及びIII)について,メタゲノム解析による全ゲノム解明を目指すものである。昨年度,菱刈金山熱水環境の微生物群集より作成したフォスミドライブラリー中より,フォスミド末端配列からArchaea由来と判断した約140クローンをGS20を用いて解析した。今年度は前年度に解析した塩基配列の整列化を進め,その後,未シーケンス領域の確定及び,それらの領域の塩基配列決定を中心に解析を行った。その結果,16S rRNA遺伝子の配列を含む全長約1.6MbのHWCG Iに由来するcontigを得ることが出来た。このcontigは,両端に同じCDSが見出されること,これまでに全ゲノム解析が行われたCrenarchaeotaのゲノムサイズの多くは1.5-2.0Mb程度であること,これまでにPyrosequenceによるfosmid塩基配列解析から得た配列で,1.6Mbのcontig中に含まれない配列が極めて少ないことから,HWCG Iのほぼ全ゲノムを得ることが出来たと判断している。なお,自動的なCDS検出を行ったところ,このHWCG I Archaeaは水素あるいは一酸化炭素を電子供与体とし,酸素あるいは硝酸を電子受容体とする化学合成独立栄養生物であることが示唆された。なお,以前の解析より,HWCG Iとほぼ同程度の頻度でライブラリー中に含まれていることが予想されていたHWCG III由来のゲノムが,今回の解析手法で殆ど検出できなかった理由は明らかではない。本科研費の期間内では,HWCG Iゲノムについて,CDS決定を含む詳細な解析を終了させることは出来なかったが,2008年度内の完了,投稿を目指し,解析を進めている。

In this study, 2 species of Crenarchaeota (Hot Water Crenarchaeotic Group) of the 2 species of the uncultivated system group of the Ryugao Kaneyama underground hot water environment were studied. I and びIII) について,メタゲノムanalytic による全ゲノム解明を目refers to すものである. Last year, the microorganism cluster in the hot water environment of Ryuga Kanayama was made into a したフォスミドライブラリー中より, フォスミドTerminal ArrangementからArchaea OriginとJudgmentしたAbout 140クローンをGS20をUseいてAnalysisした. This year's analysis of the previous year's analysis and alignment of the basic arrangement was carried out, and after the analysis of the base arrangement of the field, it was determined and analyzed. As a result, the total length of the 16S rRNA sequence is about 1.6Mb, and the HWCG I came out of it.このcontigは,両多に同じCDSが见出されること,これまでに全ゲノムanalytic が行われたCrenarchaeotaのゲノムサイズの多くは1.5-2.0Mb levelであPyrosequence analysis Arrangement で, 1.6Mb のcontig中に contain まれない配arrayが极めて小ないことから, HWCG Iのほぼ全ゲノムを得ることが出たとJudgmentしている.なお,automatic なCDS検出を行ったところ,このHWCG I Archaea is an acidified carbon element that is an electron donor, and an acid element is nitric acid that is an electron acceptor. It is chemically synthesized to support independent biotrophs.なお, previous analysis より, HWCG IIIThe origin of the story, the analysis method of the present chapter, the reason for the analysis, and the reason for the analysis. During the period of undergraduate research expenses, HWCG I'm sorry, the CDS decision has been resolved in detail and the analysis has been completed.なかったが, it was completed in 2008, and the submission was をThe purpose is し, and the analysis is をEnter めている.